基于SNPs标记的部分栽培稻品种遗传结构分析

doi:10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.012

华北农学报 ›› 2012, Vol. 27 ›› Issue (4): 65-72. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.012

所属专题： 水稻；栽培生理；

基于SNPs标记的部分栽培稻品种遗传结构分析

高月¹, 姜树坤³, 钟鸣¹, 马慧¹, 郭志富¹, 陈丽静¹, 李浩戈¹, 徐正进²

1. 沈阳农业大学、辽宁省农业生物技术重点实验室, 辽宁沈阳110161;
2. 辽宁省北方粳稻育种重点实验室, 辽宁沈阳110161
3. 黑龙江省农业科学院耕作栽培研究所, 黑龙江哈尔滨150086

出版日期:2012-08-28
作者简介:高月（1986-），女，辽宁沈阳人，在读硕士，主要从事植物分子生物学研究。
基金资助:
“十二五”国家科技支撑计划（2011BAD35B02-01）;国家自然科学基金（30971845）;辽宁省农业生物技术重点实验室专项资金

Genetic Structure Revealed by Single-nucleotide Polymorphisms （SNPs） of Some Diverse Accessions of Cultivated Rice （Oryza sativa L. ）

GAO Yue¹, JIANG Shu-kun³, ZHONG Ming¹, MA Hui¹, GUO Zhi-fu¹, CHEN Li-jing¹, LI Hao-ge¹, XU Zheng-jin²

1. Key Laboratory of Agricultural Biotechnology of Liaoning Province, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110161, China;
2. Key Laboratory of Rice Breeding of Liaoning Province, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110161, China;
3. Cultivation and Farming Research Institute, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150086, China

Published:2012-08-28

摘要/Abstract

摘要： 利用分布于水稻12条染色体上的190个SNPs位点，对97个水稻品种进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明，190个SNPs位点中有92个具有多态性，多态性比率为48．42％。品种间的遗传相似系数（GS）变化范围在0．34—1．00之间，平均GS为0．87。贝叶斯聚类和UPGMA法聚类的结果相似，均将供试材料分成籼、粳2个亚种，且品种间的亲缘关系与地理来源关系不大。通过SNPs标记的遗传多样性分析结果表明，供试材料在亚种内的亲缘关系较近、遗传基础狭窄，部分供试品种具有相似的遗传背景。

关键词: SNPs标记, 水稻品种, 遗传结构, 遗传多样性

Abstract: The genetic diversity and structure of 97 rice varieties were assessed with 190 single-nucleotide poly- morphisms （SNPs） even distribution on the 12 chromosomes in this study. The result showed that 92 SNPs have polymorphism in 190 SNPs with a 48.42% polymorphism rate. Genetic similarity between different varieties ranged from 0.34 to 1.00. The mean GS was 0.87. According to bayesian and UPGMA cluster,97 rice varieties were sepa- rated into two subspecies,indica and japonica. The genetic relationship among these rice varieties was not in accord with their geographical origins. And these results indicate that these rice varieties have close genetic relationships and narrow genetic basis within subspecies.

Key words: Single-nucleotide polymorphisms （SNPs）, Rice varieties, Genetic structure, Genetic diversity

中图分类号:

S511.03

高月, 姜树坤, 钟鸣, 马慧, 郭志富, 陈丽静, 李浩戈, 徐正进. 基于SNPs标记的部分栽培稻品种遗传结构分析[J]. 华北农学报, 2012, 27(4): 65-72. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.012.

GAO Yue, JIANG Shu-kun, ZHONG Ming, MA Hui, GUO Zhi-fu, CHEN Li-jing, LI Hao-ge, XU Zheng-jin. Genetic Structure Revealed by Single-nucleotide Polymorphisms （SNPs） of Some Diverse Accessions of Cultivated Rice （Oryza sativa L. ）[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2012, 27(4): 65-72. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.012.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2012/V27/I4/65

参考文献

[1] 《水稻微卫星标记与遗传多样性的检测》[J].分子植物育种,2005(5).

[2] 严文明.中国稻作农业的起源[J].农业考古,1982,(1).

[3] Reif J C, Hamrit S, Heckenberger M,et al. Trends in ge- netic diversity among European maize cultivars and their parental components during the past 50 years [J]. Theor Appl Genet,2005,111:838 - 845.

[4] Reif J C,Zhang P,Dreisigacker S,et al. Wheat genetic di- versity trends during domestication and breeding[J]. The- or Appl Genet,2005,110 : 859 - 864.

[5] Brandon S G,Long A D. The lowdown in linkage disequi- librium[J]. The Plant Cell,2003,15 : 1502 - 1506.

[6] Brookes A J. The essence of SNPs[J]. Gene,1999,234: 177 - 186.

[7] Nasu S,Suzuki J, Ohta R,et al. Search for and Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in Rice ( Oryza sativa,Oryza rufipogon) and Establishment of SNP Mark- ers[J]. DNA Research,2002,9 : 163 - 171.

[8] Lida A, Ohnishi Y, Ozaki K,et al. High-density single-nu- cleotide polymorphism (SNP) map in the 96-kb region containing the entire human Digeorge syndrome critical region 2 (DGCR2) gene at 22q11.2[J]. Journal of Hu- man genetics,2001,46:604 - 608.

