基于ISSR及SSR标记的苜蓿遗传多样性分析

doi:10.7668/hbnxb.20194229

摘要/Abstract

摘要：

探究苜蓿种质资源亲缘关系,为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带,多态性条带117条,多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带,多态性条带144条,多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明,材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类,与其他材料亲缘关系较远;清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类,其品种间遗传相似系数较大,亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。

关键词: 苜蓿, ISSR, SSR, 遗传多样性, 亲缘关系

Abstract:

To explore the genetic relationship of alfalfa germplasm resources and provide theoretical basis for the identification of alfalfa varieties and the breeding of new varieties.Genetic diversity of 30 alfalfa materials was analyzed by ISSR and SSR markers.A total of 125 bands and 117 polymorphic bands were amplified by 12 ISSR labeled primers.The polymorphic band ratio(PPB)was 93.01%.The average effective allele number(Ne),Nei's gene diversity index(H)and Shannon diversity index(I)were 1.465 9,0.281 3 and 0.431 4,respectively.A total of 152 bands and 144 polymorphic bands were amplified by 12 SSR markers,and the polymorphism band ratio(PPB)was 94.05%.The average effective allele number(Ne),Nei's gene diversity index(H)and Shannon diversity index(I)were 1.542 7,0.313 9 and 0.470 1,respectively.The genetic similarity coefficient and cluster analysis of the two markers showed that Zxy2010p-7900 and Zxy2010p-7740 could be divided into a separate category and were far related to other materials.Qingshui alfalfa,Longdong alfalfa and Gannong No.4 mixed alfalfa can be divided into one group,the genetic similarity coefficient between the varieties is large,and the relationship is close.The phylogenetic relationship of the tested alfalfa germplasm was objectively determined by the two labeling methods.

Key words: Alfalfa, ISSR, SSR, Genetic diversity, Genetic relationship

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http://www.hbnxb.net/CN/Y2023/V38/IS1/39

图/表 11

参考文献 30

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序号 No.	编号 Code	来源地 Origins	材料 Material
1	Zxy2008p-5486	俄罗斯	野生材料
2	Zxy2010p-7097	俄罗斯	野生材料
3	Zxy2010p-7157	俄罗斯	野生材料
4	Zxy2010p-7254	俄罗斯	野生材料
5	Zxy2010p-7451	俄罗斯	野生材料
6	Zxy2010p-7470	俄罗斯	野生材料
7	Zxy2010p-7481	俄罗斯	野生材料
8	Zxy2010p-7551	俄罗斯	野生材料
9	Zxy2010p-7576	俄罗斯	野生材料
10	Zxy2010p-7657	俄罗斯	野生材料
11	Zxy2010p-7667	俄罗斯	野生材料
12	Zxy2010p-7669	俄罗斯	野生材料
13	Zxy2010p-7715	俄罗斯	野生材料
14	Zxy2010p-7740	俄罗斯	野生材料
15	Zxy2010p-7765	俄罗斯	野生材料
16	Zxy2010p-7809	俄罗斯	野生材料
17	Zxy2010p-7843	俄罗斯	野生材料
18	Zxy2010p-7890	俄罗斯	野生材料
19	Zxy2010p-7900	俄罗斯	野生材料
20	Zxy2010p-7915	俄罗斯	野生材料
21	Zxy2012p-9004	俄罗斯	野生材料
22	Zxy2015p-13722	俄罗斯	野生材料
23	Zxy2010p-15354	俄罗斯	野生材料
24	Zxy2010p-15485	俄罗斯	野生材料
25	Zxy2010p-15549	俄罗斯	野生材料
26	Zxy2010p-15558	俄罗斯	野生材料
27	Zxy2010p-15578	俄罗斯	野生材料
28	QS	甘肃	清水紫花苜蓿
29	LD	甘肃	陇东紫花苜蓿
30	GN	吉林	公农4号杂花苜蓿

序号 No.	编号 Code	来源地 Origins	材料 Material
1	Zxy2008p-5486	俄罗斯	野生材料
2	Zxy2010p-7097	俄罗斯	野生材料
3	Zxy2010p-7157	俄罗斯	野生材料
4	Zxy2010p-7254	俄罗斯	野生材料
5	Zxy2010p-7451	俄罗斯	野生材料
6	Zxy2010p-7470	俄罗斯	野生材料
7	Zxy2010p-7481	俄罗斯	野生材料
8	Zxy2010p-7551	俄罗斯	野生材料
9	Zxy2010p-7576	俄罗斯	野生材料
10	Zxy2010p-7657	俄罗斯	野生材料
11	Zxy2010p-7667	俄罗斯	野生材料
12	Zxy2010p-7669	俄罗斯	野生材料
13	Zxy2010p-7715	俄罗斯	野生材料
14	Zxy2010p-7740	俄罗斯	野生材料
15	Zxy2010p-7765	俄罗斯	野生材料
16	Zxy2010p-7809	俄罗斯	野生材料
17	Zxy2010p-7843	俄罗斯	野生材料
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21	Zxy2012p-9004	俄罗斯	野生材料
22	Zxy2015p-13722	俄罗斯	野生材料
23	Zxy2010p-15354	俄罗斯	野生材料
24	Zxy2010p-15485	俄罗斯	野生材料
25	Zxy2010p-15549	俄罗斯	野生材料
26	Zxy2010p-15558	俄罗斯	野生材料
27	Zxy2010p-15578	俄罗斯	野生材料
28	QS	甘肃	清水紫花苜蓿
29	LD	甘肃	陇东紫花苜蓿
30	GN	吉林	公农4号杂花苜蓿

