控制白菜叶片紫色的puR基因初步定位

doi:10.3969/j.issn.1000-7091.2013.01.009

华北农学报 ›› 2013, Vol. 28 ›› Issue (1): 49-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2013.01.009

所属专题： 白菜；生物技术；

控制白菜叶片紫色的puR基因初步定位

刘瑾^1,2, 汪维红², 张德双², 于拴仓², 张凤兰², 赵岫云², 余阳俊², 徐家炳², 卢桂香²

1．北京农学院植物科学技术学院，北京 102206;
2．北京市农林科学院蔬菜研究中心，农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室，北京 100097)

收稿日期:2012-11-16 出版日期:2013-02-28
通讯作者: 张凤兰(1964-)，女，山东莱阳人，研究员，博士，主要从事蔬菜分子育种研究。
作者简介:刘瑾(1986-)，女，山西吕梁人，在读硕士，主要从事蔬菜分子育种研究。
基金资助:
科技部“973”项目(2012CB113906);北京市科技项目(D111100001311002);国家科技支撑计划(2012BAD02B01);北京市自然科学基金项目(6092009);大宗蔬菜产业技术体系(CARS-25-A-11);北京市留学人员科技活动择优资助项目(优秀类)

PRimaRy Mapping of puR，a Gene ContRolling PuRple Leaf ColoR in BRassica Rapa

LIU Jin^1,2, WANG Wei-hong², ZHANG De-shuang², YU Shuan-cang², ZHANG Feng-lan², ZHAO Xiu-yun², YU Yang-jun², XU Jia-bing², LU Gui-xiang²

1. Plant Science and Technology College,Beijing UniveRsity of AgRicultuRe,Beijing 102206,China;

2. Beijing Vegetable ReseaRch CenteR,Beijing Academy of AgRicultuRe and FoRestRy Sciences,Key LaboRatoRy of Biology and Genetic ImpRovement of HoRticultuRal CRops(NoRth China),MinistRy of AgRicultuRe,Beijing 100097,China

Received:2012-11-16 Published:2013-02-28

摘要/Abstract

摘要： 为了定位控制白菜叶片紫色的puR基因,选用大白菜自交系09-680和紫色小白菜09N-742进行杂交构建了一个由307个单株组成的F2群体,采用群体分离分析法(Bulked segRegant analysis,BSA)构建紫色和绿色池,对分布在白菜基因组10个连锁群上的125个InDel标记和100个SSR标记进行多态筛选,其中位于A3连锁群末端的2个In-Del标记BRID10999和BRID10399与紫色性状表现连锁。连锁分析发现,2个标记与puR基因的遗传距离分别为7.3,5.7 cM,位于puR基因的同侧。在此基础上,根据这些标记所在区域的BAC序列设计了23对SSR引物,其中来源于KBRH005P10的SSR标记BVRCP10-6位于puR基因的另一侧,距离puR基因仅1.9 cM。这些标记可有效用于白菜紫色性状的分子标记辅助育种,也为进一步精细定位和克隆puR基因奠定了基础。

关键词: 大白菜, 叶片颜色, puR, 基因定位

Abstract: In oRdeR to map the puR gene contRolling puRple leaf coloR in BRassica Rapa，a F2 population including 307 individuals was constRucted by cRossed Chinese Cabbage inbRed line 09-680( gReen leaf) with non-heading Chinese Cabbage inbRed line 09N-742 ( puRple leaf) ． A bulk segRegant analysis( BSA) technology was conducted by scReening 125 PCR-based inseRtion /deletion( InDel) maRkeRs and 100 simple sequence Repeate( SSR) maRkeRs distRibuted on 10 linkage gRoups to scReen the polymoRphism between the puRple and gReen leaf pools． Of these， two In- Del maRkeRs BRID10999 and BRID10399 weRe found to be linked to the puR gene． By linkage analysis， two maRkeRs weRe located at the end of A3，at the same side of puR gene at distances of 7． 3，5 ． 7 cM， Respectively． In oRdeR to obtain tightly linked maRkeRs on both sides of puR gene， 23 SSR pRimeRs deRived fRom thRee bacteRial aRtificial chRomosome( BAC) clones weRe selected，of which one SSR maRkeR BVRCP10-6 fRom KBRH005P10 was indentified as closely linked to puR gene at a genetic distance of 1． 9 cM，at the otheR side of the puR gene． These maRkeRs could be veRy helpful foR maRkeR-assisted selection( MAS) in puRple Chinese cabbage hybRid bReeding pRogRams as well as foR fine mapping and cloning this gene．

Key words: BRassica Rapa L． , Leaf coloR, puR, Gene mapping

中图分类号:

S634．03

刘瑾, 汪维红, 张德双, 于拴仓, 张凤兰, 赵岫云, 余阳俊, 徐家炳, 卢桂香. 控制白菜叶片紫色的puR基因初步定位[J]. 华北农学报, 2013, 28(1): 49-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2013.01.009.

