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畜牧
本专题筛选《华北农学报》刊载的畜牧相关论文,涉及牛、羊、猪、鸡等遗传育种、生物技术、生理生化及畜禽病害等学科论文。点击相关论文即可打开该文网页并可下载全文。为方便读者引用及分享,每篇文章都包含完整的中英文引文格式(包含国际DOI号)及专有二维码,长按该文二维码即可打开该文网页,同时可以实现移动端分享。感谢您的下载引用及转发分享。
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  • 孔得文, 王维民, 田慧彬, 张德印, 赵利明, 杨晓斌, 马宗武, 李成海, 张健, 蒲萌茹, 曹佩亮, 李林庭, 李泓舰, 贾国星, 高飞, 武万恩, 王立忠, 冯炼君, 肖子越, 张琪, 闫成琪, 高磊, 张小雪

    脂肪储存诱导跨膜蛋白2 (FITM2) 在调节脂质储存和骨骼肌能量代谢中发挥着重要作用。为了扫描绵羊FITM2基因多态性,探究其与湖羊生长性状的关系,选取1 128只健康无病、表型记录准确的湖羊为试验群体,以绵羊FITM2基因为研究对象,首先运用qPCR技术对FITM2基因在不同组织中的表达差异进行分析,其次通过PCR扩增、Sanger测序和AQP基因分型技术对绵羊FITM2基因多态性进行检测,并与生长性状进行关联分析。研究结果表明,FITM2基因在湖羊不同组织中均有表达,其中在尾脂中的表达水平最高,且显著高于其他组织。FITM2基因多态性检测结果显示,在FITM2基因第1内含子中存在g.72704027 C>T突变位点。关联分析结果表明,CC基因型个体的100,120日龄体质量、140,160日龄体高、80,120,140,160日龄体长、100日龄胸围均显著高于TT基因型个体。综上,绵羊FITM2基因g.72704027 C>T突变位点可作为与湖羊生长性状相关的候选分子标记,为湖羊的遗传育种工作提供理论基础。

  • 赵国勇, 高何璇, 刘晓洁, 何玉琴, 陶乐凯, 蔡永强, 张光敏

    为探究速激肽3受体基因(TACR3)功能及其编码产物神经激肽B受体(NK3R)在甘加型藏羊输卵管和子宫中的表达与分布,以发情周期和乏情期甘加型藏羊下丘脑、输卵管和子宫组织为样本,通过巢式PCR反应克隆TACR3基因编码区序列(CDS),利用STRING蛋白质互作数据库、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)预测分析TACR3互作蛋白的生物学功能;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白免疫印迹(WB)和免疫组织化学(IHC)方法分析TACR3基因及其编码蛋白NK3R在甘加型藏羊发情周期和乏情期输卵管和子宫的分布及表达规律。结果显示,甘加型藏羊TACR3基因开放阅读框全长1 95 bp,编码464个氨基酸,未发现信号肽结构,存在7次跨膜结构;TACR3可能参与神经肽信号通路、GnRH信号通路和钙信号通路等生物学过程。TACR3编码的NK3R蛋白主要表达在输卵管的黏膜上皮、纤毛细胞、分泌细胞和子宫的子宫腺、基质细胞中。输卵管中TACR3 mRNA在发情后期表达量最高,NK3R蛋白在发情期表达量最高;子宫中TACR3 mRNA和蛋白均在发情后期表达量最高。结果表明,TACR3基因在动物进化中较为保守,不同发情时期的输卵管和子宫组织均有TACR3 mRNA及蛋白表达,其可能在甘加型藏羊生殖过程中发挥重要作用。

  • 张羽欣, 张龙, 郭妍岩, 石笑迪, 李博禹, 阮维斌, 姚大为, 张效生

    为筛选不同尾型绵羊尾部脂肪组织之间的差异表达mRNAs、miRNAs和lncRNAs,构建参与调控绵羊尾部脂肪沉积的重要竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,随机选取2岁(24月龄)杜泊羊和天津大尾羊各3只,取尾部脂肪组织进行H&E染色和全转录组测序,运用生物信息学筛选差异表达的RNAs,并进行靶基因预测和功能富集,从调控脂质沉积的角度,进一步分析其调控网络和靶向关系。结果表明,天津大尾羊尾部脂肪细胞面积显著大于杜泊羊尾部脂肪细胞;杜泊羊和天津大尾羊尾部脂肪组织存在差异表达的mRNAs共有1 156个(403个上调表达,753个下调表达),差异表达的miRNAs共有72个(其中46个上调表达,26个下调表达),差异表达的lncRNAs共392个(142个上调表达,250个下调表达);同时,差异表达lncRNAs预测到靶基因216个,这些靶基因参与四氢叶酸代谢过程、GAIT复合体、辅酶分解代谢过程等与脂代谢相关生物学过程以及甘油酯代谢、生物素代谢、脂肪消化和吸收及磷脂酰肌醇信号系统等信号通路;通过预测差异表达的mRNAs和lncRNAs与miRNAs的靶向关系,成功构建一个与绵羊尾脂沉积密切相关的ceRNA网络,其中24个lncRNAs和6个miRNAs被预测可以调控PROX1LPLLRP1B与脂代谢密切相关的基因。综上,PROX1LPLLRP1B在绵羊尾脂沉积中发挥关键作用,预测到MSTRG.9916.7等4个lncRNAs通过PROX1正向调节脂肪代谢,MSTRG.7563.1和MSTRG.4729.1通过LPL正向调节脂肪代谢。

  • 李忠莹, 郭震楠, 朱洪林, 李佳琳, 施会彬, 韩浩园, 李君, 权凯

    旨在克隆奶山羊沉默信息调节因子2相关酶7基因(SIRT7)并进行生物信息学分析,检测该基因在奶山羊不同组织中的表达规律及其对奶山羊乳腺上皮细胞乳脂合成的影响。结果表明,通过设计SIRT7基因引物,成功克隆奶山羊SIRT7基因序列1 376 bp,编码区长1 203 bp,编码400个氨基酸,与绵羊同源性最高。SIRT7是亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,二级结构有无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角。qRT-PCR结果显示,SIRT7基因在奶山羊肝脏组织中的相对表达量最高,在其他组织中也有一定的表达量。构建SIRT7基因过表达载体pcDNA3.1-SIRT7,将其转染至奶山羊乳腺上皮细胞中,与空载体对照组相比,过表达组SIRT7基因mRNA水平上调约33倍。SIRT7基因过表达后,乳脂代谢相关基因中硬脂酰辅酶A去饱和酶基因(SCD1)表达量显著降低,抗原分化簇36基因(CD36)、二酰基甘油酰基转移酶1基因(DGAT1)、固醇调节元件结合蛋白1基因(SREBP1)的表达量极显著降低;细胞中甘油三酯含量显著降低;细胞核周脂滴聚集量明显减少。因此,SIRT7基因抑制奶山羊乳腺上皮细胞的脂质代谢,为进一步探索SIRT7在奶山羊乳腺上皮细胞中的调控机制奠定基础。

  • 马荆鄂, 曾配君, 万淑敏, 熊信威, 王樟凤, 刘婧, 许继国, 饶友生

    通过分析开产与未开产康乐黄鸡肝脏组织转录组表达谱,筛选出开产相关候选基因和关键通路,为研究鸡肝脏基因调控开产性状分子机理提供理论基础,为康乐黄鸡选种选育提供一定参考。选取154日龄已开产(H组)、未开产(L组)各3个个体的肝脏组织,采用TRIzol法提取总RNA,利用Illumina测序平台进行转录组测序,筛选2组个体的差异表达基因;对差异表达基因进行功能富集和蛋白互作分析;随机选取9个候选基因,在9个个体肝脏中,进行qRT-PCR验证。一共检测到21 465个基因在肝脏组织表达,共筛选出227个差异表达基因,其中48个表达上调,179个表达下调。qRT-PCR验证结果表明,9个基因在2组个体肝脏中表达量变化趋势与RNA-Seq结果基本一致,且在H、M(即将开产)和L 3组个体中呈现表达量依次递减或递增的趋势。初步确定了6个开产性状相关候选基因,分别是VTG1VTG2VTG3APOV1RBPRNF186。5条关键信号通路分别是脂肪消化吸收、胆固醇代谢、ECM-受体相互作用、雌激素信号通路、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢。综上,初步确定了6个康乐黄鸡开产性状相关候选基因,5条关键信号通路。

  • 王煜轩, 杨植, 刘昊阳, 王兴海, 杨富琳, 芦烘德, 何至远, 董虹

    为探究猪流行性腹泻病毒(PEDV)在猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)中的繁殖适应性,并评估虎杖水提取物对其体外抑制作用,通过细胞毒性试验和Western Blot试验,评估不同胰酶浓度、不同时间对IPEC-J2细胞活性以及PEDV N蛋白在细胞内表达的影响;再通过TCID50、实时荧光定量PCR和Western Blot等方法检测病毒滴度、PEDV N基因转录水平及N蛋白的表达量;使用CCK-8法检测虎杖水提取物对IPEC-J2细胞增殖活力的影响;进一步通过实时荧光定量PCR和Western Blot试验,检测虎杖水提取物对PEDV N基因和N蛋白表达的抑制作用,以及探究虎杖水提取物对PEDV生命周期各个阶段的影响。结果表明,当胰酶浓度为2 μg/mL时,胰酶对细胞无影响,此时PEDV展示出最佳的繁殖适应性,且36 h后达到最高毒力值;虎杖水提取物浓度低于100 μg/mL时在12 h,24 h无细胞毒性。虎杖水提取物在All-treatment Co-treatment、Post-treatment 3种加药方式下显著抑制N基因表达,并呈剂量依赖显著抑制PEDV N基因mRNA和N蛋白的表达;虎杖水提取物主要在病毒生命周期中复制增殖阶段对PEDV N基因有显著抑制效果,在其他阶段无明显抑制作用。综上,2 μg/mL胰酶浓度对PEDV繁殖适应性最佳,并且虎杖水提取物在体外有显著的抑制PEDV效果,主要作用于PEDV生命周期的复制增殖阶段。

