小白菜品种的SSR指纹图谱及遗传特异性分析

doi:10.7668/hbnxb.2008.05.021

华北农学报 ›› 2008, Vol. 23 ›› Issue (5): 97-103. doi: 10.7668/hbnxb.2008.05.021

所属专题： 白菜；

小白菜品种的SSR指纹图谱及遗传特异性分析

王笑一^1,2, 于拴仓², 张凤兰², 余阳俊², 赵岫云², 张德双²

1. 首都师范大学, 生命科学院, 北京, 100037;
2. 北京市农林科学院, 蔬菜研究中心, 北京, 100097

收稿日期:2008-06-16 出版日期:2008-10-28
通讯作者: 张凤兰(1964－)，女，山东莱阳人，博士，研究员，主要从事十字花科蔬菜育种工作。
作者简介:王笑一(1983－)，女，湖北武汉人，硕士，主要从事蔬菜分子育种方面的研究工作。
基金资助:
农业部“984”项目(2005-Z18)

SSR Fingerprinting and Genetic Distinctness of Pak-choi(Brassica rapa L.ssp.chinensis Makino)

WANG Xiao-yi^1,2, YU Shuan-cang², ZHANG Feng-lan², YU Yang-jun², ZHAO Xiu-yun², ZHANG De-shuang²

1. College of Life Science, Capital Normal University, Beijing 100037, China;
2. Vegetable Reaserch Center, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing 100097, China

Received:2008-06-16 Published:2008-10-28

摘要/Abstract

摘要： 为研制我国小白菜品种的DUS测试标准，搜集和筛选了形态差异大、不同生态类型的地方品种和目前生产上栽培面积大的杂交一代品种80份，在植物学性状调查的基础上，利用SSR标记对80份小白菜品种进行了遗传特异性分析，构建了SSR指纹图谱。从131对SSR引物中筛选了20对多态引物组合，对80个品种进行了分析，共检测出56个多态性条带，多态性比率3.68%，平均每对引物组合产生2.8个多态性条带。用5对引物Na12E02、Na12A08、Ni4D09、BRMS-269和BRMS-296的组合获得了每个品种的SSR特征带，可以将80个品种区分开来，从而建立80份小白菜品种的SSR指纹图谱。基于SSR标记的聚类分析表明，形态相似或来源相同的品种遗传基础相近，以遗传距离为0.36为划分标准，8.50%的品种具有遗传特异性。

关键词: 小白菜, SSR标记, 指纹图谱

Abstract: To develop DUS testing standards for Pak-choi,we collected and selected 80 Pak-choi varieties,which are landraces with different morphology and ecotype and hybrids in a large planting area in China.On the basis of botanic characters in vestigation,SSR fingerprinting and genetic distinctness of 80 non-heading Chinese cabbage varieties were an-alyzed by a set of SSR markers in this study.Out of SSR primer 131 pairs,20 pairs were screened out with polymorphism among 80 varities and 56 polymorphic bands were obtained.The polymorphism ratio was 73.68%,2.8 polymorphic bands in average and were amplified by a pair of SSR primers.80 varieties could be distinguished by a 5-primer-combination of Na12E02,Na12A08,Ni4D09,BRMS-269 and BRMS-296.SSR fingerprinting mapping for each variety was established.The results from genetic cluster showed that the varieties with similar morphological traits or the same origin have a close genetic base,87.50% of the tested varieties were distinguishable at a genetic distance threshold of 0.36.

Key words: Pakchoi, Simple sequence repeats (SSR), Fingerprinting

中图分类号:

S634.03

王笑一, 于拴仓, 张凤兰, 余阳俊, 赵岫云, 张德双. 小白菜品种的SSR指纹图谱及遗传特异性分析[J]. 华北农学报, 2008, 23(5): 97-103. doi: 10.7668/hbnxb.2008.05.021.

WANG Xiao-yi, YU Shuan-cang, ZHANG Feng-lan, YU Yang-jun, ZHAO Xiu-yun, ZHANG De-shuang. SSR Fingerprinting and Genetic Distinctness of Pak-choi(Brassica rapa L.ssp.chinensis Makino)[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2008, 23(5): 97-103. doi: 10.7668/hbnxb.2008.05.021.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2008/V23/I5/97