[9] Primmer C R,Borge T, Lindell J, et al. Single-nucleotide polymorphism characterization in species with limited a- vailable sequence information:high nucleotide diversity revealed in the avian genome [J]. Molecular Ecology, 2002,11:603 -612.

[10] Tenaillon M I,Sawkins M C,Long A D,et al. Patterns of DNA sequence polymorphism along chromosome 1 of maize ( Zea mays ssp. Mays L. ) [J]. Proceedings of the National Academy of Sciences,2001,98:9161 - 9166.

[11] Syvanen A C. Accessing genetic variation: genotyping single nucleotide polymorphisms [J]. Nature Review Genetics,2001 ( 2 ) :930 - 942.
[12] Caicedo A L, Williamson S H, Hernandez R D,et al. Ge- home-wide patterns of nucleotide polymorphism in do- mesticated Rice [J]. Genetics, 2007, 3 ( 9 ) : 1745 - 1756.

[13] Murray M G,Thompson W F. Rapid isolation of high mo- lecular weight plant DNA [J]. Nucleic Acids Research, 1980,8:4321 - 4325.

[14] Huang X H,Wei X H,Sang T,et al.Genome-wide asso- ciation studies of 14 agronomic traits in rice landraces [J]. Nature Genetics,2010,42 ( 11 ) :961 - 967.

[15] Pritchard J K, Stephens M, Donnelly P. Inference of popu-lation structure using muhilocus genotype data [J]. Genetics,2000,155 ( 2 ) :945 - 959.

[16] Falush D,Stephens M, Pritchard J K. Inference of popu- lation structure using multilocus genotype data:linked lo- ci and cor-related allele frequencies [J]. Genetics,2003, 164(4) :1567 - 1587.

[17] Evanno G,Regnaut S,Goudet J. Detecting the number of clusters of individuals using the software structure: a simulation study[J]. Molecular Ecology,2005,14:2611 - 2620.

[18] Rohlf F J. NTSYSpc: Numerical taxonomy and muhi- variate analysis system, Version 2. 1 [M]. New York, USA : Exeter Software,2000.
[19] 《东北三省水稻遗传多样性和亲缘关系的SSR分析》[J].河南农业科学,2008(4).

[20] 《利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性》[J].中国水稻科学,2009(5).

[21] 《黑龙江省主栽水稻品种的遗传多样性分析》[J].作物杂志,2011(1).

[22] 《AFLP和RFLP标记检测水稻亲本遗传多样性比较研究》[J].中国农业科学,2002(6).

[23] 《新一代分子标记——SNPs及其应用》[J].生物多样性,2003(5).

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[2]	张曦, 刘祎, 钱玉源, 王广恩, 王寒菊, 焦秀芬, 解辉, 崔淑芳, 李俊兰. 陆地棉种质资源遗传多样性分析及初级核心种质构建[J]. 华北农学报, 2023, 38(S1): 26-33.
[3]	兰若林, 马文智, 张立民, 孙博, 常玉梅, 梁利群. 大龙虎泡野生日本沼虾遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2023, 38(S1): 437-443.
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[5]	马彪, 南丽丽, 姚宇恒, 夏静, 汪堃, 陈洁, 何海鹏. 基于ISSR及SSR标记的苜蓿遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2023, 38(S1): 39-48.
[6]	者玉琦, 柴志欣, 武志娟, 姜辉, 钟金城, 信金伟. *西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析*[J]. 华北农学报, 2023, 38(6): 201-210.
[7]	刘佳, 张梦雅, 任世龙, 王永芳, 马继芳, 全建章, 刘磊, 董志平, 白辉, 李志勇. 利用SRAP分子标记分析谷瘟病菌遗传多样性[J]. 华北农学报, 2023, 38(5): 179-187.
[8]	龙熙, 柴捷, 陈力, 潘红梅, 张亮, 陈四清, 郭宗义, 张廷焕. 基于SNP芯片的盆周山地猪保种群体保种效果评估[J]. 华北农学报, 2022, 37(S1): 358-365.
[9]	宋慧, 古斌权, 张香琴. 中国南瓜×印度南瓜种间杂交自交系及组合的遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(6): 91-102.
[10]	李曼, 史晓蕾, 邸锐, 刘志芳, 孟庆民, 付才, 杨春燕, 王冬梅, 张孟臣, 张洁, 闫龙. 大豆长片段插入/缺失标记的开发与应用[J]. 华北农学报, 2022, 37(1): 18-26.
[11]	张馨方, 张树航, 李颖, 郭燕, 王广鹏. 基于SSR标记构建燕山板栗核心种质[J]. 华北农学报, 2021, 36(S1): 31-38.
[12]	冯俊彦, 康乐, 郎涛, 张聪, 李明, 赵珊, 蒲志刚. 基于SCoT分子标记的甘薯及其野生种遗传多样性分析[J]. 华北农学报, 2021, 36(1): 18-26.
[13]	杨振立, 王广鹏, 张树航, 郭燕, 张馨方, 李颖. 燕山板栗15个花序相关表型性状遗传多样性研究[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 93-101.
[14]	付静, 崔林开, 付伟, 乔莉娟. 河南省烟草疫霉遗传多样性与遗传结构的RAPD分析[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 342-346.
[15]	高源, 王大江, 王昆, 李连文, 朴继成. 基于叶绿体片段序列的苹果属植物遗传多样性[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 42-51.

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