基于SSR标记的短季棉品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

doi:10.7668/hbnxb.2014.04.016

华北农学报 ›› 2014, Vol. 29 ›› Issue (4): 98-104. doi: 10.7668/hbnxb.2014.04.016

所属专题： 棉花；

基于SSR标记的短季棉品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

陈浩东¹, 肖才升¹, 李庠¹, 匡政成¹, 王为², 李育强¹

1. 湖南省棉花科学研究所, 国家杂交棉研究推广中心, 湖南常德 415101;
2. 江苏沿海地区农业科学研究所, 江苏盐城 224002

收稿日期:2014-04-27 出版日期:2014-08-28
通讯作者: 肖才升（1973-），男，湖南常德人，副研究员，主要从事棉花遗传育种研究。
作者简介:陈浩东（1983-），男，河南周口人，助理研究员，博士，主要从事棉花分子育种研究。
基金资助:
国家“863”计划项目（2011AA10A102）；江苏省自然科学基金项目（BK20130429）；湖南省自然科学省市联合基金项目（12JJ8003）；棉花生物学国家重点实验室开放课题项目（CB2013A14）；湖南省棉花科学研究所所长青年创新基金项目（HNMKS2014SJ002）

DNA Fingerprints Construction and Genetic Diversity Analysis of Short-season Cotton by SSR Markers

CHEN Hao-dong¹, XIAO Cai-sheng¹, LI Xiang¹, KUANG Zheng-cheng¹, WANG Wei², LI Yu-qiang¹

1. Hunan Cotton Research Institute, National Hybrid Cotton Research Promotion Center, Changde 415101, China;
2. Agricultural Sciences Institute of Coastal Area of Jiangsu, Yancheng 224002, China

Received:2014-04-27 Published:2014-08-28

摘要/Abstract

摘要： 为解决长江流域缺乏适合短季棉材料分子分析的SSR引物问题及加强对引进短季棉材料遗传信息的了解，以从中国农业科学院棉花研究所引进的15份短季棉品种为材料，利用SSR标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明，从214 对候选SSR引物中筛选出稳定性好、多态性高、基本覆盖棉花26条染色体的68对引物，对15份材料的基因组DNA进行了PCR扩增，共检测出178个有效等位位点，平均每对引物检测到2.62个；引物多态性信息含量（PIC）值介于0.244 9～0.906 1，平均0.693 8。品种指纹分析结果显示，在15份材料中，12份材料可采用特征引物进行一次性区分，其他材料需采用引物组合来实现与其他品种的区分，利用4对引物组合共检测出21个多态性条带，平均每对引物检测出5.25个，构建了15份材料的指纹图谱。利用NTSYS-pc2.1软件聚类分析表明：材料基因型间遗传相似系数为0.45~0.79，平均为0.62，在相似系数0.68处可将材料分为5大类，结合系谱对聚类情况进行了系统分析，研究结果为短季棉资源鉴定和利用提供了依据。

关键词: 短季棉, SSR, 指纹图谱, 遗传多样性

Abstract: In Yangtze river basin,little SSR primers and little genetic information is available for DNA fingerprints and diversity of short season cotton germplasms introduced from the northern of China,so,in present research,fifteen short season cotton introduced from Institute of Cotton Research,Chinese Academy of Agricultural Sciences(ICR,CAAS)were used as materials in construction of DNA fingerprinting and analysis of genetic diversity with simple sequence repeat(SSR)makers.Sixty-eight primer pairs with good repeatability,high polymorphism,almost even distribution on the 26 chromosomes were screened out from 214 pairs of candidate SSR primers to genotype the 15 materials,178 effective allelic loci were detected with an average of 2.62;Primers polymorphism information content(PIC)value ranged from 0.244 9 to 0.906 1 with an average of 0.693 8.Variety fingerprint analysis results showed that 12 cultivars could be differentiated by specific or characteristic primer,the rest 3 cultivars could be identified by primer combinations.In the end,four pairs of primers combinations to be detected in 21 polymorphic bands with an average of 5.25 could completely differentiate the 15 short season cotton cultivars from each other.NTSYS-pc2.1 software was used to analyze genetic diversity of the 15 cultivars,the results indicated that genetic similarity coefficient of the 15 cultivars ranged from 0.45 to 0.79,with an average of 0.62,the 15 materials can be divided into five major categories at the similarity coefficient of 0.68.combined with the pedigree of clustering to be carried on the system analysis,which provided basis for the short season cotton identification and parental material selection.

Key words: Short-season cotton, SSR, Fingerprint, Genetic diversity

中图分类号:

S562.03

陈浩东, 肖才升, 李庠, 匡政成, 王为, 李育强. 基于SSR标记的短季棉品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2014, 29(4): 98-104. doi: 10.7668/hbnxb.2014.04.016.

CHEN Hao-dong, XIAO Cai-sheng, LI Xiang, KUANG Zheng-cheng, WANG Wei, LI Yu-qiang. DNA Fingerprints Construction and Genetic Diversity Analysis of Short-season Cotton by SSR Markers[J]. journal1, 2014, 29(4): 98-104. doi: 10.7668/hbnxb.2014.04.016.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2014/V29/I4/98

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