  • 蓝湘一, 何洋洋, 张明, 黄慈, 王海波, 王会, 柴志欣, 钟金城

    MAP3K7是MAP3K家族中的一员,在脂肪分化、炎症和肿瘤发生过程中发挥着重要作用,但其与牦牛脂肪分化的关系未见报道,并且其基因序列未知,制约了相关功能研究。为了获得牦牛MAP3K7 基因编码区 (CDS) 保守区域序列,明确其表达特征,了解其在牦牛不同组织中的表达水平及其与牦牛皮下前体脂肪细胞分化的相关性,利用RT-PCR技术,克隆牦牛 MAP3K7 基因并利用生物信息学方法分析生物学特性;利用实时荧光定量 PCR (qPCR) 技术检测MAP3K7 在牦牛心、肝、脾等10个组织中的表达情况,与不同分化阶段牦牛皮下脂肪细胞中MAP3K7基因和脂分化相关基因的表达情况,同时结合油红O染色,明确MAP3K7 基因对牦牛皮下前体脂肪细胞分化的影响。结果表明:克隆所得牦牛MAP3K7基因CDS区长度为1 740 bp,编码579个氨基酸,与野牦牛MAP3K7 预测序列CDS区比对发现第967位 A>G,导致第323位氨基酸Thr>Ala的突变。理化性质分析发现,该蛋白为整体带负电的亲水酸性蛋白,具有112个氨基酸磷酸化位点,其氨基酸组成中,占比最高的是丝氨酸;二级结构预测显示,其无规卷曲含量最高,可能与TAB3等蛋白质间存在相互作用关系。核苷酸同源性比对与进化树结果表明,牦牛MAP3K7在反刍动物间具有较高的保守性,与野牦牛同源性最高且进化关系最近。组织定量检测发现,MAP3K7在牦牛皮下脂肪和内脏脂肪中的表达量相对较低,在牦牛皮下前体脂肪细胞诱导分化过程中,MAP3K7表达量随着成熟脂肪细胞的增多先上调,至分化到一定程度后下调。综上,MAP3K7基因在牦牛皮下前体脂肪细胞分化前期高表达以促进分化,但当分化到一定程度时,表达下调抑制进一步分化。

  • 牛瑞来, 张悦, 韦应实, 杨飏, 卿宇, 成述儒, 朱才业

    绵羊的尾型是由遗传和环境因素相互作用形成的复杂性状,环状RNA(circRNA)与脂肪生成密切相关。为探究circRNA对绵羊尾部脂肪沉积的影响,对绵羊尾部脂肪进行转录组测序并进行样品组间差异表达分析,筛选出与绵羊尾脂相关的候选circRNA,构建绵羊尾部脂肪沉积相关circRNA-miRNA-mRNA 的调控网络图,并对筛选出来的circRNA进行定位,然后对其功能进行验证。结果显示,在2种不同尾型绵羊尾部脂肪组织转录本中共筛选得到679个差异表达circRNA,其中422个上调,257个下调。并对差异circRNA靶基因进行GO和KEGG功能富集分析,涉及了DNA代谢过程、解剖结构发育、分解代谢过程、细胞自噬作用、碳水化合物吸收过程以及脂肪沉积相关的细胞增殖、脂质代谢等众多生物学发育过程。靶基因富集在细胞生长与凋亡过程、细胞运动、运输和分解代谢、信号转导作用、转录翻译以及氨基酸合成代谢等功能,说明这些circRNA可能通过以上众多通路参与绵羊尾部脂肪的沉积过程。对筛选出的差异circRNA_0018采用荧光原位杂交方法进行定位分析并在前体脂肪细胞中进行验证,结果表明,circRNA_0018是真正且稳定的细胞质环状分子,能促进脂肪细胞分化,由此推测,circRNA_0018等可能参与绵羊脂肪沉积和脂质代谢过程。

  • 殷冬冬, 朱星星, 兰梦蝶, 彭梦玲, 尹磊, 戴银, 沈学怀, 王洁茹, 赵瑞宏, 潘孝成

    为分析安徽六安地区新型鹅星状病毒(GAstV)的变异情况并表达其VP27-VP34蛋白,从六安某养殖场采集鹅痛风病料,经RT-PCR检测为阳性后,首先对鹅胚传代培养分离病毒,其次对分离毒株进行动物回归试验、全基因组扩增测序及遗传进化分析;随后,将分离株的VP27-VP34序列克隆至pCold-TF载体进行诱导表达,并将纯化后的重组蛋白免疫6 周龄雌性 BALB/c 小鼠制备多克隆抗体。通过间接免疫荧光(IFA)检测多克隆抗体特异性,利用琼脂扩散法检测血清抗体效价。结果表明,从临床病料样本中分离到 1 株鹅星状病毒,命名为 AH-2021 株。动物回归试验可见雏鹅心脏、肝脏表面尿酸盐沉积明显,肾脏发白、肿胀。遗传进化结果显示, AH-2021 株属于GAstV-1,与GenBank中的其他GAstV-1相似性为98.0%~99.0%。重组表达载体pCold-TF-VP27-VP34经 IPTG 诱导获得了目的蛋白,SDS-PAGE显示,重组蛋白分子质量约为110 ku,主要以上清形式存在。IFA试验结果显示,制备的多克隆抗体能够特异性识别新型鹅星状病毒,琼脂扩散结果显示,抗体效价可达 1:16。综上所述,从临床痛风雏鹅中分离鉴定到 1 株新型鹅星状病毒 AH-2021 株,动物回归试验表明,新型鹅星状病毒是导致雏鹅痛风的病原,制备了VP27-VP34 融合蛋白的多克隆抗体。

  • 司比努尔·牙生江, 者玉琦, 钟金城, 武志娟, 柴志欣

    极长链脂肪酸延伸酶3(ELOVL3)主要参与合成极长链脂肪酸(VLCFA),在脂肪酸代谢过程中扮演重要角色。旨为克隆九龙牦牛ELOVL3基因的蛋白编码序列,构建ELOVL3基因真核表达载体,并预测分析其生物学功能,通过PCR技术扩增九龙牦牛ELOVL3基因的CDS区序列,并通过同源重组将其插入到pcDNA3.1载体中以构建重组质粒。采用限制性酶切及PCR技术验证重组质粒,结合测序结果,利用在线预测软件分析其蛋白编码序列的生物学功能。另外,针对ELOVL3基因在mRNA水平和蛋白水平的表达量,进行qPCR和Western Blot检测。结果表明:九龙牦牛ELOVL3基因的蛋白编码序列全长813 bp,共编码270个氨基酸;酶切、PCR及测序鉴定,确认成功构建pcDNA3.1-ELOVL3 真核表达载体。生物信息学分析结果显示,ELOVL3基因编码蛋白属于疏水性蛋白,共有6个跨膜结构域及27个磷酸化位点。系统发育树显示,与九龙牦牛亲缘关系最近的是普通牛,最远的是原鸡。此外,ELOVL3基因在九龙牦牛肺脏组织中表达量最高。

  • 冯芬, 李彦霞, 王晋鹏, 董益闻, 罗仍卓么, 王兴平

    为了深入探究lncRNA TCONS_00143126E.coli型奶牛乳腺炎中的表达模式及其生物学功能,采用奶牛乳腺上皮细胞的cDNA为模板,运用PCR克隆及测序技术来确认lncRNA TCONS_00143126的存在,并进行lncRNA的亚细胞定位分析、预测可能靶向的miRNA及靶基因,并通过KEGG通路富集分析探讨其在奶牛乳腺炎中的潜在作用机制。此外,采用LPS诱导bMECs以构建奶牛乳腺炎体外模型,并通过RT-qPCR技术检测lncRNA TCONS_00143126在LPS诱导bMECs 6,12,24 h的表达情况。结果表明,lncRNA TCONS_00143126是真实存在的,在LPS诱导的bMECs中的表达量显著上调,且主要分布于细胞核中。靶基因预测及KEGG富集分析结果显示,lncRNA TCONS_00143126可能通过靶向的miRNA(bta-miR-133a、bta-miR-193a-5p和bta-miR-375等)和靶基因(IFNESLC2A10MEX3B)来调节JAK-STAT、mTOR和MAPK等炎症信号通路,进而在奶牛乳腺上皮细胞炎症中发挥作用。

  • 黄志强, 王维民, 张德印, 赵源, 张煜坤, 徐丹, 杨晓斌, 马宗武, 何丽娟, 蔡有鑫, 刘晓强, 张小雪

    茴香胺5(ANO5)是一种定位于肌膜和肌浆网的多通道膜蛋白,主要在肌膜修复和磷脂争夺中起作用,ANO5基因突变会导致颌骨发育不全以及各种肌肉疾病。为了探讨绵羊ANO5基因的单核苷酸多态性与脂肪沉积性状的关联性,选择健康且系谱清晰的1 005只湖羊公羔群体为研究对象,采用PCR扩增技术和KASPar分型技术对试验群体ANO5基因位点多态性进行检测,并与脂肪沉积性状进行关联分析,并利用qPCR分析ANO5基因在不同组织中的表达水平。结果表明,绵羊ANO5基因在湖羊多种组织中广泛表达,与其他组织相比,ANO5基因在心脏组织中的表达量最高。在绵羊ANO5基因第10内含子中检测到了g.58010 C>T多态位点的3种基因型CC、CT和TT。描述性统计结果表明,肾周脂肪质量与其他脂肪质量的差异最大,变异程度最高。相关分析结果表明,脂肪沉积相关性状与生长性状、饲料效率性状均呈正相关。关联分析结果表明,该多态位点与湖羊肾周脂肪质量及其相关性状呈显著关联。其中,CC基因型个体的肾周脂肪质量及其相对质量均显著低于TT基因型个体。综上所述,绵羊ANO5基因g.58010 C>T突变位点可作为湖羊肾周脂肪沉积性状的候选分子标记。