LIU Jin, WANG Wei-hong, ZHANG De-shuang, YU Shuan-cang, ZHANG Feng-lan, ZHAO Xiu-yun, YU Yang-jun, XU Jia-bing, LU Gui-xiang. PRimaRy Mapping of puR，a Gene ContRolling PuRple Leaf ColoR in BRassica Rapa[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2013, 28(1): 49-53. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2013.01.009.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2013/V28/I1/49

参考文献

[1] 孙日飞，张淑江，章时蕃，等．紫红色大白菜种质的创新研究[J]．园艺学报， 2006， 33( 5) : 1032．

[2] Anna R，Renato C N，Daniela V， et al． Modification of glass tRansition tempeRatuRe thRough caRbohydRates addition and anthocyanin and soluble phenol stability of fRozen bluebeRRy juices[J]． Food Eng， 2003， 56( 2 - 3) : 229 - 231．

[3] Almeida J R，D'amico E，PReuss A， et al． ChaRacteRization of majoRenzymes and genes involved in flavonoid and pRoanthocyanidin biosynthesis duRing fRuit development in stRawbeRRy( FRagaRia ananassa) [J]． ARch Biochem Biophys， 2007， 465( 1) : 61 - 71．

[4] 张德双，张凤兰，余阳俊，等．紫色大白菜育种思路初探[J]．长江蔬菜， 2008， 11b: 14 - 17．

[5] Yuan Y X，Chiu L W，Li L． TRanscRiptional Regulation of anthocyanin biosynthesis in Red cabbage [J]． Planta， 2009， 230: 1141 - 1153．

[6] 张德双，张凤兰，余阳俊，等．紫色大白菜育种材料的创造[J]．长江蔬菜， 2007， 11: 52 - 53．

[7] 郁有健，张耀伟，张德双．大白菜紫色性状的SRAP 连锁标记的筛选[J]．分子植物育种，2009，7( 3) : 573 - 578．

[8] 张德双，陈斌，张凤兰，等．一种紫色大白菜细胞质不育系的分子鉴定[J]．华北农学报， 2009， 24( 3) : 174 - 178．

[9] 张明科，张鲁刚，巩振辉，等．白菜紫色性状RAPD 连锁标记的筛选与染色体定位研究[J]．西北植物学报， 2008， 28( 5) : 901 - 906．

[10] Hayashi K，Matsumoto S，Tsukazaki H， et al． Mapping of a novel locus Regulating anthocyanin pigmentation in BRassica Rapa[J]． BReeding Science， 2010， 60: 76 - 80．

[11] 张德双，张凤兰，赵岫云，等．大白菜( 大白菜× 紫色小白菜) 叶片紫色性状的遗传分析[J]．中国蔬菜， 2011，2 : 36 - 38．

[12] Wang X，Wang H Z，Wang J， et al． The genome of the mesopolyploid cRop species BRassica Rapa[J]． NatuRe Genetics， 2011， 43， 1035 - 1039．

[13] Suwabe K，Iketani H，Nunome T，et al． Isolation and chaRacteRization of micRosatellites in BRassica Rapa L．
[J]． TheoR Appl Genet， 2002， 104: 1092 - 1098．

[14] Suwabe K，Tsukazaki H，Iketani H，et al． SSR-based compaRative genomics between BRassica Rapa and ARabidopsis thaliana: the genetic oRigin of clubRoot Resistance
[J]． Genetics， 2006， 173: 309 - 319．

[15] Van Ooijen J W，VooRRips R E． JoinMap_3． 0，SoftwaRe foR the calculation of genetic linkage maps[Z]． Plant ReseaRch InteRnational，Wageningen，the NetheRlands， 2001．

[16] Kosambi D D． The estimation of map distances fRom Recombination values[J]． Ann Eugen，1944，12: 172 - 175．

[17] VooRRips R E． MapChaRt， softwaRe foR the gRaphical pResentation of linkage maps and QTLs[J]． J HeRed，2002， 93: 77 - 78．

