瓦氏雅罗鱼群体基于<em>CO Ⅰ</em>序列的遗传多样性分析

doi:10.7668/hbnxb.2014.S1.007

华北农学报 ›› 2014, Vol. 29 ›› Issue (S1): 29-34. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.007

所属专题： 水产；

瓦氏雅罗鱼群体基于CO Ⅰ序列的遗传多样性分析

窦新杰^1,2, 常玉梅¹, 唐然¹, 孙效文¹, 陶然^1,3, 王楠^1,2, 梁利群¹, 张丽霞⁴

1. 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所, 淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室, 农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室, 黑龙江哈尔滨 150070;
2. 上海海洋大学水产与生命学院, 上海 201306;
3. 宁波大学海洋学院, 浙江宁波 315211;
4. 内蒙古达拉特旗水产工作站, 内蒙古鄂尔多斯 014300

收稿日期:2014-10-10 出版日期:2014-12-28
通讯作者: 梁利群(1963-),女,黑龙江望奎人,研究员,主要从事鱼类遗传育种研究。
作者简介:窦新杰(1988-),男,山东潍坊人,在读硕士,主要从事鱼类遗传育种研究。
基金资助:
国家高技术研究发展计划项目(2011AA100402-3);黑龙江省科技攻关项目(GC12B307)

Genetic Diversity of Leuciscus waleckii Populations Based on CO ⅠSequence

DOU Xin-jie^1,2, CHANG Yu-mei¹, TANG Ran¹, SUN Xiao-wen¹, TAO Ran^1,3, WANG Nan^1,2, LIANG Li-qun¹, ZHANG Li-xia⁴

1. Heilongjiang Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, National & Local United Engineering Laboratory of Freshwater Fish Breeding, Key Laboratory of Freshwater Aquatic Biotechnology and Genetic Breeding, Ministry of Agriculture, Harbin 150070, China;
2. College of Fisheries and Life Scince, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;
3. School of Marine Sciences, Ningbo University, Ningbo 315211, China;
4. Inner Mongolia Dalate's Aquatic Workstations, Ordos 014300, China

Received:2014-10-10 Published:2014-12-28

摘要/Abstract

摘要： 利用mtDNA CO Ⅰ基因片段(有效长度635 bp)对来自达里湖 (DL)、岗更湖(GG)、呼伦湖(HL)、黑龙江(HLJ)、松花江(SHJ)和乌苏里江(WSL) 6个地理群体共72个样品进行了遗传多样性和遗传结构分析。从碱基组成来看,6个地理群体在CO Ⅰ区段上的A+T含量(52.37%)明显高于G+C含量(47.67%),符合脊椎动物的碱基组成特点;从各项遗传参数来看,达里湖流域2个群体(DL和GG)的遗传多样性低于黑龙江流域4个群体(HL、HLJ、SHJ、WSL);6个群体共检测到20个单倍型,并共享1个单倍型,达里湖流域群体共享1个单倍型,黑龙江流域群体共享1个单倍型。虽然达里湖流域和黑龙江流域各群体间遗传分化明显(P<0.05),遗传结构存在差异,但AMOVA检验不支持这种遗传差异;另外,群体间频繁的基因交流进一步证实,6个地理群体亲缘关系近,有共同的起源,尚未达到分化为不同的种或亚种的水平。

关键词: 瓦氏雅罗鱼, CO Ⅰ基因, 遗传多样性, 遗传分化

Abstract: To analyzing the genetic diversity and genetic structure of Leuciscus waleckii based on mtDNA CO Ⅰgene(635 bp length),six geographical populations(72 samples) were sampled from Dali Lake(DL),Ganggeng Lake(GG),Hulun Lake(HL),Amur River(HLJ),Songhua River(SHJ) and Wusuli River(WSL).On the base composition,A+T content(52.37%) was slightly higher than that of G+C content(47.63%),corresponding to the characteristics of nucleotide composition in the vertebrates;On the genetic parameters,the genetic diversities of Dali Basin populations(DL and GG) were lower than those of Amur Basin counterparts(HL,HLJ,SHJ and WSL);There were 20 haplotypes,of one haplotype was shared by all the six populations,one shared by Dali Basin and one shared by Amur Basin.Despite there were significant population differentiation between Dali Basin and Amur Basin(P<0.05) as well as genetic structure,the analysis of AMOVA and the values of frequent gene exchange(Nm) both demonstrated that the six Leuciscus waleckii populations had very close relationship,probably derived from a common ancestor,and had not yet differentiated to different species or subspecies based on present evidence.

