一种简单高质量的黄伞菌总RNA分离提取方法

doi:10.7668/hbnxb.2016.S1.013

华北农学报 ›› 2016, Vol. 31 ›› Issue (S1): 75-79. doi: 10.7668/hbnxb.2016.S1.013

• 作物遗传育种·种质资源·生物技术 • 上一篇下一篇

一种简单高质量的黄伞菌总RNA分离提取方法

郭陈刚¹, 李顺国², 魏志敏², 夏雪岩²

1. 德州学院, 山东德州 253023;
2. 河北省农林科学院谷子研究所, 河北石家庄 050035

收稿日期:2016-09-28 出版日期:2016-12-28
通讯作者: 魏志敏(1974-),男,北京人,助理研究员,硕士,主要从事作物栽培研究;夏雪岩(1978-),女,河北故城人,副研究员,硕士,主要从事谷子栽培研究。
作者简介:郭陈刚(1978-),男,山西洪洞人,讲师,博士,主要从事生物化学分离分析研究。
基金资助:
山东省教育厅高等学校科研计划项目（J16LE10）

A Simple and High Quality of Total RNA Extraction Method for Pholiota adiposa

GUO Chengang¹, LI Shunguo², WEI Zhimin², XIA Xueyan²

1. Dezhou University, Dezhou 253023, China;
2. Institude of Millet Crops, Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Shijiazhuang 050035, China

Received:2016-09-28 Published:2016-12-28

摘要/Abstract

摘要： 为了从转录组水平研究黄伞菌的抗肿瘤等药用价值，需要提取分离得到高纯度、高质量的黄伞菌RNA样品。利用液氮研磨TRIzol一步法提取黄伞菌总RNA，并且对经过和未经液氮研磨的黄伞菌RNA提取产物进行了质量检测和统计对比分析。检测结果显示，经液氮研磨样品RNA浓度远远高于未经研磨样品，OD_260/280都约等于2，说明其纯度很高。同时，3个重复样品25S和18S亚基条带荧光强度比值分别为1.8，1.9，1.9，接近于2，证明RNA完整性较好，Agilent 2100的RIN值检测结果分别为9.1，8.7，9.3，均远大于6.8标准，进一步佐证了其完整性。所以，液氮研磨TRIzol一步法是非常适用于黄伞菌总RNA高质量提取的简单且高效的方法。

关键词: RNA分离, 黄伞菌, RNA-seq, 抗肿瘤

Abstract: Analyzing the function of RNA via RNA-seq technique is a hotspot research currently.In order to study the medicinal value of Pholiota adiposa,such as antitumor mechanism research,on the level of the transcriptome,one need extraction and separation of high purity,high quality Pholiota adiposa RNA samples. This research utilize TRIzol one-step method with liquid nitrogen grinding to extract Pholiota adiposa total RNA.Subsequently,one compared differences of the product between with our method and without. Following,the results are evaluated and processed statistical analysis. Results showed the extracted RNA concentration of the samples via our method was far higher than that without and display a high purity(OD_260/280=2). At the same time,agarose electrophoresis experiment exhibited that all fluorescence intensity of three samples was approximately equal to 2,respectively 1.8,1.9,1.9,and all RIN value of three samples via Agilent 2100 are further greater than the standard of 6.8,respectively 9.1,8.7,9.3,indicating that the extracted RNA products have perfect integrity. As a result,TRIzol one-step method with nitrogen grinding is a simple,efficient way and very suitable for extracting the total RNA of Pholiota adiposa.

Key words: RNA separation, Pholiota adiposa, RNA-seq, Antineoplastic

中图分类号:

Q78
S646.03

郭陈刚, 李顺国, 魏志敏, 夏雪岩. 一种简单高质量的黄伞菌总RNA分离提取方法[J]. 华北农学报, 2016, 31(S1): 75-79. doi: 10.7668/hbnxb.2016.S1.013.

GUO Chengang, LI Shunguo, WEI Zhimin, XIA Xueyan. A Simple and High Quality of Total RNA Extraction Method for Pholiota adiposa[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2016, 31(S1): 75-79. doi: 10.7668/hbnxb.2016.S1.013.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2016/V31/IS1/75

