Establishment of Molecular Identity in 94 Foxtail Millet Varieties

doi:10.7668/hbnxb.20192604

Abstract

Abstract:

To scientifically and accurately identify foxtail millet germplasm resources,strengthen the management of millet germplasm resources and protect new varieties.33 pairs of SSR markers were selected to establish molecular identity cards for 94 foxtail millet germplasm resources.A total of 500 SSR markers covering 9 linkage groups of foxtail millet chromosomes were screened,of which 33 markers showed polymorphic bands and stable amplification,these markers were used to establish molecular ID of 94 foxtail millet varieties.A total of 203 polymorphic bands were obtained.The number of alleles revealed by each marker was 3—10 with an average of 6.2.The polymorphism information content(PIC)values for the SSR loci ranged from 0.429 to 0.864 with an average of 0.740.Ten markers,including b185,b260,b224,b103,b225,CAAS1044,b186,b253,b105 and CAAS3008,were identified to be efficient in the variety ID construction.The IDs of 94 foxtail millet varieties were established by the 10 pairs of markers,which could clear distinguish all the varieties tested.

Key words: Foxtail millet, Molecular identity, Germplasm resources, SSR markers

LI Haiquan, JIANG Yanmiao, LIU Yanan, GENG Lingling, HAN Xiaojie, LIU Guoqing, DONG Li. Establishment of Molecular Identity in 94 Foxtail Millet Varieties[J]. Acta Agriculturae Boreali-Sinica, 2023, 38(S1): 18-25. doi: 10.7668/hbnxb.20192604.

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Figures/Tables 5

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序号 No.	材料名称 Name	统一编号 Unified number	来源 Origin	序号 No.	材料名称 Name	统一编号 Unified number	来源 Origin
1	糟皮一把奇	00000077	黑龙江	48	青谷	00022315	—
2	红粘谷	00000511	黑龙江	49	德普	00015044	美国
3	龙爪	00000512	黑龙江	50	黄谷	00022313	西藏
4	龙爪粘	00015441	黑龙江	51	红谷	00022305	—
5	泡子沿谷子	00000006	黑龙江	52	白谷	00022316	—
6	绥化水里站	00000457	黑龙江	53	金德	00015402	美国
7	白鸭嘴粘谷	00000664	黑龙江	54	Ise1474	00027068	印度
8	小紧穗	00021409	黑龙江	55	Redmanna	00022430	南非
9	鸭子嘴	00000157	黑龙江	56	K-3606	00026837	俄罗斯
10	安丰	00015445	黑龙江	57	Ise-455	00014949	美国
11	白沙谷	00021415	黑龙江	58	Set64/82	00015029	德国
12	老来变	00000011	黑龙江	59	猫爪糯	00025783	—
13	大糟皮	00000061	黑龙江	60	S1359	00015064	—
14	日本谷	00000520	黑龙江	61	黑谷	00022330	西藏
15	勾根	00015443	黑龙江	62	苞米混子	00015448	黑龙江
16	红粘谷	00015467	吉林	63	茄谷	00018628	甘肃
17	谷子×高粱	00020702	黑龙江	64	大青谷	00003264	内蒙谷
18	籼粟	00015089	—	65	大青苗鱼刺	00003251	甘肃
19	芝麻粟	00015128	—	66	青软谷	00004937	山西
20	糯粟	00015090	—	67	菠菜腿	00003263	内蒙谷
21	黄粟	00015105	—	68	六十天还家	00021442	吉林
22	乐山白糯	00022285	四川	69	大同黄	00024502	山西
23	黄粟	00026488	广西	70	小金俊	00009633	河北
24	毛粟	00015127	—	71	78-0625	00020763	黑龙江
25	黄金蔸	00025784	—	72	黄大粒	00007627	河北
26	粘子糯	00025786	—	73	黄单子谷	00024320	山西
27	狗尾粟	00014626	—	74	金香玉	00015547	内蒙古
28	狗尾粟(小粟)	00014634	—	75	红苗牛头沟	00021646	内蒙古
29	锤罗	00015396	云南	76	六棱谷	00005252	山西
30	龙爪糯	00025780	—	77	红苗齐头红	00015512	内蒙古
31	谷子	00018811	新疆	78	新农谷2	00010234	河南
32	谷子	00018817	新疆	79	耧里莠谷	00022033	河北
33	红谷	00021668	宁夏	80	八杈谷	00023499	河南
34	大红毛谷	00025520	甘肃	81	早谷	00011078	山东
35	黄谷子	00025646	青海	82	阴天旱	00012910	山东
36	米泉谷子	00014610	—	83	金屏谷子	00013142	山东
37	尕红谷	00018675	甘肃	84	170	00013553	山东
38	喇叭黄	00025962	青海	85	紫地根	00014614	—
39	鸭子嘴	00022049	河北	86	齐头白	00022881	河北
40	显256B	00026008	河北	87	龙谷	00002852	辽宁
41	小明谷子	00021679	甘肃	88	小鸡够	00009899	河南
42	白油沙	00003055	内蒙古	89	小早谷	00012037	北京
43	红粘谷	00015521	内蒙古	90	小青谷	00012329	河北
44	红糯谷	00021656	宁夏	91	绳头子	00015070	—
45	红燃谷	00021671	宁夏	92	菠菜根毛谷	00011046	山东
46	谷子	00018789	青海	93	中牟一保谷	00014546	—
47	小苗谷	00018751	甘肃	94	滑谷	00023813	—