  • 付盼盼, 胡慧慧, 李杰, 赵进, 王鹏飞, 尚学峰, 张森, 黄晓宇

    旨在比较分析国内地方猪种八眉猪和引入猪种大白猪两品种猪泌乳期的乳成分、血清生化指标及泌乳相关基因LeptinLF的表达水平。选取健康状况良好,体况基本一致,胎次、配种期和分娩期接近(3 d内)的纯种八眉猪和大白猪各6头,于八眉猪和大白猪分娩(即泌乳第1天)、泌乳第7,14,21,28天,分别采集八眉猪和大白猪乳汁50 mL,血清及全血样本各2 mL,用于测定乳汁营养成分和血清中碱性磷酸酶(ALP)、白蛋白(ALB)、球蛋白(GLB)、甘油三酯(TG)、尿素氮(BUN)、谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)等指标,及LeptinLF基因的表达情况。结果表明,泌乳第1天除了乳脂(Fat)外,八眉猪初乳中酪蛋白(CS)、总蛋白(TP)、总固形物(TS)、非脂乳固体(SNF)、乳糖(L)、游离脂肪酸(FFA)含量和酸度(Acidity)均极显著高于大白猪;八眉猪泌乳第21天的CS、TP、Fat、TS、SNF和L含量极显著低于大白猪。两猪种血清生化指标在泌乳期呈现不同的变化趋势,八眉猪在泌乳第1天,ALT、AST、GLB、BUN以及TG含量显著高于大白猪,而ALP、ALB含量显著低于大白猪。泌乳第1天,Leptin基因和LF基因在八眉猪和大白猪之间差异不显著,但自第7天起,大白猪Leptin基因表达量均极显著高于八眉猪,八眉猪LF基因表达水平均极显著高于大白猪。总的来说,2种猪的乳营养成分随泌乳期的延长呈下降趋势,Leptin基因和LF基因的表达量很有可能与2种猪的产奶量和乳品质有关,有待进一步验证。

  • 马荆鄂, 陈玉洁, 雷文静, 许桥, 许继国, 许晶, 饶友生

    旨在基于组学数据筛选与康乐黄鸡8周龄体质量性状相关的重要候选基因,为康乐黄鸡生长性状的分子标记辅助育种提供理论基础,为完善地方鸡种分子选育方法、加快品种选育进展提供关键的基础数据。以434只康乐黄鸡为研究对象,测定8~22周龄体质量,采用基因芯片技术对康乐黄鸡8周龄体质量性状进行全基因组关联分析,筛选显著关联SNP位点。寻找位于每个显著SNP周围2 Mb区域内的候选基因,对候选基因进行GO和KEGG功能分析。结合前期转录组测序数据、文献数据,筛选与康乐黄鸡8周龄体质量性状相关的关键候选基因。共检测到2个显著关联SNPs,分别位于2号染色体(131 485 613 bp)和4号染色体(60 413 848 bp),筛选到118个候选基因。基因功能注释结果表明,视黄酸代谢过程为最显著富集的生物学过程,脂肪酸降解、酪氨酸代谢和药物代谢-细胞色素P450等12个通路为显著性富集通路。初步确定基因OXR1RSPO2EIF3ETRHRBMPR1BADH1CMTTPLAMTOR3PPP3CAPDLIM3可作为康乐黄鸡8周龄体质量性状的关键候选基因。研究初步确定了2个与康乐黄鸡8周龄体质量性状显著关联的SNP位点,以及10个关键候选基因。

  • 马荣, 路建卫, 赵雪, 扎老, 成述儒, 喇永福, 吴晓云, 包鹏甲, 郭宪, 梁春年

    为探究牦牛Akirin1基因的序列特征,详细了解其组织表达特性。以甘南牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用RT-PCR技术克隆甘南牦牛Akirin1基因CDS序列,并使用多种生物在线软件及工具进行生物信息学分析,再利用qPCR技术检测Akirin1基因在甘南牦牛心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪和睾丸组织中表达差异。结果显示,甘南牦牛Akirin1基因CDS长579 bp,共编码192个氨基酸,基因编码的蛋白分子式为C964H1525N275O291S8,蛋白理论等电点为8.91,不稳定系数和总平均亲水性分别为84.14,-0.822,属于不稳定亲水性蛋白;蛋白潜在磷酸化位点有29个,分别为14个丝氨酸,11个苏氨酸和4个酪氨酸;无信号肽和跨膜螺旋结构,亚细胞定位显示,主要存在于细胞核中,属于非分泌型蛋白;蛋白高级结构主要由39.06%的α-螺旋和56.25%的无规则卷曲结构组成。同源性分析比对牦牛与普通牛亲缘关系最近,符合实际情况,说明Akirin1基因在进化过程中相对具有一定保守性。实时荧光定量结果显示,Akirin1基因在成年甘南牦牛心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪组织均有所表达,而在肾脏组织中相对表达最多,显著高于其他组织,在肌肉和肝脏组织中表达相对较少。本试验为进一步研究牦牛Akirin1基因功能特征提供一定的理论基础。

  • 徐红梅, 海欣怡, 李悦悦, 李巧, 马梓峰, 熊燕, 熊显荣, 兰道亮, 李键, 付伟

    旨在建立牦牛肌肉和皮肤成纤维细胞系,并分析比较两者的形态、生长、标志基因和蛋白的差异,为更好地了解和研究牦牛相关特性提供材料。首先,从妊娠3个月的牦牛胎儿分离皮肤和肌肉组织块,分别采用组织块法和酶解法培养其原代细胞,观察其生长状态和形态特点;之后,利用CCK8法检测皮肤成纤维细胞和肌肉成纤维细胞的增殖活力,并对2种细胞进行免疫荧光染色分析;最后,利用RT-qPCR分析2种细胞中成纤维细胞标志基因的表达。结果显示,酶解法比组织块法更容易获得胎牦牛皮肤和肌肉成纤维细胞,胎牦牛皮肤成纤维细胞的活力显著高于肌肉成纤维细胞(P<0.05),且皮肤成纤维细胞中标志蛋白VIMENTIN的荧光强度显著高于肌肉成纤维细胞,但二者组蛋白修饰H3K27me3的差异不显著;VIMENTINS100A4基因在皮肤成纤维细胞中显著高表达,而FAPSMA基因在肌肉成纤维细胞中显著高表达,与免疫荧光染色结果一致。综上,建立了牦牛胎儿皮肤和肌肉成纤维细胞系,并通过CCK8、免疫荧光染色和RT-qPCR等方法比较了2种细胞的生理特性。

  • 彭海芬, 王国君, 段新慧, 刘丽仙, 杨莎莎, 张以芳, 李文贵

    为调查云南大理州一处奶牛养殖小区BEFV的感染情况及其流行毒株G基因的遗传多样性。对该大理州奶牛养殖小区的10份疑似病例,参考GenBank中牛流行热病毒的G基因序列,设计并合成2对特异性扩增G基因,测序并完成序列分析。同时,采60份血清样本进行抗体检测。结果显示,对10份疑似BEF病牛全血样的检测结果,6份呈BEFV核酸阳性。去除重复序列,获得4株牛流行热病毒云南流行株G基因扩增、测序,序列全长均为1 872 bp,编码623 aa。4株毒株之间组内核苷酸序列相似性为99.7%~99.9%,遗传进化分析与亚洲毒株聚为一类,并独自为一个细小分支。与泰国2017年分离TH-NP0065毒株和中国的毒株关系最近。与我国疫苗株JB76H的氨基酸同源性比较,发现7个氨基酸突变位点,为K53→N53、K62→R62、P183→S183、G263→E263、K461→E461、K457→R457、I475→M475。除中和抗原位点G1外,G2、G3、G4均出现变异位点。抗体检测试剂盒检测结果,抗体浓度≥52.5 ng/L临界值的样品有19份,阳性率为31.67%。综上所述,该奶牛养殖小区存在BEFV的感染,且流行株G基因存在多位点变异。

  • 李亚博, 蒋秋斐, 陈亚飞, 李德生, 赵薇, 佟丽佳, 顾亚玲, 张娟

    旨在基于代谢组学分析,探究不同月龄安格斯牛肉质风味差异的机制。以17,20,24月龄的安格斯牛为研究对象,在相同饲养管理条件下对不同月龄安格斯牛背最长肌进行肉质性状检测和代谢组学分析。代谢组结果表明,分别在B17 vs B20、B17 vs B24和B20 vs B24组中鉴定出69,51,53个正离子差异代谢物,53,46,58个负离子差异代谢物,其中上调差异代谢物166个,下调差异代谢物164个。KEGG通路分析表明,差异代谢物主要富集到脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢和内分泌系统等多个代谢途径,包括胰岛素抵抗、胆碱能突触、亚油酸代谢、磷酸戊糖途径、碳水化合物的消化与吸收、胰高血糖素信号传导以及花生四烯酸代谢通路。相关性分析表明,还原谷胱甘肽、甜菜碱、肉碱、胆碱、次黄嘌呤、棕榈油酸、柠檬酸和乳糖等关键代谢物与表型数据具有显著的相关性,可以作为安格斯牛肉质的潜在候选代谢物。结果表明,不同月龄安格斯牛肉质风味存在显著差异,鉴定到的差异代谢物和代谢通路可以为今后安格斯牛育种提供理论基础。

