基于简化基因组测序评价太湖鹅不同保种场的保种效果

doi:10.7668/hbnxb.2018.S1.016

华北农学报 ›› 2018, Vol. 33 ›› Issue (S1): 94-99. doi: 10.7668/hbnxb.2018.S1.016

所属专题： 生物技术；

基于简化基因组测序评价太湖鹅不同保种场的保种效果

刘宏祥¹, 朱满兴², 秦豪荣³, 宋卫涛¹, 朱春红¹, 陶志云¹, 徐文娟¹, 章双杰¹, 李慧芳¹

1. 江苏省家禽科学研究所, 江苏扬州 225125;
2. 江苏省畜牧总站, 江苏南京 210036;
3. 江苏农牧科技职业学院, 江苏泰州 225300

收稿日期:2018-08-17 出版日期:2018-12-01
通讯作者: 李慧芳(1974-),女,山西盂县人,研究员,博士,主要从事家禽遗传育种与资源保护研究。
作者简介:刘宏祥(1985-),男,江苏扬州人,助理研究员,硕士,主要从事家禽遗传育种与资源保护研究。
基金资助:
江苏现代农业（水禽）产业技术体系建设专项资金（JATS[2018]225）

Assessment of Conservation Effects of Different Taihu Goose Conservation Farms Based on Simplified Genome Sequencing

LIU Hongxiang¹, ZHU Manxing², QIN Haorong³, SONG Weitao¹, ZHU Chunhong¹, TAO Zhiyun¹, XU Wenjuan¹, ZHANG Shuangjie¹, LI Huifang¹

1. Jiangsu Institute of Poultry Sciences, Yangzhou 225125, China;
2. Animal Husbandry Station of Jiangsu Province, Nanjing 210036, China;
3. Jiangsu Agri-animal Husbandry Vocational College, Taizhou 225300, China

Received:2018-08-17 Published:2018-12-01

摘要/Abstract

摘要： 旨在评价太湖鹅原种场和国家水禽基因库的保种效果，为进一步更好地对太湖鹅进行保种打下理论依据。利用ddRAD简化基因组测序方法鉴定太湖鹅原始群体（TS）、原种场群体（TC）和基因库群体（TK）的SNP标记，比较分析3个群体的遗传多样性差异，并使用遗传分化系数F_ST和核苷酸多样性π比值联合筛选选择信号区域及其相关基因，对得到的受选基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果发现，与原始群体相比，原种场群体和基因库群体的遗传杂合度均有降低，近交系数上升，且基因库群体与原始群体、原种场群体有中度分化的趋势。原种场群体的脂类代谢相关基因受到了一定程度的选择。结果表明，原种场群体和基因库群体应适当增加保种群数量，避免近交系数上升过快，且基因库群体应加强与原种场群体的基因交流，避免与原始群体、原种场群体的过度分化。

关键词: 鸭, 保种, 简化基因组测序

Abstract: The object of this study was to evaluate the conservation effect of Taihu Goose stock farm and national waterfowl gene bank,and to lay a theoretical foundation for further conservation of Taihu Goose.The simplified genomic sequencing method,ddRAD,was used to identify the SNP markers of the original population (TS),the stock farm population (TC) and the national waterfowl gene bank population (TK) of Taihu Goose.The genetic diversity of the three populations were compared and analyzed.The selected signals and their related genes were screened by using the genetic differentiation coefficient F_ST and the ratio of nucleotide diversity (π),and the selected genes were analyzed by functional enrichment methods,such as GO and KEGG.The results showed that compared with the original population,the genetic heterozygosity of TC and TK populations decreased,and the inbreeding coefficient increased.Further more,TK population had a trend of moderate differentiation from the TS and TK populations.The genes related to lipid metabolism in TC population had been selected to some extent.The results indicated that individuals of TC and TK populations should be properly increased to avoid fast increasing of inbreeding coefficient.And TK population should strengthen the gene exchange with TS population,so as to avoid the excessive differentiation with the TS and TC populations.

Key words: Duck, Breed conservation, Reduced-representation sequencing

中图分类号:

S813.9
S835

刘宏祥, 朱满兴, 秦豪荣, 宋卫涛, 朱春红, 陶志云, 徐文娟, 章双杰, 李慧芳. 基于简化基因组测序评价太湖鹅不同保种场的保种效果[J]. 华北农学报, 2018, 33(S1): 94-99. doi: 10.7668/hbnxb.2018.S1.016.

LIU Hongxiang, ZHU Manxing, QIN Haorong, SONG Weitao, ZHU Chunhong, TAO Zhiyun, XU Wenjuan, ZHANG Shuangjie, LI Huifang. Assessment of Conservation Effects of Different Taihu Goose Conservation Farms Based on Simplified Genome Sequencing[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2018, 33(S1): 94-99. doi: 10.7668/hbnxb.2018.S1.016.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2018/V33/IS1/94

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