引物 Primers	序列(5'—3') Sequence(5'—3')	退火温度/℃ Annealing temperature	扩增总条带数 Total amplified bands	多态性条带数 Number of polymorphic bands	多态性比率/% Percentage of polymorphic bands
UBC808	AGAGAGAGAGAGAGAGC	48.7	10	8	80.00
UBC810	GAGAGAGAGAGAGAGAT	48.0	9	6	66.67
UBC815	CTCTCTCTCTCTCTCTG	47.5	7	7	100.00
UBC817	CACACACACACACACAA	50.0	10	10	100.00
UBC826	ACACACACACACACACC	52.6	11	11	100.00
UBC827	ACACACACACACACACG	52.9	11	11	100.00
UBC835	AGAGAGAGAGAGAGAGYC	50.2	12	11	91.67
UBC841	GAGAGAGAGAGAGAGAYC	48.5	12	12	100.00
UBC846	CACACACACACACACART	51.4	13	13	100.00
UBC848	CACACACACACACACARG	52.7	12	12	100.00
UBC880	GGAGAGGAGAGGAGA	47.9	9	9	100.00
UBC887	DVDTCTCTCTCTCTCTC	48.0	9	7	77.78
平均Average			10.4	9.8	93.01
小计Subtotal			125	117	93.60

引物 Primers	序列(5'—3') Sequence(5'—3')	退火温度/℃ Annealing temperature	扩增总条带数 Total amplified bands	多态性条带数 Number of polymorphic bands	多态性比率/% Percentage of polymorphic bands
UBC808	AGAGAGAGAGAGAGAGC	48.7	10	8	80.00
UBC810	GAGAGAGAGAGAGAGAT	48.0	9	6	66.67
UBC815	CTCTCTCTCTCTCTCTG	47.5	7	7	100.00
UBC817	CACACACACACACACAA	50.0	10	10	100.00
UBC826	ACACACACACACACACC	52.6	11	11	100.00
UBC827	ACACACACACACACACG	52.9	11	11	100.00
UBC835	AGAGAGAGAGAGAGAGYC	50.2	12	11	91.67
UBC841	GAGAGAGAGAGAGAGAYC	48.5	12	12	100.00
UBC846	CACACACACACACACART	51.4	13	13	100.00
UBC848	CACACACACACACACARG	52.7	12	12	100.00
UBC880	GGAGAGGAGAGGAGA	47.9	9	9	100.00
UBC887	DVDTCTCTCTCTCTCTC	48.0	9	7	77.78
平均Average			10.4	9.8	93.01
小计Subtotal			125	117	93.60

引物 Primers	序列(5'—3') Sequence(5'—3')	有效等位基因数 Effective number of alleles(Ne)	Nei's多样性指数 Nei's gene diversity(H)	香农多样性指数 Shannon diversity index(Ⅰ)
UBC808	AGAGAGAGAGAGAGAGC	1.430 7	0.249 8	0.378 6
UBC810	GAGAGAGAGAGAGAGAT	1.444 2	0.248 4	0.365 4
UBC815	CTCTCTCTCTCTCTCTG	1.400 0	0.276 2	0.443 1
UBC817	CACACACACACACACAA	1.356 0	0.238 4	0.388 8
UBC826	ACACACACACACACACC	1.520 6	0.312 1	0.476 9
UBC827	ACACACACACACACACG	1.336 9	0.233 1	0.384 1
UBC835	AGAGAGAGAGAGAGAGYC	1.495 4	0.294 3	0.442 3
UBC841	GAGAGAGAGAGAGAGAYC	1.457 5	0.277 8	0.425 3
UBC846	CACACACACACACACART	1.451 8	0.276 9	0.431 6
UBC848	CACACACACACACACARG	1.745 0	0.400 9	0.577 6
UBC880	GGAGAGGAGAGGAGA	1.514 4	0.315 0	0.483 9
UBC887	DVDTCTCTCTCTCTCTC	1.438 3	0.252 6	0.379 4
平均Average		1.465 9	0.281 3	0.431 4
标准差s		0.337 5	0.164 7	0.216 3

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