[18] Wang Y，Sun S L，Liu B， et al． A sequence-based genetic linkage map as a RefeRencefoR BRassica Rapa pseudochRomosome assembly[J]． BMC Genomics， 2011， 12: 239．

[19] Yang T J，Kim J S，Lim K B， et al． The KoRea BRassica Genome PRoject: A glimpse of the BRassica genome based on compaRative genome analysis with ARabidopsis[J]． CompaRative and Functional Genomics，2005，6: 138 - 146．

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

控制白菜叶片紫色的puR基因初步定位

PRimaRy Mapping of puR，a Gene ContRolling PuRple Leaf ColoR in BRassica Rapa

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	魏吉平, 代航, 李振勇, 丁紫苏, 唐凌, 栾鑫, 柯善文, 张向前. *水稻叶早衰突变体osles3的基因定位及其生物信息学分析*[J]. 华北农学报, 2021, 36(6): 45-53.
[2]	董丽, 石海春, 赵长云, 余学杰, 柯永培. 玉米矮秆突变体K718d的遗传鉴定[J]. 华北农学报, 2021, 36(6): 71-77.
[3]	张红, 徐莹莉, 王超楠, 黄志银, 范伟强, 李梅, 张斌. 大白菜抗干烧心病分子标记的开发与验证[J]. 华北农学报, 2021, 36(6): 195-203.
[4]	刘晓东, 李海山, 孟川, 王玉海, 吴芳, 牟金贵, 马俊贤, 王明秋. 一种大白菜新型甘蓝型油菜CMS快速鉴定方法及应用[J]. 华北农学报, 2020, 35(5): 26-31.
[5]	石海春, 陈立, 李开兵, 余学杰, 袁继超, 曲比伍合, 柯永培. 玉米矮秆突变体K125d的遗传鉴定[J]. 华北农学报, 2020, 35(1): 65-72.
[6]	陈亚男, 吕晓惠, 丁谦, 郑晗, 杨宁, 宋晴晴, 王俊峰, 李景娟, 高建伟. 大白菜对氮素响应的基因型差异及相关特征分析[J]. 华北农学报, 2020, 35(1): 131-140.
[7]	苏建辉, 张乐强, 王汝颖, 王彦华, 张巍巍, 马聪, 轩淑欣, 申书兴. 大白菜-结球甘蓝易位系外源染色体区段基因标记的开发与应用[J]. 华北农学报, 2019, 34(3): 89-95.
[8]	王超楠, 张斌, 张红, 温娟娟, 王涛. 大白菜抗根肿病基因定位及连锁标记挖掘[J]. 华北农学报, 2019, 34(3): 203-208.
[9]	温娟娟, 王超楠, 华德平, 张红, 徐营莉, 张斌. 不同大白菜材料对根肿菌生理小种的抗性反应及抗病位点检测[J]. 华北农学报, 2019, 34(2): 103-109.
[10]	崔菲菲, 孟川, 王彦华, 赵建军, 陈雪平, 申书兴, 顾爱侠. 大白菜-结球甘蓝易位系实时荧光定量PCR内参基因的筛选[J]. 华北农学报, 2018, 33(5): 60-67.
[11]	张德双, 赵泓, 张凤兰, 余阳俊, 赵岫云, 于拴仓, 汪维红, 苏同兵, 卢桂香. 新型紫色大白菜15NG28后代的鉴别及其转录组分析[J]. 华北农学报, 2017, 32(6): 14-24.
[12]	王涛, 王超楠, 张红, 温娟娟, 张斌. 大白菜基因组DNA快速提取方法的研究[J]. 华北农学报, 2017, 32(6): 67-72.
[13]	张红, 张斌, 闻凤英, 刘晓晖, 王超楠, 李梅, 黄志银. 大白菜根肿病的遗传规律及抗病基因定位研究[J]. 华北农学报, 2017, 32(4): 60-66.
[14]	邹金财, 张维林, 夏明辉, 邱洋松, 王长春, 杨玲, 张小明. *水稻阶段性温敏白化转绿突变体stgra254的特征和基因定位*[J]. 华北农学报, 2017, 32(3): 1-6.
[15]	金秀卿, 张斌, 李梅, 闻凤英, 刘晓晖, 王超楠, 黄志银. 大白菜干烧心病抗性QTL定位研究[J]. 华北农学报, 2017, 32(1): 36-40.

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

控制白菜叶片紫色的puR基因初步定位

PRimaRy Mapping of puR，a Gene ContRolling PuRple Leaf ColoR in BRassica Rapa

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价