Key words: Leuciscus waleckii, CO Ⅰgene, Genetic diversity, Genetic differentiation

中图分类号:

Q78
Q311

窦新杰, 常玉梅, 唐然, 孙效文, 陶然, 王楠, 梁利群, 张丽霞. 瓦氏雅罗鱼群体基于CO Ⅰ序列的遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2014, 29(S1): 29-34. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.007.

DOU Xin-jie, CHANG Yu-mei, TANG Ran, SUN Xiao-wen, TAO Ran, WANG Nan, LIANG Li-qun, ZHANG Li-xia. Genetic Diversity of Leuciscus waleckii Populations Based on CO ⅠSequence[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2014, 29(S1): 29-34. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.007.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2014/V29/IS1/29

参考文献

[1] 李延松,董崇智,赵春刚.黑龙江上游黑河江段瓦氏雅罗鱼渔业生物学研究[J].黑龙江水产,2004(2):36-38.
[2] 齐景伟,安晓萍,孟和平,等.达里湖瓦氏雅罗鱼资源现状及合理利用探讨[J].水生态学杂志,2011,32(1):71-77.
[3] 安晓萍,孟和平,杜昭宏,等.达里湖东北雅罗鱼的生长、死亡和生活史类型的研究[J].淡水渔业,2008,38(6):3-7.
[4] 李国芳,周长海,崔喜顺,等.乌苏里江下游海青江段瓦氏雅罗鱼渔业生物学研究[J].水产学杂志,2004,17(1):53-56.
[5] 池炳杰,常玉梅,闫学春,等.瓦氏雅罗鱼达里湖群体和乌苏里江群体的遗传多样性和遗传结构分析[J].中国水产科学,2010,17(2):228-235.
[6] 张建明,张玉,刘海涛.达里诺尔湖和岗更湖瓦氏雅罗鱼同工酶的研究[J].水生态学杂志,2010,3(6):79-86.
[7] 张玉,张建明,刘海涛,等.内蒙古不同水质湖泊瓦氏雅罗鱼Na⁺,K⁺-ATP酶活性的研究[J].内蒙古农业大学学报:自然科学版,2013,34(1):1-4.
[8] Perdices A,Sayanda D,Coelho M M.Mitochondrial diversity of Opsariichthys bidens (Teleostei,Cyprinidae) in three Chinese drainages[J].Molecular Phylogenetics and Evolution,2005,37(3):920-927.
[9] 刘红艳,熊飞,杨东,等.基于细胞色素b基因的鱇浪白鱼野生群体和养殖群体遗传多样性分析[J].华中农业大学学报,2011,30(1):94-98.
[10] 程希婷,王爱民,顾志峰,等.DNA条形码研究进展[J].基因组学与应用生物学,2011,30(6):748-758.
[11] 宁淑萍,颜海飞,郝刚,等.植物DNA条形码研究进展[J].生物多样性,2008,16(5):417-425.
[12] 刘金亮,常玉梅,徐丽华,等.东北雅罗鱼微卫星分子标记的筛选及特征分析[J].华北农学报,2011,26(1):87-93.
[13] John B A,Kumar C P,Khan S A,et al.Efficiency of Universal barcode gene( Coxi)on morphologically cryptic mugilidae fishes delineation[J].Trends in Applied Sciences Research,2011,6(9):1028-1036.
[14] Chang Y,Tang R,Sun X,et al.Genetic analysis of population differentiation and adaptation in Leuciscus waleckii[J].Genetica,2013,141(10/12):417-429.
[15] Knight A,Mindell D P.Substitution bias,weighting of DNA sequence evolution,and the phylogenetic position of Fea's viper[J].Systematic Biology,1993,42:18-31.
[16] 张源真,王伟,姜志强,等.基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系[J].海洋科学,2012,36(9):89-95.
[17] 徐梅英,李继姬,郭宝英,等.基于线粒体DNA 12S rRNA和COⅢ基因序列研究中国沿海7个长蛸( Octopus variabilis)野生群体的遗传多样性[J].海洋与湖沼,2011,42(3):387-396.
[18] 刘萍,孟宪红,何玉英,等.中国对虾( Fenneropenaeus chinensis) 黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA分析[J].海洋与湖沼,2004,35(3):252-257.
[19] 张凤英,马凌波,施兆鸿,等.两种鲷属鱼类线粒体 COI 基因片段序列的比较[J].上海水产大学学报,2006,15(4):403-408.
[20] Costa F O,Dewaard J R,Boutillier J A,et al.Biological identifications through DNA barcodes:the case of the Crustacea[J].Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences,2007,64(2):272-295.
[21] 吴常文,许逸天,吕振明,等.基于 D-LOOP 基因的中国沿海鳓鱼( Ilisha elongata)种群遗传结构研究[J].海洋与湖沼,2009,40(3):330-337.
[22] 周志军,张艳霞,常岩林,等.暗褐蝈螽不同地理种群间的遗传分化[J].遗传,2011,33(1):75-80.
[23] 耿岩,杨章平,常洪,等.中国蒙系6个绵羊品种的遗传分化和基因流[J].扬州大学学报:农业与生命科学版,2007,28(3):22-26.
[24] 王庆.现代松辽分水岭的地貌结构及第四纪以来松辽分水岭的演化[J].烟台师范学院学报:自然科学版,1994(2):134-139.
[25] 王庆,杨景春.松辽分水岭东段白土山组成因与时代[J].地层学杂志,1995(4):287-289,292.
[26] 孟祥锋.基于微卫星标记和线粒体基因序列的中国二化螟 Chilo suppress (walker)种群遗传结构研究[D].杭州:浙江大学,2008.
[27] 曲若竹,侯林,吕红丽,等.群体遗传结构中的基因流[J].遗传,2004,26(3):377-382.

