一个玉米氯离子通道基因(clc)的电子克隆及生物信息学分析

doi:10.7668/hbnxb.2009.S2.006

华北农学报

所属专题： 玉米；生物技术；

一个玉米氯离子通道基因(clc)的电子克隆及生物信息学分析

张桂荣

河北科技师范学院图书馆河北秦皇岛 066004

收稿日期:2009-10-25 出版日期:2009-12-31
作者简介:张桂荣(1972-), 在职硕士, 馆员, 主要从事图书、生物信息学数据库技术服务工作.
基金资助:
河北省教育厅项目(2008499)

In Silico Cloning of Chloride Channel Gene(clc) from Zea mays and Bioinformatic Analysis

ZHANG Gui-rong

Library Hebei Normal University of Science and Technology, Qinhuangdao 066004, China

Received:2009-10-25 Published:2009-12-31

摘要/Abstract

摘要： 氯离子通道植物生理代谢中起着重要的角色。通过电子克隆的方法获得玉米氯离子通道的cDNA全长序列。发现该基因包括5个外显子和4个内含子, 并对其表达产物进行生物信息学分析, 其表达产物与拟南芥ATCLC-A, ATCLC-B具有较高的相似性。

关键词: 玉米, clc, 氯离子通道, 电子克隆, 生物信息学

Abstract: Chloride Channel play an inportant role in the plant physiology. The cDNA of Chloride Channel gene (clc) from Zea Mays was isolated through In Silico Cloning. The results of sequence Analysis show that it includes 5 exons and 4 introns. Express product of clc gene was analysis by bioinformatics method, this hypothesis protein shows high similarity with Arabidopsis thaliana ATCLC-A, ATCLC-B.

Key words: Zea mars, clc, Chloride channel, In silico Cloning, Bioinformatic

中图分类号:

S513

ZHANG Gui-rong. In Silico Cloning of Chloride Channel Gene(clc) from Zea mays and Bioinformatic Analysis[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, doi: 10.7668/hbnxb.2009.S2.006.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2009/V24/IS2/20

参考文献

[1] Accardi A, Miller C.Secondary active transport mediated by a prokariotic homologue of ClC Cl-channels[J].Nature, 2004, 427:803-807.

[2] Dhe'dhiou C J, Golldack D.Salt-dependent regulation of chloride channel transcripts in rice[J].Plant Science, 2006, 170:793-800.

[3] Jentsch T J.Chloride and the endosomal lysosomal pathway:emerging roles of CLC chloride transporters[J].Journal of Physiology, 2007, 578:633-640.

[4] Miller C.ClC chloride channels viewed through a transporter lens[J].Nature, 2006, 440:484-489.

[5] Ueno R.Comment and reply on:CLC chloride channels and transporters:from genes to protein structure, pathology and physiology[J].Crit Rev Biochem Mol B, 2009, 44 (4):243-244.

[6] Hosoi T, Koguehi Y, Sugikawa E, Identification of a novel human eicosanoid receptor coupled to G (i/o)[J].The Journal of Biological Chemistry, 2002, 277 (35):31459-31465.

[7] West A B, Lockhart P J, O'farell C.Identification of a novel gene linked to parkin via a bi-direetional promoter[J].Journal of Molecular Biology, 2003, 326 (1):11-19.

[8] 张力鹏, 张东, 蔡欣.牛MRF4基因的电子克隆与分析[J].中国牛业科学, 2007, 33(6):1-4.

[9] 李蕊, 孟宪萍, 胡英考, 等.大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析[J].华北农学报, 2007, 22(1):64-68.

[10] 王璐, 冯彩平.玉米中一种新的蛋白激酶电子克隆与序列分析[J].生物技术, 2007, 17(5):14-17.

[11] 张会敏, 姜民国, 冯友军.稻瘟菌Ⅰ型烯醇化酶基因全长cDNA的电子克隆[J].生物信息学, 2006, 4(2):58-61.

