基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

doi:10.7668/hbnxb.2011.02.019

华北农学报 ›› 2011, Vol. 26 ›› Issue (2): 85-89. doi: 10.7668/hbnxb.2011.02.019

所属专题： 西瓜；

基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

包文风, 王吉明, 尚建立, 马双武

中国农业科学院郑州果树研究所, 河南郑州, 450009

收稿日期:2010-11-10 出版日期:2011-04-28
作者简介:包文风(1983-),男,安徽芜湖人,在读硕士,主要从事西瓜甜瓜种质资源研究.
基金资助:
农业部作物种质资源保护项目(NB08-2130135-44);国家科技基础条件平台项目(2005DKA21001-23)

EST-SSR Information Analysis and Markers Development in Watermelon Based on Public Databases

BAO Wen-feng, WANG Ji-ming, SHANG Jian-li, MA Shuang-wu

Zhengzhou Fruit Research Institute, Chinese Academy of Agriculture Sciences, Zhengzhou 450009, China

Received:2010-11-10 Published:2011-04-28

摘要/Abstract

摘要： 为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1⁄19.1kb.其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG⁄TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%).基序重复次数以4次(17.8%)、7次(1.3%)和11次(14.9%)为最多.长度主要分布在20～30 bp(76%).利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%.结果表明:利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法.

关键词: 西瓜, EST, EST-SSR, 引物

Abstract: In order to explore a new co.dominant molecular markers to study the genetic basic research in watermel· on.We analysed a total of 8 619 watermelon ESrrs from GenBank and sought out 202 SSR contained in 191 EST se· quences.The frequency of the SSRs was 2.31%and mean the distribution density was 1/19.1 kb in watermelon.The dominant repeat motifs were dinucleotide and trinucleotide.AG/TG was the most repeat type in dinucleotide(46%)and AAG was the most repeat type in trinucleotide(43%).卟e most motif repeat times were 4(17.8%),7(15.3%)and 11 (14.9%).The length was mainly distributed between 20 to 30 bp.We obtained 24 primer pairs from 202 EST-SSRs in watermelon.Then utilized albino lethal near.isogenic lines of watermelon for verify these primers.We obtained 16 effecrive amplified primer pairs.accouting for 66.7%of the total number of designed primer pairs.The results suggest that use of public EST databases to develop EST.SSR primers of watermelon areeffective method.

Key words: Watermelon, EST, EST-SSR, Primer

中图分类号:

包文风, 王吉明, 尚建立, 马双武. 基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发[J]. 华北农学报, 2011, 26(2): 85-89. doi: 10.7668/hbnxb.2011.02.019.

BAO Wen-feng, WANG Ji-ming, SHANG Jian-li, MA Shuang-wu. EST-SSR Information Analysis and Markers Development in Watermelon Based on Public Databases[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2011, 26(2): 85-89. doi: 10.7668/hbnxb.2011.02.019.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2011/V26/I2/85

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