花生EST-SSR分子标记的开发

doi:10.7668/hbnxb.2009.S1.011

华北农学报

所属专题： 油料作物；

花生EST-SSR分子标记的开发

王金彦, 潘丽娟, 杨庆利, 禹山林

山东省花生研究所, 山东青岛　266100

收稿日期:2009-05-03 出版日期:2009-12-31
通讯作者: 禹山林(1956 -), 男, 山东莱州人, 研究员, 主要从事花生遗传育种方面科研工作。
作者简介:王金彦(1982 -), 男, 山东青岛人, 硕士, 主要从事花生分子生物学方面研究。
基金资助:
国家重点基础研究发展计划(2007CB116200);国家高技术研究发展计划(2006AA10A114;2007AA10Z189);农业公益性行业科研专项(NYHYZX07-14)

Development of EST -SSR Markers in Peanut (Arachis hypogaea L .)

WANGJin-yan, PANLi-juan, YANGQing-li, YUShan-lin

Peanut Research Institute, Shandong Academy of Agriculture Sciences, Qingdao 266100, China

Received:2009-05-03 Published:2009-12-31

摘要/Abstract

摘要： 利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到2个核苷酸重复和3个核苷酸重复的39.3%和22.6%。

关键词: 花生, EST, SSR, 频率, 特点

Abstract: 53 177 ESTs from Genbank database in NCBI and 4 074 ESTs from Unigene library of E12 (Arachis hypogaea L.)in our laboratory are analysed.Totally 11 260 non -redundant ESTs contigs are detected.1 323 SSR loci are searched by software analysis in NCBI database and Unigene library ,mainly di -and tri -nucleotide repeat motif except of few tetra -nucleotide repeat motif and compound repeat.In these EST -SSR loci,average length is 18.88 bp and average 8.5 ESTs contain one SSR loci.The AG/TC and CTT/GAA motif are most frequent types,accounting for 39.3 % and 22.6 % in dinucleotide and trinucletide repeats,respectively.

Key words: Peanut, EST, SSR, Frequency, Characteristics

中图分类号:

S565.03

WANGJin-yan, PANLi-juan, YANGQing-li, YUShan-lin. Development of EST -SSR Markers in Peanut (Arachis hypogaea L .)[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, doi: 10.7668/hbnxb.2009.S1.011.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2009/V24/IS1/42

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