  • 曲畅, 张岩峰, 丁燕玲, 史远刚, 康晓龙

    bta-miR-6523a是前期史远刚课题组通过测序数据筛选出的牛脂肪沉积相关基因之一。为筛选bta-miR-6523a的靶基因,鉴定其在不同组织中的表达规律,探索其对牛脂肪沉积的可能调控机制,采用多种数据库信息对bta-miR-6523a靶基因进行预测及筛选,并探究预测的靶基因功能富集通路,最后采用qRT-PCR方法检测bta-miR-6523a在成年牛和犊牛各组织中的表达情况。结果表明,bta-miR-6523a的预测靶基因有SCDCIDEALIPE等;这些预测靶基因显著富集于Ras、Rap1、肌动蛋白细胞骨架的调节以及Hippo等与脂肪细胞的生成与分化、细胞骨架的组织和维护、代谢途径相关信号通路中。qRT-PCR结果表明,牛miR-6523a在肺中的表达量最高,在肾周脂肪中的表达量最低;bta-miR-6523a在心和肝中的表达显著高于皮下脂肪、肌间脂肪、背最长肌以及肾周脂肪,皮下脂肪、肌间脂肪、背最长肌以及肾周脂肪之间差异不显著;miR-6523a在犊牛皮下脂肪、肌间脂肪和背最长肌中的表达差异显著,且显著低于成年牛组织;bta-miR-6523a在肺组织中的高表达以及在脂肪组织表达低于其他组织提示bta-miR-6523a及其靶基因生物学作用可能较为广泛。

  • 李婧平, 李忠慧, 刘璇, 马海叶, 岳成广, 王嘉俊, 张倩雯, 李文蓉

    为掌握绵羊尾长性状的遗传特性,评估绵羊尾长变异相关候选标记TBXT基因c.C334A基因型的遗传效应,为选育绵羊短尾性状提供参考。选择长尾特克赛尔羊和无尾哈萨克羊及其杂交F1、F2群体为研究对象,分析了尾椎数变异的遗传规律,开展了尾椎数和尾长的相关性分析。利用SPSS 26.0回归分析,在特克赛尔羊和哈萨克羊的杂交群体中评估TBXT c.C334A对尾长变异的基因型效应。结果显示,特克赛尔羊平均尾椎数为17.87±1.30、偏度1.18±0.58、峰度1.37±1.12,哈萨克羊平均尾椎数为3.52±1.03、偏度0.54±0.50、峰度0.34±0.97,F1群体平均尾椎数为12.61±1.82、偏度-0.40±0.54、峰度1.52±1.08,F2群体平均尾椎数为11.67±2.63、偏度-0.70±0.23、峰度-0.12±0.46,表明绵羊尾椎数在亲本和子代的遗传符合数量性状遗传规律。绵羊尾椎数对尾长的决定系数R2为0.726,表明尾椎数变化是尾长变异的主要影响因素。在受试的杂交群体中,TBXT c.C334A对尾长变异的加性效应、显性效应和替代效应分别为2.62,0.14,2.57,该位点解释了尾长表型变异的43.96%,提示TBXT c.C334A是通过影响尾椎数进而影响尾长作用效应较大的遗传标记。

  • 李妍娇, 余淼, 李梦晗, 蒋智强, 郎文超, 阚勇, 任子利, 孙瑞萍

    旨在探明五指山猪断奶后仔猪肠道的应激变化以及对肠道黏膜AA转运载体表达量的影响。共用五指山仔猪24头,分别在断奶0天、断奶后第3,7,10天进行屠宰,并收集仔猪血清、小肠肠段和黏膜。测定其血液免疫指标、小肠形态学和肠道黏膜AA转运载体相关基因表达量。结果表明:与断奶前相比,断奶后第3天肠绒毛断裂稀疏,十二指肠和回肠绒毛高降低,空肠和回肠绒毛表面积的变化差异显著。断奶后第7天后绒毛高等数值均有好转;血清中总蛋白、白蛋白、球蛋白和葡萄糖含量在断奶后显著降低,天门冬氨酸氨基转移酶、总胆固醇、乳酸脱氢酶和天门冬氨酸氨基转移酶含量差异显著;断奶后血清中二胺氧化酶、D-乳酸和脂多糖变化显著;断奶后小肽转运载体PepT1相对表达丰度按照十二指肠、空肠和回肠的顺序依次进行增加,酸性AA转运载体EAAT3相对表达丰度在肠道中不显著,中性AA转运载体B0AT1ASCT2rBAT在空肠以及回肠中的相对表达量更高,碱性AA转运载体CAT1y+LAT14F2hc,在断奶后十二指肠的表达量降低,载体在回肠的表达中相对更加稳定。综上所述,早期断奶应激引起五指山仔猪绒毛缩短和隐窝增生等明显肠道变化,血液免疫蛋白及二胺氧化酶、D-乳酸和脂多糖等含量降低,同时肠道AA转运载体表达量变化,尤其断奶后第3天各项指标变化明显,但随着断奶日龄增长至第10天逐渐恢复,仔猪免疫力增强,肠道黏膜通透性增加。

  • 何玲钰, 乔贤, 王新越, 李祥龙

    旨在探究PLA2G4A基因对坝上长尾鸡腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究坝上长尾鸡PLA2G4A基因的生物学功能奠定基础。以选取270日龄的坝上长尾鸡腿为试验材料,将坝上长尾鸡腿肌组织以肌苷酸含量高低进行分组,每组各5个样本,从腿肌组织中提取总RNA,对其进行转录组测序分析,并进行KEGG富集分析GO功能注释和蛋白互作网络分析;利用RT-qPCR技术,分析差异基因在坝上长尾鸡腿肌组织中的mRNA表达水平;从测序结果中筛选参与甘油磷酸酯代谢通路的基因PLA2G4A。KEGG富集分析结果表明,与肌苷酸合成相关的信号通路包括甘油磷酸酯代谢、醚脂代谢、花生四烯酸代谢等。GO功能注释表明,PLA2G4A基因参与11个生物学过程,包括甘油磷酸酯代谢,醚脂代谢、花生四烯酸代谢、亚油酸代谢等。蛋白互作发现,PLA2G4A基因与花生四烯酸代谢和甘油磷酸酯代谢过程中的重要调控酶共享功能。RT-qPCR结果显示,坝上长尾鸡腿肌组织中PLA2G4A基因的表达量在样本中存在显著性差异。综上所述,PLA2G4A基因可能是影响鸡肉IMP沉积的主效基因。

  • 陶志云, 朱春红, 徐文娟, 宋卫涛, 刘宏祥, 王逸飞, 章双杰, 王志成, 李慧芳

    为探讨沙门氏菌感染对番鸭的影响,拟通过转录组测序技术检测并分析沙门氏菌人工感染番鸭后不同时间脾脏组织的转录调控变化。14 d雏番鸭在肠炎沙门氏菌人工感染后1,3,10 d分别采集试验组和对照组脾脏组织样本。Illumina测序平台测序后进行生物信息学分析,筛选差异基因、信号通路,并预测基因功能。结果表明,在番鸭感染沙门氏菌1,3,10 d分别发现95,53和12个差异基因(P<0.05,|log2(fold change)|>1)。GO分析表明,3个时间点中这些差异基因在生物学进程、分子功能、细胞部分均有富集。KEGG分析表明,感染1 d差异基因富集在细胞因子-细胞因子相互作用信号通路最多,包括CXCR4CCL3GDF9CNTFR;感染3 d,富集在神经活性配体-受体相互作用信号通路的差异基因最多,包括ADRA1AADRA1bGRIA1MC5R;感染10 d获得的差异基因H2-EB1参与多条信号通路。结果提示,在番鸭沙门氏菌感染过程中这些信号通路和差异基因可能发挥了重要作用。

  • 吕香玉, 温树波, 赵丽霞, 林浩, 韩健健, 杨芳, 郭帅, 翟景波, 刘锴
    摘要 (394) RichHTML (13) PDF全文 (109)

    探究内蒙古自治区通辽市牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染毒株主要基因型,为BVDV流行病学及防控提供参考依据。试验前期在内蒙古通辽市某牛场采集腹泻犊牛粪便样品经PCR检测,将BVDV阳性的粪便样品处理后接种到牛肾细胞(MDBK)中进行分离,通过RT-PCR、间接免疫荧光染色对分离株进行鉴定,并对其基因组全长进行测序,根据5'UTRNproE2基因序列进行遗传进化分析和基因分型鉴定。结果表明,试验成功分离到一株BVDV毒株,将其命名为NM-21,接种NM-21的MDBK未产生细胞病变,说明该毒株为非细胞病变型(NCP),RT-PCR、间接免疫荧光染色鉴定均为阳性,病毒滴度为10-3 TCID50/mL。基于基因组全长序列、5'UTRNproE2基因序列的同源性和遗传进化分析,分离株NM-21与中国内蒙古自治区毒株NM2103(GenBank登录号ON337882.1)核苷酸同源性最高,为BVDV-1c亚型。

  • 余道宁, 王佟, 洛桑顿珠, 平措占堆, 张强, 卓玛次仁, 尼玛加措, 张德荣, 梁春年

    为研究牦牛磷酸酪氨酸互作结构域1基因(PID1)的结构及功能,并探究其在各组织中的表达情况,以桑桑牦牛脂肪组织cDNA为模板克隆桑桑牦牛PID1基因CDS区序列,并对其进行生物信息学分析。同时,采用实时荧光定量PCR方法(RT-qPCR),对牦牛的7个不同组织包括心、肝、脾、肺、肾、背部肌肉及脂肪进行PID1基因表达水平的定量。结果表明,牦牛PID1基因的编码区长度是654 bp,编码217个氨基酸;通过同源性比对,结果发现,牦牛与野牦牛之间的亲缘关系最为接近,相似度达到100%;经过蛋白质分析发现,牦牛PID1蛋白的分子质量约为24.84 ku,理论等电点为6.30。根据不稳定系数计算结果显示,其不稳定性较高(47.96),属于一种不稳定蛋白质。该蛋白内含有1个N-糖基化位点和23个磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构。RT-qPCR试验结果表明,在各个组织中都能检测到PID1基因的表达情况,其中在肺部表达量最高。该研究克隆了牦牛PID1基因,并对其蛋白结构进行了分析,同时还研究了该基因在牦牛组织中的表达情况。为进一步探究PID1基因在牦牛脂肪沉积过程中的作用提供了初步数据。