序号 No.	材料名称 Name	统一编号 Unified number	来源 Origin	序号 No.	材料名称 Name	统一编号 Unified number	来源 Origin
1	糟皮一把奇	00000077	黑龙江	48	青谷	00022315	—
2	红粘谷	00000511	黑龙江	49	德普	00015044	美国
3	龙爪	00000512	黑龙江	50	黄谷	00022313	西藏
4	龙爪粘	00015441	黑龙江	51	红谷	00022305	—
5	泡子沿谷子	00000006	黑龙江	52	白谷	00022316	—
6	绥化水里站	00000457	黑龙江	53	金德	00015402	美国
7	白鸭嘴粘谷	00000664	黑龙江	54	Ise1474	00027068	印度
8	小紧穗	00021409	黑龙江	55	Redmanna	00022430	南非
9	鸭子嘴	00000157	黑龙江	56	K-3606	00026837	俄罗斯
10	安丰	00015445	黑龙江	57	Ise-455	00014949	美国
11	白沙谷	00021415	黑龙江	58	Set64/82	00015029	德国
12	老来变	00000011	黑龙江	59	猫爪糯	00025783	—
13	大糟皮	00000061	黑龙江	60	S1359	00015064	—
14	日本谷	00000520	黑龙江	61	黑谷	00022330	西藏
15	勾根	00015443	黑龙江	62	苞米混子	00015448	黑龙江
16	红粘谷	00015467	吉林	63	茄谷	00018628	甘肃
17	谷子×高粱	00020702	黑龙江	64	大青谷	00003264	内蒙谷
18	籼粟	00015089	—	65	大青苗鱼刺	00003251	甘肃
19	芝麻粟	00015128	—	66	青软谷	00004937	山西
20	糯粟	00015090	—	67	菠菜腿	00003263	内蒙谷
21	黄粟	00015105	—	68	六十天还家	00021442	吉林
22	乐山白糯	00022285	四川	69	大同黄	00024502	山西
23	黄粟	00026488	广西	70	小金俊	00009633	河北
24	毛粟	00015127	—	71	78-0625	00020763	黑龙江
25	黄金蔸	00025784	—	72	黄大粒	00007627	河北
26	粘子糯	00025786	—	73	黄单子谷	00024320	山西
27	狗尾粟	00014626	—	74	金香玉	00015547	内蒙古
28	狗尾粟(小粟)	00014634	—	75	红苗牛头沟	00021646	内蒙古
29	锤罗	00015396	云南	76	六棱谷	00005252	山西
30	龙爪糯	00025780	—	77	红苗齐头红	00015512	内蒙古
31	谷子	00018811	新疆	78	新农谷2	00010234	河南
32	谷子	00018817	新疆	79	耧里莠谷	00022033	河北
33	红谷	00021668	宁夏	80	八杈谷	00023499	河南
34	大红毛谷	00025520	甘肃	81	早谷	00011078	山东
35	黄谷子	00025646	青海	82	阴天旱	00012910	山东
36	米泉谷子	00014610	—	83	金屏谷子	00013142	山东
37	尕红谷	00018675	甘肃	84	170	00013553	山东
38	喇叭黄	00025962	青海	85	紫地根	00014614	—
39	鸭子嘴	00022049	河北	86	齐头白	00022881	河北
40	显256B	00026008	河北	87	龙谷	00002852	辽宁
41	小明谷子	00021679	甘肃	88	小鸡够	00009899	河南
42	白油沙	00003055	内蒙古	89	小早谷	00012037	北京
43	红粘谷	00015521	内蒙古	90	小青谷	00012329	河北
44	红糯谷	00021656	宁夏	91	绳头子	00015070	—
45	红燃谷	00021671	宁夏	92	菠菜根毛谷	00011046	山东
46	谷子	00018789	青海	93	中牟一保谷	00014546	—
47	小苗谷	00018751	甘肃	94	滑谷	00023813	—

SSR位点 SSR locus	连锁群 Linkage group	等位基因数目 Number of alleles	基因多样性指数 Diversity index	多态信息含量 Polymorphic information content (PIC)
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b260	1	9	0.654	0.752
CAAS1018	1	5	0.765	0.833
CAAS1024	1	6	0.694	0.807
CAAS1044	1	7	0.643	0.782
CAAS2007	2	6	0.729	0.815
CAAS2017	2	5	0.649	0.794
CAAS2041	2	5	0.432	0.731
b163	3	4	0.654	0.766
b186	3	7	0.567	0.783
b224	3	8	0.698	0.781
b225	3	7	0.456	0.657
CAAS3008	3	5	0.626	0.778
CAAS3034	3	5	0.587	0.771
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CAAS3058	3	5	0.694	0.756
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b103	5	8	0.522	0.640
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CAAS9020	9	3	0.653	0.759
m2	9	6	0.784	0.841
p41	9	5	0.542	0.646
b122	未知	5	0.532	0.707
b253	未知	7	0.621	0.731

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品种名称 Variety	分子ID Molecular ID	特异性指数 Specific index	品种名称 Variety	分子ID Molecular ID	特异性指数 Specific index
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