牦牛VEGF—A基因的克隆及生物信息学分析

doi:10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.009

华北农学报 ›› 2012, Vol. 27 ›› Issue (4): 48-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.009

所属专题： 畜牧；生物技术；

牦牛VEGF—A基因的克隆及生物信息学分析

吴晓云^1,2,3, 阎萍^2,3, 梁春年^2,3, 郭宪^2,3, 包鹏甲^2,3, 裴杰^2,3, 褚敏^2,3, 丁学智^2,3, 刘文博^2,3, 焦斐^2,3, 刘建^2,3

1. 甘肃农业大学动物科学技术学院, 甘肃兰州730070;
2. 中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所, 甘肃兰州730050;
3. 甘肃省牦牛繁育工程重点实验室, 甘肃兰州730050

出版日期:2012-08-28
通讯作者: 阎萍（1963-），女，山西运城人，研究员，博士生导师，主要从事动物遗传育种研究。
作者简介:吴晓云（1986-），男，甘肃武威人，在读硕士，主要从事动物遗传育种研究
基金资助:
国家肉牛牦牛产业技术体系（CARS-38）;公益行业农业科技专项（201003061）;中央公益性科研院所基本科研业务费（1610322009002）;青年科学基金项目（31101702）

Cloning and Bioinformatics Analysis of VEGF-A Gene in Yak

WU Xiao-yun^1,2,3, YAN Ping^2,3, LIANG Chun-nian^2,3, GUO Xian^2,3, BAO Peng-jia^2,3, PEI Jie^2,3, CHU Min^2,3, DING Xue-zhi^2,3, LIU Wen-bo^2,3, JIAO Fei^2,3, LIU Jian^2,3

1. Faculty of Animal Sci-tech Gansu Agricultural University, Lanzhou 730070;
2. Lanzhou Institute of Husbandry and Pharmaceutical Sciences of CAAS, Lanzhou 730050, China;
3. Key Laboratory of Yak Breeding Engineering, Lanzhou 730050, China

Published:2012-08-28

摘要/Abstract

摘要： 利用分子克隆技术获得了牦牛VEGF-A基因编码区序列，并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明，牦牛VEGF—A基因包含一个573bp的开放阅读框，编码190个氨基酸；其编码蛋白属于亲水性蛋白，具有明显的信号肽。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。VEGF—A基因编码产物氨基酸邻接系统树表明，牦牛VEGF—A与黄牛、绵羊和成都麻羊等物种的VEGF—A氨基酸遗传距离较近，具有高度同源性。

关键词: 牦牛, VEGF&mdash, A基因, 克隆, 生物信息学分析

Abstract: A coding region sequence of yak VEGF-A was cloned by molecular cloning technique in this study. Some characters of the VEGF-A gene and encoded protein sequences were predicted and analyzed by the methods of bioinformatics in the following aspects as the general physical and chemical properties, hydrophobicity, signal pep- tide and secondary structure. Results showed that the full-length of yak VEGF-A contains a complete ORF（573 bp） encoding 190 amino acid. The protein encoded by yak VEGF-A has obvious signal peptide,it is a hydrophilic pro- tein. The secondary structures are mainly composed of Helix and Coli. The VEGF-A and related proteins of Bos grunnien,Bos taurus,Ovis aries,Capra hircus are close in the phylogenetic tree,which showed highly homology.

Key words: Yak, VEGF-A, Cloning, Bioinformatic analysis

中图分类号:

吴晓云, 阎萍, 梁春年, 郭宪, 包鹏甲, 裴杰, 褚敏, 丁学智, 刘文博, 焦斐, 刘建. 牦牛VEGF—A基因的克隆及生物信息学分析[J]. 华北农学报, 2012, 27(4): 48-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.009.

WU Xiao-yun, YAN Ping, LIANG Chun-nian, GUO Xian, BAO Peng-jia, PEI Jie, CHU Min, DING Xue-zhi, LIU Wen-bo, JIAO Fei, LIU Jian. Cloning and Bioinformatics Analysis of VEGF-A Gene in Yak[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2012, 27(4): 48-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.04.009.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2012/V27/I4/48

参考文献

[1] 赵新全,祁得林,杨洁,等.2008.青藏高原代表性土著动物分子进化与适应研究[M].北京:科学出版社:189-190.

[2] 阎萍.牦牛养殖使用技术问答[M].兰州:甘肃民族出版社,2007:1.

[3] Matthias C. Molecular Biology of the VEGF and the VEGF Receptor Family [J]. Semin Thromb Hemost, 2000,26 : 561 - 570.

[4] Stringer S E. The role of heparan sulphate proteoglycans in angiogenesis [J]. Biochemical Society Transactions, 2006,34:451 - 453.

[5] Lohela M, Bry M,Tammela T,et al. VEGFs and receptors involved in angiogenesis versus lymphangiogenesis [J]. Current Opinion in Cell Biology,2009,21:154- 165.

[6] Bernatchez P N, Rollin S, Soker S,et al. Relative effects of VEGF-A and VEGF-C on endothelial cell proliferation, migration and PAF synthesis: Role of neuropilin-1 [J], Journal of Cellular Biochemistry,2002,85:629 - 639.

[7] Ferrara N,William Henzel J. Pituitary follicular cells se- crete a novel heparin-binding growth factor specific for vascular endothelial cells [J]. Biochem Biophys Res Com- mun,1989,161:851 - 858.

[8] Ferrara N, Gerber H, Ennifer J L. The biology of VEGF and its receptors [J]. Nature Medicine, 2003,9 : 669 - 676.