  • 殷冬冬, 丁祥, 兰梦蝶, 姬凯元, 王洁茹, 尹磊, 沈学怀, 戴银, 赵瑞宏, 候宏艳, 胡晓苗, 潘孝成

    由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的高度接触性胃肠道传染病对我国养猪业造成巨大的经济损失。为建立PEDV抗体检测方法及N蛋白的功能研究奠定基础,通过噬菌体展示技术针对PEDV N蛋白进行筛选获得其特异性的纳米抗体(Nb)。利用前期制备的N蛋白免疫羊驼,采集其外周血并分离淋巴细胞,提取细胞总RNA,反转录为cDNA,通过PCR扩增重链抗体重链可变区(VHH),插入pCANTAB5E-ccdb载体,电转化至ER2738感受态细胞,构建VHH噬菌体展示文库;随后,以PEDV N蛋白作为靶向蛋白,对文库进行4轮淘选获得阳性噬菌体,将其克隆至pET-30a 载体,表达纯化后通过间接ELISA、Western Blot鉴定Nb的结合力和特异性。结果显示,羊驼经5次免疫后,抗体效价达到1∶25 600。构建的噬菌体展示文库库容为4.72×108,丰度为4.3×1010 cfu/mL,阳性率为93.75%。经过4轮筛选,获得16株氨基酸序列不同的Nb,随后验证了Nb45与PEDV N蛋白具有良好特异性和结合能力。研究筛选获得了PEDV N蛋白特异性Nb,为PEDV检测方法的建立和基础研究提供生物材料。

  • 张玉倩, 吕志航, 刘春红, 廉春杨, 张雪莲

    旨在分析禽戊型肝炎病毒(aHEV)CaHEV-GDSZ01株ORF2蛋白的结构和生物学功能等,并利用大肠杆菌原核表达系统表达ORF2重组蛋白及制备抗ORF2蛋白多克隆抗体,验证重组蛋白的免疫原性和反应原性等。利用生物信息学软件对CaHEV-GDSZ01株ORF2蛋白的理化性质、结构和功能等方面进行分析;通过酶切、连接pET-32a(+)载体与CaHEV GDSZ01株的ORF2基因,构建pET-32a-ORF2-His和pET-32a-ORF2原核表达质粒,并转化至DE3感受态细胞中进行诱导表达,分析其表达形式;ORF2重组蛋白经切胶纯化,利用Western Blot试验验证其反应原性后,免疫新西兰大白兔以获得兔抗ORF2蛋白多克隆抗体,并通过Western Blot方法对多抗进行鉴定分析、利用间接ELISA方法进行抗体效价检测。生物信息学分析结果显示,CaHEV-GDSZ01株的ORF2蛋白为亲水性的、不稳定的蛋白,且其存在信号肽的概率高达93.59%,其二级结构主要以无规则卷曲为主,具备结合抗体的结构条件,其保护性抗原整体预测评分则表明ORF2蛋白具备良好的免疫原性。试验成功构建了ORF2重组原核表达质粒,并成功诱导表达了目的蛋白,经SDS-PAGE试验和Western Blot试验显示,诱导表达的蛋白主要为非可溶性蛋白,并具有良好的反应原性;而制备的兔源抗 aHEV ORF2蛋白多克隆抗体的效价为1∶102 400,且能特异性识别免疫原ORF2蛋白、非免疫原ORF2-His蛋白和截短的sORF2蛋白。以上结果初步分析了ORF2蛋白的理化性质和部分生物学功能,成功表达了aHEV ORF2蛋白,制备了抗ORF2蛋白的兔源多克隆抗体。

  • 朱春红, 王志成, 刘宏祥, 陶志云, 宋卫涛, 王逸飞, 徐文娟, 章双杰, 李慧芳

    为研究Toll样受体2(TLR2)在水禽如鸭先天免疫中的作用,利用荧光定量PCR分析dTLR2 mRNA在1~10周龄鸭免疫器官中表达水平以及大肠杆菌、沙门氏菌感染后血液中dTLR2 mRNA表达变化,初步解析dTLR2在鸭抗感染中的可能作用;通过体外表达鸭dTLR2胞外段,并免疫家兔获得特异性抗体以期为鸭dTLR2免疫应答研究提供生物素材。结果表明,dTLR2 mRNA在不同周龄鸭免疫器官中都有表达,脾脏和胸腺组织中,表达量在不同周龄有显著或极显著变化,但在法氏囊组织中,各周龄间表达变化差异不显著;鸭感染大肠杆菌或者沙门氏菌后,第1天及第2天感染组表达量显著高于对照组,但在第3天时,感染组和对照组表达量差异不显著。研究分析dTLR2编码基因,预测胞外区段并设计引物,构建pET28a-TLR2重组表达质粒,重组表达dTLR2-His融合蛋白。经SDS-PAGE检测表明,重组蛋白成功高效表达,分子质量约29 ku。重组蛋白经镍柱纯化并透析后免疫家兔制备抗血清;所获家兔免疫抗血清能特异性的识别重组TLR2蛋白和组织中内源性TLR2蛋白。鸭dTLR2 mRNA组织中表达分析及多克隆抗体的成功制备将为进一步研究dTLR2的生物学功能提供生物素材。

  • 薛倩, 李国辉, 周成浩, 蒋一秀, 邢伟杰, 韩威

    为检测汶上芦花鸡CDKN2A基因SNP位点,并对该基因进行生物信息学及其在皮肤组织中的表达规律分析。研究基于江苏省家禽科学研究所资源保护与评价课题组前期组装的汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,将其与鸡参考基因组(GRCg7b)比对获得CDKN2A基因SNP位点,采用MassARRAY核酸质谱技术对其进行多态性检测和基因分型;运用生物信息学软件预测CDKN2A基因调控序列,及其编码蛋白质理化性质和结构特征;采用转录组和实时荧光定量方法分析该基因在汶上芦花鸡不同时期皮肤组织中的表达情况。结果表明,汶上芦花鸡CDKN2A序列总长度为9.854 kb,CDS全长183 bp,共编码60个氨基酸,在该基因及其上下游1 kb序列范围内共发现41个SNP,其中4个为新发现的SNP,分别位于基因下游和内含子区,第1外显子上发现2个错义SNP:V9D和C10R,41个SNP中34个SNP在汶上芦花鸡群体中检出率在91%以上,但基本均为纯合突变型,无多态存在;汶上芦花鸡CDKN2A基因上游2 kb区域内预测到8个启动子和5个CpG岛,启动子区包含Sp1、MEB-1、YY1、C/EBPα和AP-2α等12种转录因子结合潜在位点,该基因编码蛋白分子质量为7.30 ku,理论等电点为12.82,为带正电荷的、不稳定亲水性蛋白,亚细胞定位主要在线粒体中,无信号肽区域和信号肽剪切位点,共存在8个潜在磷酸化位点,不存在糖基化位点,含有典型的TRP_2(瞬时受体电位离子通道Ⅱ)保守结构域,其二级和三级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,并与MDM2、NPM1、USP36蛋白存在相互作用;汶上芦花鸡1~35日龄CDKN2A基因在其背部皮肤中的表达呈上升趋势。

  • 蔡有鑫, 王维民, 田慧彬, 张德印, 赵源, 张煜坤, 徐丹, 杨晓斌, 马宗武, 黄志强, 刘晓强, 何丽娟, 韩坤潮, 吴伟伟, 高飞, 王立忠, 张小雪

    旨在探讨羧基酯脂肪酶基因(CEL)的单核苷酸多态性与湖羊眼肌面积的相关性。选取1 049只具有准确表型记录且健康的湖羊,屠宰后测定其眼肌面积,采集血液提取基因组DNA,通过PCR和KASPar SNP分型技术对CEL基因进行目的片段扩增和基因分型,并与湖羊眼肌面积进行关联分析,采用RT-qPCR检测CEL基因在湖羊10种组织中的表达情况。结果显示,湖羊CEL基因在不同组织中均有表达,且在十二指肠中表达量最高;该基因存在一个g.4039718 C>T的同义突变,呈中等多态。性状关联分析表明,该多态位点与湖羊的眼肌面积显著关联,TT型个体的眼肌面积显著高于CC型个体。描述性统计结果显示,眼肌面积的变异系数为12.29%,具有较高的选择潜力。相关性分析表明,眼肌面积与体质量、体高、体长、胸围、屠宰率、胴体质量和宰前活质量等生长性状和屠宰性状呈正相关。结果表明,g.4039718 C>T多态位点可作为候选分子标记用于湖羊眼肌面积性状的遗传改良。

  • 谢立兰, 尹杰, 黄冬蛾, 李么明
    摘要 (400) RichHTML (12) PDF全文 (117)

