西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

doi:10.7668/hbnxb.2009.03.019

华北农学报 ›› 2009, Vol. 24 ›› Issue (3): 87-91. doi: 10.7668/hbnxb.2009.03.019

所属专题： 西瓜；

西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析

冯建明^1,2, 郭绍贵², 吕桂云³, 陈年来¹, 张海英², 宫国义², 许勇²

1. 甘肃农业大学农学院, 甘肃兰州 730070;
2. 北京市农林科学院蔬菜研究中心, 北京 100097;
3. 河北农业大学, 河北保定 071001

收稿日期:2009-02-11 出版日期:2009-06-28
通讯作者: 许勇(1965 - ),男,湖北武汉人,研究员,博士,主要从事蔬菜育种与分子生物学研究。
作者简介:冯建明(1982-), 男, 甘肃酒泉人, 在读硕士, 主要从事蔬菜育种与生理栽培研究.
基金资助:
国家"863"计划(2006AA10Z1A8);"十一五"国家科技支撑计划(2006BAD01A7-6-02);国家自然科学基金(30570997;30571276);北京市自然科学基金(5062008);北京市科委项目(Z0708050150702)

Analysis of EST-SSR Information Related to Fusarium Wilt Resiatance in Watermelon

FENG Jian ming^1,2, ², GUo Shao gui³, LU Gui yun¹, CHEN Nian lai², ZHANG Hai ying², GoNG Guo yi²

1. Agronomy College,Gansu Agricultural University,Lanzhou 730070,China;
2. Beijing Vegetable Research Center,Beijing 100097,China;
3. Hebei Agricultural University,Baoding 071001,China

Received:2009-02-11 Published:2009-06-28

摘要/Abstract

摘要： 对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1487条unigene序列,全长为79 kb.在其中978条unisene序列中共检索出2136个EST-SSR,出现频率为3.4%.EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.9 bp.EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%.GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的2.78%和12.97%.西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析为进一步建立西瓜EST-SSR标记和探索其在西瓜基因组学研究中的应用奠定了基础.

关键词: 西瓜, 枯萎病, EST, SSR

Abstract: Simple sequence repeats (SSRs) were investigated in the unigene sequences from suppression subtractive hybridization(SSH) cDNA library which constructed with watermelon root induced by Fusarium oxysporum f. sp. niveum race 1.A total of 1487 unigene sequences corresponding to 795 kb were searched,resulting in the identification of 2 136 SSRs. The estimated frequency of SSRs was approximtely 53. 4 %,and the overall average length of SSRs was 19. 59 bp, the average distance of distribution were 1/ 0. 36 kb. The di2 and tri2nucleotide repeats appeared to be the most abundant SSRs,accounting for 98. 08 % in all the EST2SSRs. The adentine rich repeats such as G A/ TC and G AA/ TTC were pre2 dominant in each type of SSRs (di2,tri2),accounting for 25. 78 % and 12. 97 % in di2 and tri2nucleotide repeats respec2 tively. These EST2SSRs information could be efficiently exploited for the development of gene2derived SSR markers.

Key words: Watermelon, Fusarium wilt, EST, SSR

中图分类号:

S651
Q78

冯建明, 郭绍贵, 吕桂云, 陈年来, 张海英, 宫国义, 许勇. 西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析[J]. 华北农学报, 2009, 24(3): 87-91. doi: 10.7668/hbnxb.2009.03.019.

FENG Jian ming,, GUo Shao gui, LU Gui yun, CHEN Nian lai, ZHANG Hai ying, GoNG Guo yi, XU Yong. Analysis of EST-SSR Information Related to Fusarium Wilt Resiatance in Watermelon[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2009, 24(3): 87-91. doi: 10.7668/hbnxb.2009.03.019.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2009/V24/I3/87

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