[9] Machein M R. Kullmer M D, Fiebich B L,et al. Vascular Endothelial Growth Factor Expression, Vascular Volume, and Capillary Permeability in Human Brain Tumors [J]. Neurosurgery, 1999,44:732 - 740.

[10] Xu F P,Severinghaus J W. Rat brain VEGF expression in alveolar hypoxia:possible role in high-altitude cerebral e- dema. [J]. Journal of Applied Physiology, 1997,85 : 53 - 57.

[11] Christou H, Yoshida A, Arthur V,et al. Increased vascular endothelial growth factor production in the lungs of rats with hypoxia-induced pulmonary hypertension [J]. Am J Respir Cell Mol Biol, 1998,18:768 - 76.

[12] 蔡全林.西藏绵羊、黄牛、耗牛生理指标测定[J].中国兽医杂志,1980(2):44-46.

[13] Wang D P,Li H G,Li Y J,et al. Hypoxia-inducible fac- tor l a cDNA cloning and its mRNAand protein tissue specific expression in domestic yak( Bos grunniens) from Qinghai-Tibetan plateau [J]. Biochemical and Biophysi- cal Research Communications, 2006,348 : 310 - 319.

[14] Jiang B H, Agani F, Passaniti A, et al. V-SRC induces expression of hypoxia-inducible factor 1 ( HIF-1 ) and transcription of genes encoding vascular endothelial growth factor and enolase l: involvement of HIF-1 in tumor progression[J]. Cancer research, 1997,57 ( 23 ) : 5328 -5335.

[15] Izard J W, Doughty M B, Kendall D A. Physical and conformational properties of synthetic idealized signal sequences parallel their biological function [J]. Bio- chemistry, 1995,34( 31 ) :9904 - 9912.

[16] del Pozo A M I, Laeadena J, Mancheno J M,et al. V- SRC induces expression of hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) and transcription of genes encoding vascular endothelial growth factor and enolase 1 : involvement of HIF-1 in tumor progression [J]. Cancer research, 1998, 12(3) :315 -322.

[17] 《不同海拔地区牦牛血红蛋白、肌红蛋白含量的测定》[J].家畜生态学报,2007(5).

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

牦牛VEGF—A基因的克隆及生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of VEGF-A Gene in Yak

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	金一锋, 高岩松, 王琦, 王萌萌, 赵迪, 熊毅, 陈阳. *草地早熟禾蛋白激酶SnRK2.4* 基因克隆及非生物胁迫响应分析**[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 9-15.
[2]	张冬梅, 冯亚艳, 修志君, 杨春芳, 杜美娥, 李得宙, 张笑宇. *硅酸钠诱导的马铃薯抗黑痣病StWRKY11基因克隆及生物信息学分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 194-203.
[3]	郑玉斯, 王培, 郭颖, 白丽蓉, 喻达辉, 赵森. *合浦珠母贝PfCLEC17A* 基因的克隆及表达分析**[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 230-238.
[4]	肖士奎, 李芳, 张文婷, 吕淑芳, 史国安, 吴疆, 范丙友. *芍药ACS基因的克隆及其蛋白质原核表达*[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 36-44.
[5]	侯瑞泽, 侯玉翔, 许小勇, 李璿, 李梅兰. 普通白菜CYP同源基因克隆与表达分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(5): 45-51.
[6]	吉祥, 宋志成, 韦晓玲, 杨煜, 隋炯明, 郭宝太. 马铃薯卷叶病毒与S病毒重组双CP多克隆抗体的制备[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 212-219.
[7]	王亚男, 梁岩岩, 严文培, 张银萍, 李强, 吴秀菊. *北细辛AhOMT1基因的克隆及原核表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 62-70.
[8]	程春红, 游经番, 蔡兆明, 叶春宏, 陈丽. *茎瘤芥BjuEAR1-1的克隆与表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 37-43.
[9]	唐忠丽, 逯晓楠, 赵蕊, 刘庆华, 李梅兰, 雷逢进, 许小勇. *黄皮西葫芦类胡萝卜素合成酶基因的鉴定及PSY1和LCYE2克隆分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 60-67.
[10]	张晋玉, 徐新娟, 晁毛妮, 张晓红, 吴向远, 高际涛, 黄中文. *大豆GmZAT12基因的克隆和表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 1-7.
[11]	贾志强, 许云玉, 高雪, 陶宏征, 陈增敏, 刘雅婷, 李永忠. *辣椒CaWRKY30转录因子的克隆、亚细胞定位及番茄斑萎病毒侵染下的表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 186-192.
[12]	吉颖, 孙枫, 吴淑华, 李硕, 涂丽琴, 高丹娜, 崔晓艳, 陈新, 季英华, 郭青云. 江苏大豆上分离的豇豆轻斑驳病毒基因组序列克隆及特征分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 200-205.
[13]	孙丽丽, 晋秀娟, 赵锴, Md Ashraful Islam, 卢娟, 王曙光, 孙黛珍. *小麦衰老相关基因TaSAG39的生物信息学及表达模式分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(2): 18-27.
[14]	景凡丽, 张沛沛, 苗永平, 陈涛, 刘媛, 杨德龙. *小麦TaSPP基因的克隆及表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(2): 28-34.
[15]	赵惠英, 杨光凯, 高燕, 张小军, 郝燕燕. *苹果MdSGR2基因克隆及植物超表达载体构建*[J]. 华北农学报, 2022, 37(2): 42-48.

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

牦牛VEGF—A基因的克隆及生物信息学分析

Cloning and Bioinformatics Analysis of VEGF-A Gene in Yak

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价