    旨在探究DEAD-box解旋酶21(DDX21)对猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)复制的调控作用。首先通过蛋白免疫印迹(Western Blot)分析了TGEV 感染对 DDX21表达的影响;进一步构建了猪DDX21真核表达质粒以及建立稳定敲低DDX21的PK-15细胞系,运用荧光定量PCR(RT-qPCR)、蛋白免疫印迹、间接免疫荧光(IFA)和半数细胞培养物感染量(TCID50)探究外源过表达DDX21及敲低 DDX21 对 TGEV体外复制的调控作用;构建一系列DDX21截短突变体真核表达质粒,鉴定了DDX21调控TGEV增殖的关键功能域。Western Blot分析显示,在TGEV WH-1株感染早期,PK-15细胞内源性DDX21蛋白的表达水平显著上调; RT-qPCR、Western Blot、IFA和TCID50试验显示,超表达DDX21可以显著提高TGEV N 基因的mRNA水平、N蛋白的表达及病毒滴度,且呈剂量依赖性,其601—784 aa区域是其影响TGEV复制的关键;与阴性对照相比,在相应DDX21敲低细胞系中TGEV的增殖显著被抑制,而回补试验逆转了DDX21敲低细胞系中TGEV的滴度。该研究首次揭示了猪DDX21对TGEV增殖的促进作用并鉴定了其调控TGEV复制的关键结构域,为今后研究DDX21蛋白的功能及TGEV的致病机理提供了理论依据。

  • 杨迪, 黄玲巍, 杨雅雯, 乔自林, 王家敏

    表皮生长因子受体(EGFR)在许多实体肿瘤中过度表达,建立稳定过表达犬EGFR蛋白的MDCK细胞株,有利于为研究犬或人类肿瘤疾病提供良好的细胞模型和研究基础。首先制备目的片段以构建EGFR基因过表达载体,与慢病毒包装载体共同转染至293T细胞中,48 h后提取上清液经纯化获得EGFR基因过表达慢病毒液。将其转染至MDCK细胞中,经嘌呤霉素筛选和单细胞克隆后观察感染效率,RT-qPCR和Western Blot、间接免疫荧光分别检测基因及蛋白的表达,建立EGFR蛋白过表达MDCK细胞株。使用流式细胞仪分别检测过表达及对照细胞株的细胞凋亡和细胞周期。犬EGFR基因位于18号染色体,由编码跨膜糖蛋白的30个外显子组成。经反应体系,PCR产物交换入线性化表达载体,获得了阳性转化子8个,大小为738 bp。所获EGFR基因过表达慢病毒滴度为 3.5×108 TU/mL。转染MDCK细胞后在荧光显微镜下观察荧光效果显著,经检测EGFR基因及其蛋白在细胞中的表达量显著升高。间接免疫荧光试验显示,EGFR在细胞中表达明显增强。过表达细胞的早期凋亡率和晚期凋亡率显著上升,且在G2/M期发生阻滞。成功建立一株稳定的犬EGFR过表达MDCK细胞株,犬EGFR的过表达催化了细胞分裂,使DNA复制加快,同时刺激了细胞凋亡。

  • 谢辉辉, 童彬彬, 李巧丹, 潘富强, 张博超, 廖洪艳, 贾雨珂, 崔剑坤, 李运生, 刘亚

    旨在探究Ezrin对小鼠卵母细胞成熟、受精及早期胚胎发育的影响,揭示其可能作用机制。分别向小鼠GV期卵母细胞和原核期胚胎注射Ezrin的siRNA(si-Ez)或阴性对照siRNA(si-NC),观察对小鼠卵母细胞成熟、受精和早期胚胎发育的影响,并分别通过扫描电镜和免疫荧光染色的方法观察GV期注射si-Ez对小鼠成熟卵母细胞表面微绒毛生长、纺锤体定位和皮质颗粒迁移的影响。结果显示,GV期敲低Ezrin可显著降低小鼠卵母细胞成熟率,极显著降低受精后早期胚胎的囊胚率,虽可降低成熟卵母细胞的受精率,但差异不显著;在原核期敲低Ezrin,可极显著降低小鼠囊胚细胞数,桑椹胚存活率和囊胚率虽有下降趋势,但与对照组无显著差异;扫描电镜观察发现,敲低小鼠GV期卵母细胞Ezrin后显著降低了MⅡ期卵母细胞表面微绒毛的长度和密度;免疫荧光结果显示,敲低小鼠GV期卵母细胞Ezrin影响了纺锤体和皮质颗粒的迁移。结果表明,Ezrin通过影响微绒毛形成、纺锤体定位和皮质颗粒的正常迁移阻滞了小鼠卵母细胞成熟,进而影响了受精和早期胚胎发育。

  • 霍秀鹏, 宋照哲, 马红, 汪亮, 刘娣, 郝丽

    为了探究解偶联蛋白3(UCP3)在民猪不同组织中的表达情况以及对民猪前脂肪细胞中线粒体相关基因和ATP合成酶相关基因表达的影响,采集1月龄民猪的背部脂肪组织作为研究材料,通过酶消化法分离前脂肪细胞进行体外培养,同时采集腋下脂肪、胸部脂肪、背部脂肪、腹股沟脂肪、肾周脂肪和肌内脂肪构建组织表达谱。通过体外转染UCP3基因的过表达载体或干扰片段的方法,采用实时荧光定量PCR技术检测MCU家族基因(MCUMICU1MICU2)、ATP合成酶(ATP5BATP5E)和1,4,5-三磷酸肌醇受体1型基因(ITPR1)的表达情况以及不同脂肪组织中UCP3基因的表达情况。结果显示:采用酶消化法可以在背部脂肪组织中快速获得足量的前脂肪细胞,细胞边缘折光性良好,边界清晰,形态与成纤维细胞相似。UCP3基因在不同脂肪组织中均有表达,在背部脂肪组织中表达量最高,在腹股沟脂肪中表达量最低。过表达UCP3基因后,MCU家族基因和ITPR1基因表达水平显著升高,ATP5B基因表达水平显著下降。干扰UCP3基因后,MCU家族基因和ITPR1基因表达水平显著降低,ATP合成酶基因表达水平显著升高。结果说明:UCP3基因在不同脂肪组织中存在表达差异,可促进MCU家族基因和ITPR1基因表达、抑制ATP5B基因表达。

  • 徐俊杰, 丁燕玲, 李承隆, 周小南, 苏总华, 曲畅, 史远刚, 康晓龙

    为探究牛Bta-miR-494的序列特征及其组织表达情况,运用生物信息学方法分析其上游序列的 CpG岛、启动子及转录因子特征及其在不同物种间的保守性;之后对牛Bta-miR-494的靶基因进行预测及功能富集分析;最后通过qRT-PCR方法检测其在牛不同组织及不同时期同一组织间的时空表达特征。结果表明,Bta-miR-494在不同物种间高度保守且与山羊亲缘关系最近,其上游不含CpG岛、存在2个转录起始位点;预测靶基因富集分析表明,Bta-miR-494的靶基因显著富集在PI3K-Akt、p53及MAPK等与肌肉生长发育及代谢相关的信号通路;qRT-PCR结果显示,Bta-miR-494在成年牛肝脏中的表达量最高,睾丸中表达量最低;且Bta-miR-494在成年牛股二头肌中的表达量显著高于初生犊牛,而心肌和背最长肌中的表达量显著低于初生犊牛。这种组织间差异性表达提示,Bta-miR-494可能在牛不同生长阶段的肌肉组织发育过程中主导不同的生肌表达模式。

  • 张玉倩, 李长乐, 吕志航, 姚鑫炎, 张雪莲

    旨在对禽戊型肝炎病毒的ORF3蛋白进行原核表达,并制备其多克隆抗体,为进一步研究aHEV ORF3蛋白生物学功能新型疫苗提供生物材料。通过RT-PCR方法扩增CaHEV-GDSZ01株ORF3基因,连接pET-32a(+)表达载体以构建重组原核表达质粒,并转化BL21(DE3)感受态细胞进行诱导表达;利用SDS-PAGE凝胶电泳分析ORF3蛋白的表达形式后进行纯化,并免疫新西兰白兔以获得兔抗ORF3蛋白多克隆抗体,利用间接ELISA试验检测多克隆抗体的效价,利用Western Blot试验和间接免疫荧光试验(IFA)检测多克隆抗体特异性。结果显示,成功构建了pET-32a-ORF3重组原核表达质粒,并通过原核表达系统成功诱导表达了27 ku不可溶性的aHEV ORF3重组蛋白;Western Blot试验和IFA试验结果显示,制备的多克隆抗体可以特异性识别ORF3蛋白,ELISA结果显示,多克隆抗体效价为1∶51 200。成功表达CaHEV-GDSZ01株的ORF3蛋白,并制备了其多克隆抗体。

  • 高泽仁, 潘鹏丞, 徐文文, 陈宝剑, 刘明君, 关志惠, 谢炳坤, 覃兆鲜

    为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用,对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆,展开生物信息学分析,对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析,以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板,进行特异性引物设计,克隆陆川猪MyoD1基因CDS区,并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对,由此构建系统进化树,通过在线软件开展生物信息学分析,而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸,碱基突变共存在5处,与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高,表明二者亲缘关系最为接近;陆川猪MyoD1基因原子总数为4 680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C1457H2296N442O471S14;不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性;等电点为5.63,属于酸性蛋白;不存在跨膜结构,存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点;蛋白二级结构以无规则卷曲为主,占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高,且显著高于其他组织,表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达,且主要在背最长肌中表达,由此推测,MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。