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

瓦氏雅罗鱼群体基于CO Ⅰ序列的遗传多样性分析

Genetic Diversity of Leuciscus waleckii Populations Based on CO ⅠSequence

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	李曼, 史晓蕾, 邸锐, 刘志芳, 孟庆民, 付才, 杨春燕, 王冬梅, 张孟臣, 张洁, 闫龙. 大豆长片段插入/缺失标记的开发与应用[J]. 华北农学报, 2022, 37(1): 18-26.
[2]	李乾, 梁利群, 艾克达·热合曼, 孙博, 张立民, 董志国, 常玉梅. 不同盐度、碱度、pH值对瓦氏雅罗鱼精子活力及其受精率的影响[J]. 华北农学报, 2021, 36(S1): 381-389.
[3]	张馨方, 张树航, 李颖, 郭燕, 王广鹏. 基于SSR标记构建燕山板栗核心种质[J]. 华北农学报, 2021, 36(S1): 31-38.
[4]	高瑞钰, 张华, 宣宁, 柳絮, 张浩, 张梦琦, 姚方印. 利用单片段代换系研究水稻抽穗期等位基因变异[J]. 华北农学报, 2021, 36(5): 29-34.
[5]	冯俊彦, 康乐, 郎涛, 张聪, 李明, 赵珊, 蒲志刚. 基于SCoT分子标记的甘薯及其野生种遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2021, 36(1): 18-26.
[6]	付静, 崔林开, 付伟, 乔莉娟. 河南省烟草疫霉遗传多样性与遗传结构的RAPD分析[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 342-346.
[7]	杨振立, 王广鹏, 张树航, 郭燕, 张馨方, 李颖. 燕山板栗15个花序相关表型性状遗传多样性研究[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 93-101.
[8]	高源, 王大江, 王昆, 李连文, 朴继成. 基于叶绿体片段序列的苹果属植物遗传多样性[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 42-51.
[9]	易红梅, 任洁, 王璐, 王蕊, 葛建镕, 王凤格, 赵久然, 徐明良. 2014-2019年国家玉米区域试验参试组合DNA指纹检测及遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2020, 35(3): 87-93.
[10]	李祥栋, 石明, 陆秀娟, 潘虹, 魏心元, 陆平. 利用叶绿体基因组SSR标记揭示薏苡属种质资源的遗传多样性[J]. 华北农学报, 2019, 34(S1): 6-14.
[11]	钱玉源, 刘祎, 崔淑芳, 王广恩, 张曦, 金卫平, 李俊兰. 基于表型的棉花种质资源遗传多样性分析及核心种质的抽提[J]. 华北农学报, 2019, 34(S1): 29-35.
[12]	涂剑锋, 徐佳萍, 王洪亮, 李一清, 邢秀梅. 基于线粒体DNA控制区序列分析我国马鹿5个亚种的遗传分化[J]. 华北农学报, 2018, 33(S1): 79-83.
[13]	张善磊, 岳红亮, 赵春芳, 陈涛, 张亚东, 周丽慧, 赵凌, 梁文化, 王才林. 粳稻栽培品种中淀粉合成相关基因的等位变异及群体结构分析[J]. 华北农学报, 2018, 33(6): 116-122.
[14]	白志元, 张瑞军, 武国平, 连世超, 杨玉花, 卫保国. 基于SSR标记的杂交大豆主要亲本遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2018, 33(4): 120-125.
[15]	高虹, 徐铨, 王嘉宇, 钟鸣, 徐正进, 隋国民. 中国北方粳稻基于SNPs的遗传结构分析和主要农艺性状的变化[J]. 华北农学报, 2018, 33(2): 8-13.

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

瓦氏雅罗鱼群体基于CO Ⅰ序列的遗传多样性分析

Genetic Diversity of Leuciscus waleckii Populations Based on CO ⅠSequence

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价