参考文献

[1] 张剑斌,徐连峰,董希文,等. 黄伞的生物学特性及人工驯化栽培技术[J]. 防护林科技,2000(4):67-68.
[2] 图力古尔,宋超,盖宇鹏. 多脂鳞伞(Pholiotaadiposa)子实体个体发育[J]. 食用菌学报,2011,18(2):20-23.
[3] 赵洪斌,邹向英. 黄伞人工栽培复因子优化试验[J]. 滨州职业学院学报,2008(1):69-71.
[4] 杨立红,黄清荣,冯培勇,等. 黄伞菌丝体多糖的分离鉴定及其抗氧化性研究[J]. 食品科学,2009,30(23):131-134.
[5] 褚学英. 黄伞蛋白质的营养评价[J]. 南阳师范学院学报,2006,5(3):57-58,105.
[6] 沈亮,邢建新,曾强成,等. 德州地区野生黄伞菌种分离及发酵条件的初步研究[J]. 云南农业大学学报:自然科学版,2011,26(3):303-306.
[7] 惠丰立,魏明卉,吉士东,等. 黄伞深层发酵菌丝体与子实体蛋白质的营养评价[J]. 菌物学报,2004,23(2):270-274.
[8] 姜华,黄清荣,臧丽丽,等. 黄伞菌丝蛋白质营养价值评价[J]. 菌物学报,2005,24(3):441-445.
[9] 王晓岩. 黄伞化学成分及药理活性研究[D]. 长春:吉林农业大学,2015.
[10] De Silva D D,Rapior S,Fons F,et al. Medicinal mushrooms in supportive cancer therapies:an approach to anti-cancer effects and putative mechanisms of action[J]. Fungal Diversity,2012,55(1):1-35.
[11] Hirazumi A,Furusawa E. An immunomodulatory polysaccharide-rich substance from the fruit juice of Morindacitrifolia (noni)with antitumour activity[J]. Phytotherapy Research,1999,13(5):380-387.
[12] 苏延友,康莉,杨志孝,等. 黄伞多糖的提取及对小鼠腹腔巨噬细胞的激活效应研究[J]. 泰山医学院学报,2004,25(1):9-11.
[13] 李德海,王志强,孙常雁,等. 黄伞子实体多糖的初步纯化及降血脂研究[J]. 食品科学,2010,31(9):268-271.
[14] 李德海,孙常雁,王占斌,等. 黄伞子实体多糖的提取及免疫功能[J]. 东北林业大学学报,2010,38(11):115-118.
[15] 杨立红,黄清荣,冯培勇,等. 黄伞菌丝体多糖的分离鉴定及其抗氧化性研究[J]. 食品科学,2009,30(23):131-134.
[16] Dulger B. Antimicrobial activity of the macrofungusPholiotaadiposa[J].Fitoterapia,2004,75(3/4):395-397.
[17] 兰道亮,熊显荣,位艳丽,等. 基于RNA-Seq高通量测序技术的牦牛卵巢转录组研究:进一步完善牦牛基因结构及挖掘与繁殖相关新基因[J]. 中国科学:生命科学,2014(3):307-317.
[18] Wilhelm B T,Marguerat S,Watt S,et al. Dynamic repertoire of a eukaryotic transcriptome surveyed at single-nucleotide resolution[J]. Nature,2008,453(7199):1239-1243.
[19] Wang X W,Luan J B,Li J M,et al. De novo characterization of a whitefly transcriptome and analysis of its gene expression during development[J]. BMC Genomics,2010,11(1):400.
[20] Xiang L X,He D,Dong W R,et al. Deep sequencing-based transcriptome profiling analysis of bacteria-challenged Lateolabrax japonicus reveals insight into the immune-relevant genes in Marine fish[J]. BMC Genomics,2010,11(1):472.
[21] Nagalakshmi U,Wang Z,Waern K,et al. The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing[J]. Science(New York,N.Y.),2008,320(5881):1344-1349.
[22] Wang Z,Gerstein M,Snyder M. RNA-Seq:a revolutionary tool for transcriptomics[J]. Nature Reviews Genetics,2009,10(1):57-63.
[23] Spizzo R,Almeida M I,Colombatti A,et al. Long non-coding RNAs and cancer:a new frontier of translational research?[J]. Oncogene,2012,31(43):4577-4587.
[24] Derrien T,Johnson R,Bussotti G,et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs:analysis of their gene structure,evolution,and expression[J]. Genome Research,2012,22(9):1775-1789.
[25] 任增凯,禹山林,杨庆利,等. 花生种子总RNA提取的一种有效方法[J]. 花生学报,2008,37(3):20-23.
[26] 邹晓蕾,刘礼崔,罗立新. 细菌总RNA提取方法的比较[J]. 现代食品科技,2013(8):1948-1954.
[27] 刘建,沈元月. 草莓不同组织RNA提取方法的改良研究[J]. 北京农学院学报,2014,29(2):9-11.
[28] 王杰,王全,田娜,等. 不同植物组织RNA提取方法的比较分析[J]. 北京农学院学报,,2015,30(1):76-80
[29] 王艳,高疆生,金强,等. 不同RNA提取方法在南疆特色果树上的应用[J]. 新疆农业科学,2015,52(3):461-466.
[30] 魏琦琦,冯延芝,林青.适于转录组测序的枣不同器官总RNA提取方法筛选[J]. 经济林研究,2015,33(2):63-67
[31] 袁明珠,温柔,刘吉升,等. 几种植物材料中总RNA的提取[J]. 分子植物育种,2005,3(2):285-292.

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

一种简单高质量的黄伞菌总RNA分离提取方法

A Simple and High Quality of Total RNA Extraction Method for Pholiota adiposa

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 4

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	安清明, 王星, 吴震洋, 孟金柱, 赵园园, 宋兴超. 基于转录组挖掘不同性别贵州白山羊肌肉生长发育的关键基因及PI3K/ATK信号通路分析[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 213-222.
[2]	龙熙, 赵久刚, 柴捷, 潘红梅, 张亮, 张廷焕. 荣昌猪、长白猪先天免疫候选基因筛选[J]. 华北农学报, 2021, 36(S1): 373-380.
[3]	张自阳, 王斌, 王智煜, 王志伟, 朱启迪, 茹振钢, 刘明久. 雌雄蕊原基分化期低温胁迫下2个小麦品种幼穗miRNA表达谱分析[J]. 华北农学报, 2021, 36(1): 81-94.
[4]	王继玥, 余庭跃, 张采波. 玉米转录组学研究进展[J]. 华北农学报, 2014, 29(S1): 10-15.

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

一种简单高质量的黄伞菌总RNA分离提取方法

A Simple and High Quality of Total RNA Extraction Method for Pholiota adiposa

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 4

编辑推荐

Metrics

本文评价