  • 胡莲, 刘益丽, 赵迪, 王泽宁, 江明锋

    旨在克隆麦洼牦牛MFSD4A基因序列并阐明其在不同组织中的表达模式,分析MFSD4A互作蛋白mRNA表达水平及其相关性,确定MFSD4A蛋白的亚细胞定位,为后续MFSD4A在牦牛睾丸生长发育调控研究中提供理论依据。以4头健康麦洼牦牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪、臀肌、背部肌肉、睾丸、结肠组织作试验材料,用 RT-PCR技术克隆麦洼牦牛MFSD4A 基因CDS序列并对其进行生物信息学分析;利用RT-qPCR技术检测MFSD4A基因在心、肝、脾、肺、肾、臀肌、背部肌肉、脂肪、睾丸、淋巴等10个组织中的表达及与其互作蛋白的相关性;构建pEGFP-MFSD4A融合质粒转染牛肾细胞系(MDBK)探究MFSD4A蛋白的亚细胞定位情况。结果表明,麦洼牦牛MFSD4A基因 CDS 区全长为1 530 bp,编码509个氨基酸,理论等电点(pI)为8.66,具有12个跨膜结构域,属于碱性跨膜蛋白;RT-qPCR结果显示,MFSD4A mRMA在麦洼牦牛各组织中差异表达,且在睾丸组织中表达量最高,与MFSD9CBY1INHBAUNC93ASVOPID1在睾丸组织中的表达量呈极显著正相关,推测MFSD4A基因可能与牦牛睾丸的生长发育调控有关;构建 pEGFP-MFSD4A 融合质粒转染牛肾细胞(MDBK)后的荧光定位显示该蛋白主要定位于细胞核。

  • 姚妮, 罗仍卓么, 包斌武, 杨易, 王兴平

    为探究干扰素刺激外切酶基因20(ISG20)在肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达及功能分析。采用RT-PCR结合测序技术获得肉牛ISG20基因的CDS区,利用生物信息学在线工具进行了ISG20基因及其所编码的蛋白质的序列分析,并利用qRT-PCR检测了ISG20基因及其相关基因在肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达量。结果显示,ISG20基因的CDS区长度为516 bp,可编码一条由176个氨基酸组成的无跨膜结构域且不稳定的碱性亲水性单体蛋白质。该蛋白质含有1个DEDD 核酸外切酶超家族结构域,与ISG15和MX2等10种蛋白质相互作用,主要在细胞质中发挥作用。此外,qRT-PCR结果表明,与对照组相比,ISG20基因及其相关的ISG15MX2在孕酮(P4)联合干扰素-tau(IFN-τ)诱导的肉牛子宫内膜上皮细胞容受态形成中的表达量均显著上调。ISG20可能参与肉牛子宫内膜上皮细胞容受态的形成,并在早期妊娠等生物学过程中发挥作用。

  • 申金伟, 路建卫, 赵雪, 扎老, 成述儒, 梁春年

    为了研究牦牛DJ-1基因的结构及功能,为后续深入研究牦牛DJ-1基因的生物学功能提供了重要的理论依据。以美仁牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛DJ-1基因的编码区序列(CDS ),并且利用基因序列进行生物信息学分析,预测结构域及蛋白质理化性质等,再利用RT-qPCR技术进行组织表达分析。结果表明,美仁牦牛DJ-1基因的CDS区全长570 bp,共编码189个氨基酸;牦牛DJ-1结构域预测显示,在DJ-1氨基酸序列的29—168 位中有1个含有Pfam的PfpI结构域;通过对DJ-1蛋白结构和功能进行预测,结果显示,无跨膜结构且无信号肽区域,分子质量20.035 31 ku,原子总数2 870,理论等电点6.84,不稳定系数28.37,表示为稳定的蛋白质;脂肪系数101.11,总平均亲水系数-0.004,为亲水蛋白,共有11个磷酸化位点;同时,亚细胞定位预测结果表明,美仁牦牛DJ-1蛋白主要分布于细胞质和线粒体中,系统进化树表明,美仁牦牛与野牦牛和欧洲牛亲缘关系最近,与北极狐和宽吻海牛亲缘关系最远;RT-qPCR结果表明,在成年美仁牦牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中均有所表达,在心脏组织和肌肉组织中表达水平最高,在肝脏和睾丸组织中表达水平最低。

  • 张强龙, 吴森, 多杰才让, 唐燕花, 马杰

    旨在分析有角和无角欧拉羊群体RXFP2基因对犄角表型的调控作用及相关SNP分子标记,以期为欧拉羊的遗传改良、品种培育提供技术支持。通过采集青海省河南县健康成年欧拉羊母羊血液样品100份,其中有角、无角各50份,提取DNA,随机选取有角、无角样品各15份开展全基因组测序,随后采用多重PCR扩增全部血样验证RXFP2基因SNP。全基因组检测结果表明,包含RXFP2基因在内的欧拉羊10号染色体存在强选择信号,最强选择信号出现在RXFP2基因区段;多重PCR检测验证了全基因组重测序筛查到的4个编码区SNP的准确性,并检测到7个欧拉羊RXFP2基因内含子区域高频SNPs(29508704G>A、29509428A>C、29509766G>A、29512170G>A、29512176G>A、29514968T>A、29521377C>A);经统计检验,该7个SNP位点的基因型在犄角有无表型上表现出分离,纯合子基因型均100%表现为无角或有角,杂合子基因型89.66%表现为无角,10.34%表现为有角;突变等位基因频率小于野生等位基因频率,群体表现为哈代温伯格不平衡状态,受到人工选择强度大,但多态信息含量中等,选育改良潜力仍较大。综上,确认了RXFP2基因在欧拉羊群体中对犄角有无的强调控作用,并筛选出了欧拉羊RXFP2基因的7个犄角有无表型的分子标记,相关结果可作为欧拉羊无角性状群体的遗传改良的分子标记。

  • 付玲娟, 史金平, 张全伟, 刘婷, 赵德宝, 马维华, 马海蛟, 孟泉禄, 唐致雄, 成述儒

    为研究PPARA对绵羊肌内脂肪(IMF)沉积的影响及作用机制,寻找绵羊肌内脂肪沉积相关分子标记,以小尾寒羊(STH)和萨寒杂交(STH×SFK)F1群体为研究对象,通过测定其肉品质,利用H&E染色和油红O染色比较2个绵羊群体背最长肌组织学结构及脂滴分布;利用qRT-PCR和WB技术检测PPARA mRNA水平和蛋白水平在不同群体间的表达差异,并分析PPARA基因与肌内脂肪的相关性;Sanger测序技术检测PPARA基因SNP位点以评估其作为绵羊肌内脂肪沉积相关遗传标记的可能性。结果表明:小尾寒羊剪切力和失水率极显著高于萨寒杂交,但是pH值极显著低于萨寒杂交,大理石花纹评分小尾寒羊低于萨寒杂交群体;组织学染色显示,小尾寒羊肌纤维较粗,排列紧密,肌内脂肪在肌纤维间隙集中分布;萨寒杂交肌纤维较细且结构松散,肌内脂肪在肌细胞间及肌纤维间隙均匀、广泛分布,含量更高;PPARA mRNA表达量小尾寒羊群体显著高于萨寒杂交群体,PPARA蛋白表达量小尾寒羊群体极显著高于萨寒杂交群体;相关性分析显示,PPARA基因表达量与绵羊脂滴面积比及pH值呈极显著负相关,与剪切力和失水率呈极显著正相关,与大理石花纹评分弱相关;Sanger测序结果分析显示,2个绵羊群体PPARA基因第2内含子T49885C、T50007C、G50013A、G50835A、G50942A及G51154C位置上发生碱基突变,但小尾寒羊群体未检测到C49885T突变。SNP遗传多样性分析显示,SNP位点群体纯合度均大于杂合度,在群体中处于中低度多态;除G50835A突变偏离了Hardy-Weinberg平衡,其余SNPs均符合Hardy-Weinberg平衡,遗传基础稳定。研究认为,PPARA基因对绵羊肌内脂肪沉积具有重要影响,可作为绵羊肌内脂肪性状选择的潜在分子遗传标记。

  • 付希, 赵薇, 禹保军, 张统, 陈亚飞, 毛向媛, 魏传浩, 马小萍, 张心雨, 张娟

    旨在探讨二磷酸甘油酸变位酶(BPGM)对鸡成肌细胞生长发育的影响。对宁夏大学动物科技学院张娟课题组前期转录组学和蛋白组学数据进行联合分析,筛选出可能影响生长发育的差异表达基因,探究其对成肌细胞增殖、凋亡和相关标志基因表达水平的影响,并对糖酵解通路上下游基因的表达进行定量分析。ELISA检测肌苷酸(IMP)含量;比色法检测腺苷三磷酸(ATP)含量,深入揭示关键候选基因对静原鸡肌肉发育和肉质风味的重要作用。结果表明,静原鸡胸肌与腿肌间共鉴定到差异表达基因/蛋白139个,其中在转录组和蛋白组同时上调的差异基因/蛋白75个,在转录组和蛋白组同时下调的差异基因/蛋白45个,在转录组上调蛋白组下调的差异基因/蛋白13个,在蛋白组上调转录组下调的差异基因/蛋白6个;从糖酵解/糖异生通路筛选出7个差异表达基因,分别是BPGM、磷酸甘油酸激酶1基因(PGK1)、葡萄糖-6-磷酸异构酶基因(GPI)、磷酸甘油酸变位酶基因(PGAM1)、乳酸脱氢酶A基因(LDHA)、乳酸脱氢酶B基因(LDHB)、磷酸丙糖异构酶1基因(TPI1),结合KEGG通路富集分析和蛋白网络互作分析筛选出差异表达基因BPGMBPGM在静原鸡母鸡组织中均有表达,在胸肌中的表达量最高,且在成肌细胞分化过程中呈上调趋势。用分离培养的原代成肌细胞进行细胞转染,干扰BPGM抑制了成肌细胞的增殖而促进细胞凋亡,并调控糖酵解通路上下游基因的表达,同时抑制了IMP和ATP的生物合成。综上所述,下调BPGM可以抑制成肌细胞的生长发育及IMP和ATP的生物合成。

