猪源乙型脑炎病毒河南分离株的全基因组测序及进化分析

doi:10.3969/j.issn.1000-7091.2012.05.035

华北农学报 ›› 2012, Vol. 27 ›› Issue (5): 184-190. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.05.035

所属专题： 畜牧；生物技术；

猪源乙型脑炎病毒河南分离株的全基因组测序及进化分析

禹乐乐^1,2, 滕蔓², 罗俊^2,3, 迟佳琦², 余祖华^2,3, 柴书军², 梁晓晓², 张改平², 王爱萍¹

郑州大学生物工程系;
河南省农业科学院农业部动物免疫学重点开放实验室河南省动物免疫学重点实验室;
河南科技大学动物科技学院

收稿日期:2012-08-13 出版日期:2012-10-28
通讯作者: 王爱萍(1970-)，女，青海西宁人，教授，博士，主要从事动物免疫学研究。
作者简介:禹乐乐(1987-)，男，河南平顶山人，在读硕士，主要从事病毒分子生物学与免疫学研究。
基金资助:
国家“公益性”行业(农业)科研专项经费资助(201203082-5)

Full-length Genomes and Phylogenetic Analysis of Three Japanese Encephalitis Virus Isolates from Swine in Henan

YU Le-le^1,2, TENG Man², LUO Jun^2,3, CHI Jia-qi², YU Zu-hua^2,3, CHAI Shu-jun², LIANG Xiao-xiao², ZHANG Gai-ping², WANG Ai-ping¹

1. Department of Bioengineering Zhengzhou University Zhengzhou 450001 China;

2. Henan Provincial Key Laboratory of Animal Immunology Key Laboratory of Animal Immunology of the Ministry of Agriculture Henan Academy of Agricultural Sciences Zhengzhou 450002 China;

3. School of Animal Science & Technology Henan University of Science and Technology Luoyang 471003 China

Received:2012-08-13 Published:2012-10-28

摘要/Abstract

摘要： 为了解猪源乙型脑炎病毒(JEV)的全基因组结构及其分子进化规律,测定了3个JEV猪源分离株(BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D)的全基因组序列,并对它们的氨基酸序列进行了分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10 976 nt,而BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10 977 nt,在后2个毒株基因组的10 701 nt位点处均有1个插入碱基"G"。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与SA14株核苷酸和氨基酸同源性较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW(HW1)、HWe(HW2)和SH0601的核苷酸与氨基酸同源性均为98.0%以上。用涵盖全部5个基因型的30个JEV毒株的全基因组序列构建系统进化树,发现这3个猪源分离株位于同一进化分支,均属于基因Ⅲ型。

关键词: 猪, 乙脑病毒, 全基因组, 系统进化分析

Abstract: In order to learn more about the complete genome and molecular evolution regular of Japanese encephalitis virus(JEV) strains isolated from swine,the full-length genome sequences of three JEV isolates,namely as BSF.ZZ-1,BSF.ZZ-3 and CSF.XZ-2D isolated from swine were analyzed in this paper.The results show that the length of the complete genomes of BSF.ZZ-1,BSF.ZZ-3 and CSF.XZ-2D was 10 977,10 977,10 976 nt,respectively.There is an insert base of ＂G＂ at the 10 701 nt site in the genomes of both BSF.ZZ-1 and BSF.ZZ-3.Compared to the virulent strain SA14,the homologies of nucleotide and amino acid sequences of BSF.ZZ-1,CSF.XZ-2D and BSF.ZZ-3 are 99.4% and 99.0%,respectively.Compared to the isolates HW(HW1),HWe(HW2) and SH0601 from swine,the homologies of the present three isolates are all more than 98.0%.Phylogenetic analysises with other 30 reference isolates covering all five JEV genotypes indicated that BSF.ZZ-1,CSF.XZ-2D and BSF.ZZ-3 located in a same evolutionary branch,belonging to the genotype III.

Key words: Swine, JEV Complete genome, Phylogenetic analysis

中图分类号:

S852.65

禹乐乐, 滕蔓, 罗俊, 迟佳琦, 余祖华, 柴书军, 梁晓晓, 张改平, 王爱萍. 猪源乙型脑炎病毒河南分离株的全基因组测序及进化分析[J]. 华北农学报, 2012, 27(5): 184-190. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.05.035.

YU Le-le, TENG Man, LUO Jun, CHI Jia-qi, YU Zu-hua, CHAI Shu-jun, LIANG Xiao-xiao, ZHANG Gai-ping, WANG Ai-ping. Full-length Genomes and Phylogenetic Analysis of Three Japanese Encephalitis Virus Isolates from Swine in Henan[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2012, 27(5): 184-190. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.05.035.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2012/V27/I5/184

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