参考文献

[1] 侯喜林.不结球白菜育种研究新进展[J].南京农业大学学报,2003,26(4):111-115.
[2] 张金渝,张建华,杨晓洪,等.玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建[J].玉米科学,2006,14(4):47-52.
[3] 李汝玉,宋国安,杨平平.用SSR标记进行品种权有争议品种的鉴定[J].种子,2001(1):66-67.
[4] 郭景伦,赵久然,孔艳芳,等.引物组合法在利用DNA指纹鉴定玉米自交系真伪中的应用研究[J].华北农学报,2000,15(2):27-31.
[5] 赵久然,王凤格,郭景伦,等.中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅱ[J].玉米科学,2003,11(2):3-5,8.
[6] 王凤格,赵久然,郭景伦,等.比较三种DNA指纹分析方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用[J].分子植物育种,2003(5/6):655-661.
[7] Lowe A J,Jones A E,Raybould A F,et al.Transferability and genome specificity of a new set of microsatellite primers among Brassica species of the U triangle[J].Molecular Ecology Notes,2002,2:7-11.
[8] Lowe A J,Moule C,Trick M,et al.Efficient large-scale development of microsatellites for marker and mapping applications in Brassica crop species[J].Theor Appl Genet,2003,108:1103-1112.
[9] Suwabe K,Tsukazaki H,Iketani H,et al.Simple sequence repeat-based comparative genomics between Brassica rapa and Arabidopsis thaliana[J].The Genetic Origin of Clubroot Resistance Genetics,2006,173:309-319.
[10] Suwabe K,Iketani H,Nunome T,et al.Isolation and characterization of microsatellites in Brassica rapa L.[J].Thear Appl Genet,2002,104:1092-1098.
[11] Szewc-McFadden A K,Kresovich S,Bliek S M,et al.Identification of polymorphic,conserved simple sequence repeats(SSRs)in cultivated Brassica species[J].Theor Appl Genet,1996,93:534-538.
[12] Senior M L,MurPhy J P,Goodman M M,et al.Utility of SSRs for determining genetic similarities and relationships in maize using an agarose gel system[J].Crop Science,1998,38:1088-1098.
[13] Smith J S C,Chin E C L,Shu H,et al.An evaluation of the utility of SSR loci as molecular markers in maize(Zea mays L.):Comparison with data from RFLPs and pedigree[J].Theor Appl Genet,1997,95:163-173.
[14] Nei M,Li W H.Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endouncleases[J].Proc Natl Acad Sct USA,1979,76(10):5269-5273.
[15] 王凤格,赵久然,郭景伦,等.中国玉米新品种标准DNA指纹库构建研究的几点思考[J].植物学通报,2005,22(1):121-128.

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[1]	凌晨, 赵洪, 颜军, 马莹雪, 冯艳芳, 张靖立, 李波, 邓超, 徐振江. 基于SSR标记的莴苣品种鉴定体系的建立及应用[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 34-44.
[2]	马杰, 孙向阳, 索琳娜, 王磊, 孙娜, 许宁, 李佳. 两种改良剂对北方石灰性土壤中镉的钝化及小白菜生长的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(2): 152-159.
[3]	董丽, 石海春, 赵长云, 余学杰, 柯永培. 玉米矮秆突变体K718d的遗传鉴定[J]. 华北农学报, 2021, 36(6): 71-77.
[4]	伊六喜, 萨如拉, 王树彦, 李志伟, 斯钦巴特尔, 李强. 亚麻木酚素含量的SSR关联分析[J]. 华北农学报, 2021, 36(1): 63-70.
[5]	茹淑华, 侯利敏, 赵欧亚, 孙世友, 张国印, 王凌, 刘蕾. 钝化剂种类和添加比例对土壤镉钝化效果和小白菜吸收镉的影响[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 274-281.
[6]	吕冰冰, 代畅, 彭正松, YAMAMOTO Naoki, 吴一超, 魏淑红, 杨在君. 一组新的小麦EST-SSR标记开发及其在遗传图谱构建中的应用[J]. 华北农学报, 2020, 35(4): 57-63.
[7]	李祥栋, 石明, 陆秀娟, 潘虹, 魏心元, 陆平. 利用叶绿体基因组SSR标记揭示薏苡属种质资源的遗传多样性[J]. 华北农学报, 2019, 34(S1): 6-14.
[8]	郭慧娟, 贾举庆, 李欣, 乔麟轶, 阎晓涛, 任永康, 常利芳, 张树伟, 畅志坚, 张晓军. 小麦种质CH7015中抗白粉病基因的SSR定位[J]. 华北农学报, 2019, 34(6): 203-208.
[9]	贾小平, 张博, 李剑峰, 袁玺垒, 陆平, 戴凌峰. 谷子SSR标记与光周期敏感性的关联分析[J]. 华北农学报, 2019, 34(1): 89-96.
[10]	白志元, 张瑞军, 武国平, 连世超, 杨玉花, 卫保国. 基于SSR标记的杂交大豆主要亲本遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2018, 33(4): 120-125.
[11]	姜童, 王辉, 陈宁, 付翔, 杨延杰, 林多. 利用InDel指纹图谱评价鲁西南地区簇生朝天椒品种的相似度[J]. 华北农学报, 2018, 33(2): 126-132.
[12]	徐万强, 孙世友, 侯利敏, 茹淑华, 张国印, 王凌. 有机无机钝化剂及组合对重金属污染土壤上小白菜吸收Pb和Cd的影响[J]. 华北农学报, 2017, 32(S1): 290-295.
[13]	李立新, 司守霞, 魏安智, 刘玉林, 冯世静, 杨途熙. 基于花椒转录组序列SSR分子标记开发及花椒种质鉴定[J]. 华北农学报, 2017, 32(5): 69-77.
[14]	赵娜, 郎丽娜, 卢虹, 刘璐, 刘亚萍, 刘霞, 田正书, 王阳, 黄镇, 徐爱遐. 甘蓝型油菜抗寒相关基因的QTL初步定位[J]. 华北农学报, 2016, 31(5): 14-20.
[15]	董章辉, 赵丽芬, 赵彦坤, 眭书祥, 张艳丽, 王虎, 李增书, 李爱国, 朱青竹. 83份早熟抗虫棉种质资源的SSR标记聚类分析[J]. 华北农学报, 2015, 30(S1): 46-50.

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