  • 张冬杰, 马守正, 汪亮, 刘娣

    为了探究lncRNA2099对猪前脂肪细胞增殖分化的影响,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测lncRNA2099在猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背肌和背脂及离体培养的前体脂肪细胞增殖和分化阶段的表达水平;利用核质分离技术确定lncRNA2099在脂肪细胞中的表达位置;构建真核表达载体pcDNA3.1-lncRNA2099,采用qRT-PCR技术检测在脂肪细胞内过表达该lncRNA后对脂肪细胞增殖、分化相关标志基因表达的影响。结果显示:lncRNA2099存在明显组织表达特异性,且在肾脏和背脂中高表达,在背肌中不表达;lncRNA2099在猪前脂肪细胞增殖阶段12 h表达量最高,随后逐渐降低。在分化阶段第2 天表达量最高,随后逐渐降低。核质定位结果表明,lncRNA2099在细胞核与细胞质中均有表达;在脂肪细胞内过表达lncRNA2099后,增殖标志基因P21与成脂分化标志基因LPL表达量极显著升高。lncRNA2099可能作为转录调节因子抑制猪前脂肪细胞增殖、促进成脂分化。

  • 梅艳芳, 刘瑞莉, 韩明轩, 张文琦, 陈振鹏, 王秀源, 苗秀萍, 肖超柱, 张任政, 董雅娟, 柏学进

    旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析,挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因,探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸,根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序;以|log2(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因,对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析,筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因;对其进行CDS区克隆测序,并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示,差异表达基因共353个,其中114个基因在小睾丸中表达上调,239个基因表达下调。GO功能注释表明,差异基因参与代谢、发育、生殖等过程;KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示,CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示,CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达,且大睾丸中的相对表达量显著低于小睾丸,推测其高表达会抑制支持细胞发育,从而影响睾丸生殖功能。综上,研究结果可为深入开展牛睾丸大小对生殖功能影响的分子机制研究提供基础资料。

  • 马梓峰, 李巧, 徐红梅, 李悦悦, 殷实, 何翃闳, 熊燕, 兰道亮, 李键, 熊显荣, 付伟

    旨在探索不同浓度玉米赤霉烯酮(ZEN)对奶牛乳腺上皮细胞(MAC-T)生长和乳脂合成相关基因表达的影响。首先,用不同剂量ZEN处理MAC-T细胞36 h,血细胞计数板统计细胞数量,染色并分析细胞凋亡与坏死情况,筛选ZEN添加的合适剂量;接着,试剂盒检测ZEN对MAC-T细胞中活性氧(ROS)以及线粒体膜电位的影响;最后,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术,分析ZEN对MAC-T细胞增殖、凋亡、氧化应激和乳脂合成相关基因表达的影响。结果表明,低剂量ZEN(0.01~1.00 μmol/L)有促进MAC-T生长的趋势,而高剂量ZEN(5.00~10.00 μmol/L)显著降低MAC-T细胞数量;0.10 μmol/L ZEN对MAC-T中ROS和线粒体数量无明显影响,但10.00 μmol/L ZEN显著增加了MAC-T中ROS水平,降低了线粒体数量;RT-qPCR结果表明,0.10 μmol/L ZEN显著促进增殖基因(CDK1CCND2)、抗氧化基因(DHODHGPX4)和抗凋亡基因(BCL-2)表达,但同时提高了凋亡基因(CAS-3BAX)表达量;10.00 μmol/L ZEN显著抑制增殖基因(PCNACDK1CCND2)、抗氧化基因(DHODHGPX4AIFM2)和抗凋亡基因(BCL-2)表达,但显著促进凋亡基因(CAS-3BAX)表达;值得注意的是,0.10 μmol/L ZEN显著促进了乳脂合成相关基因(PPARγFASNJAK-2),但10.00 μmol/L ZEN显著抑制了这些基因表达。上述结果提示,不同浓度ZEN对MAC-T细胞的作用存在差异:0.10 μmol/L ZEN可以促进MAC-T细胞生长和乳脂合成相关基因表达的同时,也会诱导凋亡基因表达;10.00 μmol/L ZEN会诱导MAC-T细胞氧化应激、降低线粒体数量,抑制增殖、抗氧化、抗凋亡和乳脂合成相关基因表达,同时促进凋亡基因表达,导致细胞死亡。

  • 孙昊然, 李新海

    杜泊羊的毛囊具有周期性生长发育的特点,一般分为生长期、退行期、休止期3个时期。旨在探索经前期研究筛选出的与毛囊生长期和休止期相关的关键lncRNAs作为ceRNA的调控机制。选用饲养条件相同、体质量体尺相近,年龄大约2周岁的具有极端脱毛表型的杜泊母羊(S组)和不脱毛杜泊母羊(N组)各10只作为试验对象,经表型观测选择其中表型最好的5只脱毛羊与3只不脱毛羊用于转录组测序。通过靶向预测、表达模式分析以及GO和KEGG富集分析等生物信息学分析方法构建关键lncRNAs的ceRNA调控网络,进一步研究关键lncRNAs的调控机制。经lncRNA-miRNA及miRNA-mRNA靶向预测分析共筛选到262个mRNAs,其中有135个与相应lncRNAs表达模式一致(19个A模式(Anagen,生长期高表达),116个T模式(Telogen,休止期高表达))。将这135个mRNAs进行GO和KEGG富集分析发现,一些与毛囊发育相关的基因,如CTNNB1FGF22FGF5FZD3JAK3Lpar6NGFRPAK1EIF4EWnt10b富集于与毛囊发育相关的Rap1、MAPK、Wnt、PI3K-Akt、Ras、mTOR、Jak-STAT及Hippo等信号通路中。最终构建了由10个lncRNAs、11个miRNAs及10个mRNAs组成的ceRNA调控网络。对随机挑选的几个差异表达lncRNAs和差异表达基因进行qRT-PCR验证,结果显示与转录组测序结果表达趋势基本一致,说明测序结果可靠。研究获得的这10个lncRNAs与其靶向调控的miRNAs及mRNAs可作为绵羊毛囊发育的重点研究对象。

  • 宋昀静, 田彦梅, 孟科, 尤科梅, 冯登侦

    旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3 头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析,从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示:鉴定到的8 513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调,27个下调。预测DELncRNA的co_location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示:靶基因显著富集在268个GO条目中,其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目;KEGG通路富集分析结果表明,DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路,进一步筛选出TCONS_00017263、TCONS_00147966、TCONS_00163484、TCONS_00079802、TCONS_00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证,其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致,进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异,同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息,并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。

  • 曾灵, 张岩峰, 李承隆, 丁燕玲, 周小南, 明文轩, 苏总华, 曲畅, 徐俊杰, 史远刚, 康晓龙

    牛肉大理石花纹特征是由多基因调控的重要肉质性状,是衡量高档牛肉品质的条件之一。LncRNA是一种重要的非编码RNA,在调节脂肪沉积的相关生物学过程中发挥重要作用。为了解lncRNA在肉牛不同大理石花纹表型中的潜在生物学作用,采集高(A5)、低(A1)2种极端等级大理石花纹的杂交和牛背最长肌组织,利用高通量测序方法检测与肉质大理石花纹相关的差异lncRNA,预测差异lncRNA反式作用靶基因,并对其进行功能富集分析。结果表明,在2个等级大理石花纹牛肉组织中共筛选出45个显著差异lncRNA,其中在高等级大理石花纹组织中分别有21,24个显著上调及下调的lncRNA,包括MSTRG.9509.3ENSBTAT00000077612ENSBTAT00000072841等与脂肪沉积相关的lncRNA。对反式作用靶基因的功能富集分析表明,预测靶基因显著富集到脂多糖结合、脂肪分解等脂肪沉积相关的生物学过程。差异lncRNA可能通过反式作用靶向脂肪沉积相关基因(FABP4PLIN1LIPE等)参与调节肉牛大理石花纹表型特征。检测到的牛肉大理石花纹相关差异lncRNA、预测靶基因及其富集通路将为拓展对非编码RNA生物学功能的认识及其与牛肉大理石花纹特征的关系奠定基础,也为农业家畜的优质性状解析与新品种培育提供参考。

  • 高娜, 徐庚全, 王萌, 王立斌, 邱山桐, 余震, 余四九, 潘阳阳

    利用蛋白质组学的方法对娟犏牛奶与牦牛奶乳清和乳脂球膜(MFGM)相同蛋白进行分析,而娟犏牛产奶量高于牦牛,若娟犏牛奶的功能与牦牛奶相近,将提高当地牧民的经济水平。通过离心法分离乳清与乳脂,分别提取蛋白;通过串联质量标签(TMT)技术,进行蛋白质定性与定量分析得到相同蛋白;对相同蛋白进行GO功能注释、KEGG代谢通路、蛋白互作等生物信息学分析。结果表明,利用标记定量蛋白质组学技术在娟犏牛奶与牦牛奶中共鉴定到651种乳清蛋白和990种MFGM蛋白,筛选出298种乳清相同蛋白,283种MFGM相同蛋白。GO注释分析发现,鉴定的娟犏牛奶与牦牛奶乳清相同蛋白主要参与的生物过程是内肽酶活性的负调控、免疫应答和免疫球蛋白产生,MFGM相同蛋白参与的生物过程主要是内肽酶活性的负调控和补体激活,经典途径乳清与MFGM相同蛋白定位的细胞成分主要是胞外间隙和胞外区,参与的分子功能主要是三磷酸鸟苷(GTP)酶活性、GTP结合。KEGG富集分析发现,娟犏牛奶与牦牛奶乳清与MFGM相同蛋白主要富集的途径包括补体和凝血级联反应、吞噬体和内质网中的蛋白加工。娟犏牛奶和牦牛奶中丰度较高的蛋白显示出其在免疫和促进营养吸收等方面表现优异,然而,娟犏牛产奶量高于牦牛,这将增加当地牧民的经济收入,也为人们提供更多有价值的高原奶制品。