甜瓜玉米黄质环氧化酶基因的电子克隆及生物信息学分析

doi:10.7668/hbnxb.2011.S1.005

华北农学报 ›› 2011, Vol. 26 ›› Issue (S1): 23-28. doi: 10.7668/hbnxb.2011.S1.005

所属专题： 玉米；甜瓜；生物技术；

甜瓜玉米黄质环氧化酶基因的电子克隆及生物信息学分析

李萌, 张爱华, 白雪飞, 王翠霞, 段会军

河北农业大学河北省作物种质资源重点实验室, 河北保定 071001

收稿日期:2011-03-18 出版日期:2011-12-30
通讯作者: 段会军(1965-)，男，河北保定人，教授，博士，主要从事西瓜遗传育种研究。
作者简介:李萌(1986-)，女，河北邢台人，硕士研究生，主要从事西瓜生理与分子生物学研究。通
基金资助:
河北省自然科学基金资助项目(C2007000547)

Silico Cloning and Bioinformatics Analysis of Zeaxanthin Epoxidase Gene(ZE) in Cucunis melo

LI Meng, ZHANG Ai-hua, BAI Xue-fei, WANG Cui-xia, DUAN Hui-jun

Agricultural University of Hebei, Key Laboratory of Crop Germplasm Resources of Hebei, Baoding 071001, China

Received:2011-03-18 Published:2011-12-30

摘要/Abstract

摘要： 对甜瓜玉米黄质环氧化酶(Zeaxanthin epoxidase)进行电子克隆及功能预测。根据基因同源同功原理,利用基于GengBank的EST数据库和CAP3在线软件进行同源搜索和序列拼接,克隆甜瓜玉米黄质环氧化酶基因得到序列ZE,再利用生物信息学数据库及相关软件对其进行结构和功能的预测分析。结果显示:ZE的cDNA序列长2 323 bp,开放阅读框编码657个氨基酸残基,分子量为72.4 kDa,具有一个由56个氨基酸组成的FHA结构域(553～608)。该蛋白是一个亲水性稳定蛋白,参与叶黄素循环,类胡萝卜素的生物合成等代谢反应。

关键词: 玉米黄质环氧化酶, 电子克隆, 生物信息学

Abstract: In silico cloning and function prediction of Zeaxanthin epoxidase gene(ZE) is researched in the paper.Zeaxanthin epoxidase gene was cloning by the EST databases and the EST assembly tools,CAP3 based on the principal that orthologue genes have the alike function.Using the bioinformatical databases and softwares,its function was analyzed and predicted.The results showed that the cDNA length of ZE is 2 323 bp long and a single open reading frame encodes 657 amino acid residues with calculated molecular mass of 72.4 kDa and a conserved domain of FHA composed of 56 amino acid(553-608).ZE protein is a stable hydrophilic protein and taking part in the xanthophyll cycle,carotenoid biosynthesis metabolic reactions.

Key words: Zeaxanthin epoxidase, Silico cloning, Bioinformatics

中图分类号:

Q785

李萌, 张爱华, 白雪飞, 王翠霞, 段会军. 甜瓜玉米黄质环氧化酶基因的电子克隆及生物信息学分析[J]. 华北农学报, 2011, 26(S1): 23-28. doi: 10.7668/hbnxb.2011.S1.005.

LI Meng, ZHANG Ai-hua, BAI Xue-fei, WANG Cui-xia, DUAN Hui-jun. Silico Cloning and Bioinformatics Analysis of Zeaxanthin Epoxidase Gene(ZE) in Cucunis melo[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2011, 26(S1): 23-28. doi: 10.7668/hbnxb.2011.S1.005.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2011/V26/IS1/23

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