八眉猪<em>DQA</em>基因编码区多态性及生物信息学分析

doi:10.7668/hbnxb.2015.01.017

华北农学报 ›› 2015, Vol. 30 ›› Issue (1): 103-108. doi: 10.7668/hbnxb.2015.01.017

所属专题： 畜牧；生物技术；

八眉猪DQA基因编码区多态性及生物信息学分析

刘丽霞^1,2, 张丽¹, 赵生国², 滚双宝^2,3

1. 西北民族大学生命科学与工程学院, 甘肃兰州 730030;
2. 甘肃农业大学动物科学技术学院, 甘肃兰州 730070;
3. 甘肃省现代养猪工程技术研究中心, 甘肃兰州 730070

收稿日期:2014-09-07 出版日期:2015-02-28
通讯作者: 滚双宝(1967-),男,甘肃张掖人,教授,博士,主要从事动物遗传育种与繁殖研究。
作者简介:刘丽霞(1983-),女,甘肃陇南人,实验师,在读博士,主要从事动物遗传育种与繁殖研究。
基金资助:
西北民族大学中央高校基本科研业务费专项资金(31920130048);甘肃省农牧厅生物技术专项(GNSW-2008-04)

Cloning and Bioinformatics Analysis on Coding Regions of DQA Gene in Bamei Pigs

LIU Li-xia^1,2, ZHANG Li¹, ZHAO Sheng-guo², GUN Shuang-bao^2,3

1. College of Life Science and Engineering, Northwest University for Nationalities, Lanzhou 730030, China;
2. College of Animal Science and Technology, Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070, China;
3. Modern Pigs Engineering Technology Research Center of Gansu, Lanzhou 730070, China

Received:2014-09-07 Published:2015-02-28

摘要/Abstract

摘要： 采用克隆测序的方法对八眉猪 DQA 基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪 DQA 基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪 DQA 基因编码255 个氨基酸,编码区序列有14 个碱基变异,11 个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA 基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。

关键词: 八眉猪, DQA 基因, 编码区, 多态性, 生物信息学

Abstract: Polymorphism of DQA gene coding regions in Bamei pigs were analyzed by cloning and sequencing, physicochemical characteristics, protein structures and functions were predicted through the bioinformatics tools.The results showed that DQA gene encoded 255 amino acids, there were 14 nucleotide and 11 amino acid substitutions in DQA gene coding regions, and it was showed high polymorphism in exon2 region.Encoding product of DQA gene was a kind of instable and soluble protein, the putative secondary structure of DQA was mixed, and putative protein tertiary structure was consisted of alpha helix, extended strand, beta turn and random coil.The putative result of DQA protein function showed that the odds of signal transducer, receptor, stress response, immune response and growth factor were higher.These results will provide a basis for the study of molecular breeding in disease resistance and economic traits related gene screening.

Key words: Bamei pigs, DQA gene, Coding regions, Polymorphism, Bioinformatics

中图分类号:

S828
Q78

刘丽霞, 张丽, 赵生国, 滚双宝. 八眉猪DQA基因编码区多态性及生物信息学分析[J]. 华北农学报, 2015, 30(1): 103-108. doi: 10.7668/hbnxb.2015.01.017.

LIU Li-xia, ZHANG Li, ZHAO Sheng-guo, GUN Shuang-bao. Cloning and Bioinformatics Analysis on Coding Regions of DQA Gene in Bamei Pigs[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2015, 30(1): 103-108. doi: 10.7668/hbnxb.2015.01.017.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2015/V30/I1/103

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