[12] 朱春利, 张桂荣, 邵淑慧, 等.玉米隐花色素(CRY1)基因的电子克隆及生物信息学分析[J].玉米科学, 2009已接收.

[13] Remington D L.Structure of linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize genome[J].PNAS, 2001, 98 (20):11479-11484.

[1]	翟立超, 张丽华, 郑孟静, 吕丽华, 申海平, 姚海坡, 贾秀领. 夏玉米粒位效应对增密的响应及其碳氮代谢特征[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 97-104.
[2]	刘帅, 徐学欣, 赵金科, 曲文凯, 郝天佳, 孟繁港, 贾靖, 赵长星. 滴灌水肥一体化下施氮量与频次对夏玉米光合特性、保护酶活性及产量的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 114-123.
[3]	王丽娟, 刘丹, 徐永清, 冯旭, 贺付蒙, 李爱雨, 王雪, 杨燕, 李翠婷, 袁强, 李凤兰. 寒地玉米秸秆不同腐熟时期的理化性状及微生物多样性分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 132-139.
[4]	张冬梅, 冯亚艳, 修志君, 杨春芳, 杜美娥, 李得宙, 张笑宇. *硅酸钠诱导的马铃薯抗黑痣病StWRKY11基因克隆及生物信息学分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 194-203.
[5]	林静, 林建新, 张扬, 卢和顶, 陈山虎, 廖长见. 利用转录组解析鲜食玉米闽甜6855的耐寒机制[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 1-8.
[6]	侯瑞泽, 侯玉翔, 许小勇, 李璿, 李梅兰. 普通白菜CYP同源基因克隆与表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 45-51.
[7]	付敬锋, 罗上轲, 程乙, 张军, 魏盛, 曾涛, 陈杜, 魏鹏程, 郑迎霞, 宋碧. 不同覆膜方式及施氮量对春玉米产量和氮素吸收利用的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 158-168.
[8]	李强, 孔凡磊, 袁继超. 氮肥运筹对不同玉米品种氮素吸收、利用及田间氮平衡的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 169-181.
[9]	赵思琪, 曲比伍合, 罗婷, 余学杰, 柯永培, 苟齐贤, 石海春. 玉米对灰斑病胁迫的生理生化响应[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 190-197.
[10]	王亚男, 梁岩岩, 严文培, 张银萍, 李强, 吴秀菊. *北细辛AhOMT1基因的克隆及原核表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 62-70.
[11]	李辉, 康泽培, 邱财生, 戴志刚, 邱化蛟. 红麻WRKY基因家族鉴定及其盐胁迫下的表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 71-81.
[12]	王泳超, 燕博文, 曹红章, 王山聪, 马梦金, 张俊杰, 郭家萌, 王浩, 邵瑞鑫, 杨青华. DA-6与CCC复配对密植下玉米叶片光合及抗早衰能力的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 90-102.
[13]	赵长江, 都梦翔, 宋巨奇, 徐尚缘, 贺琳, 徐晶宇, 杨克军, 李佐同. 玉米NRL基因家族鉴定与逆境表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 1-10.
[14]	代梦媛, 高梅, 李文昌. 蓖麻赤霉素氧化酶基因的全基因组鉴定和表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 8-18.
[15]	张宗祥, 黄峥嵘, 吴雪凡, 刘楠楠, 李笑笑, 董召荣, 宋贺. 土壤酸化对玉米产量、氮代谢及相关基因表达的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 94-103.

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

一个玉米氯离子通道基因(clc)的电子克隆及生物信息学分析

In Silico Cloning of Chloride Channel Gene(clc) from Zea mays and Bioinformatic Analysis

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

一个玉米氯离子通道基因(clc)的电子克隆及生物信息学分析

In Silico Cloning of Chloride Channel Gene(clc) from Zea mays and Bioinformatic Analysis

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价