番茄果实EST资源SSR信息分析

doi:10.7668/hbnxb.2011.04.038

华北农学报 ›› 2011, Vol. 26 ›› Issue (4): 213-217. doi: 10.7668/hbnxb.2011.04.038

所属专题： 番茄；

番茄果实EST资源SSR信息分析

韩明利¹, 崔娜^1,2, 于志海¹, 李天来², 侯丽霞³

1. 沈阳农业大学生物科学技术学院, 辽宁沈阳 110866;
2. 沈阳农业大学园艺学院, 设施园艺重点实验室, 辽宁沈阳 110866;
3. 山东农业科学院蔬菜所, 山东济南 250100

收稿日期:2011-02-15 出版日期:2011-08-28
通讯作者: 崔娜(1968-)，女，辽宁桓仁人，副教授，博士，主要从事植物发育分子生物学方面的研究。
作者简介:韩明利(1985-)，女，山西吕梁人，硕士，主要从事发育分子生物学方面的研究。
基金资助:
岗位专家课题资助项目:国家现代农业产业体系建设专项(Nycytx-35-gw23);国家“863”计划项目(2006AA100108-3-1);辽宁省教育厅科学技术研究项目(2008623);沈阳农业大学博士后基金项目(62658)

Analysis of SSR Information in EST Resource of Tomato (Solanum lycopersicum) Fruit

HAN Ming-li¹, CUI Na^1,2, YU Zhi-hai¹, LI Tian-lai², HOU Li-xia³

1. Biological Science and Technology College, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110866, China;
2. College of Horticulture, Key Laboratory of Protected Horticulture, Ministry of Education, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110866, China;
3. Vegetable Research Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan 250100, China

Received:2011-02-15 Published:2011-08-28

摘要/Abstract

摘要： 表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获得2 039条含有EST-SSR的序列,拼接后的UniGene的检出率为12.62%,包括97种重复基元。其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复占主导地位,三者占总SSR位点数的98.91%。SSR在番茄果实EST上的分布密度为每5 451.6 mer出现1个SSR。

关键词: 番茄, EST-SSR, 果实

Abstract: Expressed sequence tags(ESTs)are important resources for development of new SSR markers.83 613 ESTs of the tomato fruit in the database of NCBl were downloaded and early treatmented,such as being clusterd to redundancy and spliced,and so on.It is concluted that there were 18 878 UniGene after being spliced by CAP3 tool,in which of 9 650 Contigs and 9 228 Singlets.2 039 EST-SSRs were gotten by using MISA tool searched SSR,accounting for 12.62% of the UniGene and including 97 repeat motifs.Mononucleotide,Dinucleotide and Trinuclotide were the dominant repeat motifs and occupied 98.91% in all the number of SSR.Every 5 451.6 mer appeared a SSR in the ESTs of the tomato fruit of containing SSR.

Key words: Tomato, EST-SSR, Fruit

中图分类号:

韩明利, 崔娜, 于志海, 李天来, 侯丽霞. 番茄果实EST资源SSR信息分析[J]. 华北农学报, 2011, 26(4): 213-217. doi: 10.7668/hbnxb.2011.04.038.

HAN Ming-li, CUI Na, YU Zhi-hai, LI Tian-lai, HOU Li-xia. Analysis of SSR Information in EST Resource of Tomato (Solanum lycopersicum) Fruit[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2011, 26(4): 213-217. doi: 10.7668/hbnxb.2011.04.038.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2011/V26/I4/213

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