类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白二级结构与B细胞表位预测

doi:10.7668/hbnxb.2009.05.010

华北农学报 ›› 2009, Vol. 24 ›› Issue (5): 45-49. doi: 10.7668/hbnxb.2009.05.010

所属专题： 畜牧；

类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白二级结构与B细胞表位预测

温立斌¹, 何孔旺¹, 杨汉春², 王玉然³

1. 江苏省农业科学院兽医研究所, 农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室, 国家兽用生物制品工程技术研究中心, 江苏南京 210014;
2. 中国农业大学动物医学院, 农业部预防兽医学重点开放实验室, 北京 100094;
3. 河北省动物卫生监督所, 河北石家庄 050081

收稿日期:2009-02-21 出版日期:2009-10-28
作者简介:温立斌(1967-)，男，河北宣化人，博士，高级兽医师，主要从事动物分子病毒学与免疫学研究。
基金资助:
国家“973”计划前期研究专项(2007CB116308);江苏省自然科学基金(BK2008351)

Prediction of Secondary Structure and B Cell Epitope for VP2 Protein of Porcine Circovirus2like Agent P1

WEN Li-bin¹, HE Kong-wang¹, YANG Han-chun², WANG Yu-ran³

1. Institute of Veterinary Medicine, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Key Laboratory of Animal Diseases Diagnostic and Immunology, Ministry of Agriculture National, Center for Engineering Research of Veterinary Bio-products, Nanjing 210014, China;
2. Key Laboratory of Preventive Veterinary Medicine of the Ministry of Agriculture, College of Veterinary Medicine, China Agricultural University, Beijing 100094, China;
3. Animal Health Supervision Institute of Hebei Province, Shijiazhuang 050081, China

Received:2009-02-21 Published:2009-10-28

摘要/Abstract

摘要： 旨为预测类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白的B细胞表位。采用生物信息软件和互联网服务器,预测VP2的二级结构，分析VP2表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性)，综合预测VP2的B细胞抗原表位。结果表明，P1VP2蛋白肽链的6-18和80-92区段为预测的B细胞表位优势区。多参数方案综合预测P1 VP2蛋白的B细胞抗原表位，为进一步鉴定表位及设计疫苗奠定了基础。

关键词: P1, 二级结构, B细胞表位, 生物信息学, 预测

Abstract: To predict the B cell epitopes for VP2 protein of porcine circovirus2like agent P1.By using biotic softwares and network servers,the secondary structure of VP2 was predicted,and the surface properties (hydrophilicity,flexibility,accessibility and antigenicity) of VP2 were analysed.Then the B cell epitopes integrated prediction were obtained.The predominant B cell epitopes predicted were probably in the region of 6-18 and 80-92.The results of B cell epitopes prediction using multiple parameters are helpful for further epitopes identification and vaccine design of P1.

Key words: P1, Secondary structure, B cell epitope, Bioinformatics, Prediction

中图分类号:

S852.4

温立斌, 何孔旺, 杨汉春, 王玉然. 类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白二级结构与B细胞表位预测[J]. 华北农学报, 2009, 24(5): 45-49. doi: 10.7668/hbnxb.2009.05.010.

WEN Li-bin, HE Kong-wang, YANG Han-chun, WANG Yu-ran. Prediction of Secondary Structure and B Cell Epitope for VP2 Protein of Porcine Circovirus2like Agent P1[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2009, 24(5): 45-49. doi: 10.7668/hbnxb.2009.05.010.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2009/V24/I5/45

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