葡萄microRNA的计算识别

doi:10.7668/hbnxb.2008.S2.049

华北农学报 ›› 2008, Vol. 23 ›› Issue (S2): 213-216. doi: 10.7668/hbnxb.2008.S2.049

所属专题： 葡萄；

葡萄microRNA的计算识别

蔡斌¹, 李成慧², 彭日荷³, 熊爱生³, 高峰³, 姚泉洪³, 章镇⁴

1. 南京农业大学, 园艺学院, 江苏, 南京, 210095;上海市农业科学院生物技术研究所, 上海, 201106;
2. 苏州农业职业技术学院, 江苏, 苏州, 215008;
3. 上海市农业科学院生物技术研究所, 上海, 201106;
4. 南京农业大学, 园艺学院, 江苏, 南京, 210095

收稿日期:2008-09-05 出版日期:2008-12-31
通讯作者: 章镇( 1947- ), 男, 教授, 主要从事果树生物技术与分子生物学研究。
作者简介:蔡斌(1977-),男,在读博士,主要从事园艺植物基因工程与生物信息学研究.
基金资助:
上海市科委基础研究重大项目(06DZ19103);国家自然科学基金(30670179)项目;国家“863”项目(2006AA06Z358)

Computational Identification of Novel microRNAs in Grape

CAI Bin¹, LI Cheng-hui², PENG Ri-he³, XIONG Ai-sheng³, GAO Feng³, YAO Quan-hong³, ZHANG Zhen⁴

1. College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China;
2. Suzhou Polytechnic Institute of Agriculture, Suzhou 215008, China;
3. Biotechnology Research Institute of Shanghai Academy of Agriculture Sciences, Shanghai 201106, China

Received:2008-09-05 Published:2008-12-31

摘要/Abstract

摘要： 利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA(microRNA)的各种特征,设计miRNA预测程序-MirFinder,从葡萄全基因组范围中预测出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对这146条miRNA进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21家族,其中8个家族之前未在葡萄中报道过,为葡萄中新发现的miRNA家族,共有20个miRNA。根据植物miRNA和其靶基因间存在较高的序列互补性,预测新miRNA家族的靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。

关键词: 葡萄基因组, microRNA, 生物信息学

Abstract: microRNAs ( miRNAs) represent a new family of non-protein-coding small RNAs ( 20- 25nt ) that functionby degrading targeted mRNAs or repressing mRNA translation. Here we developed a program-MirFinder for predictionof grape miRNAs.The characteristic features of known plant miRNAs were used as criteria to search for miRNAs. Aftersearching the grape genome, MirFinder ident ified 146 miRNAs, of which 98 miRNAs were the same as known miRNAsand 48 are new ident ified miRNAs.The 48 miRNAs were classified into 21 families, of which 8 families are newly identified in grape. A total of 15 potential targets were identified for 6 of the 8 new miRNA families based on the fact that miRNAs exhibit perfect or nearly perfect complementarity with their target sequences

Key words: Grape genome, microRNA, Bioinformat ics

中图分类号:

S663.1

蔡斌, 李成慧, 彭日荷, 熊爱生, 高峰, 姚泉洪, 章镇. 葡萄microRNA的计算识别[J]. 华北农学报, 2008, 23(S2): 213-216. doi: 10.7668/hbnxb.2008.S2.049.

CAI Bin, LI Cheng-hui, PENG Ri-he, XIONG Ai-sheng, GAO Feng, YAO Quan-hong, ZHANG Zhen. Computational Identification of Novel microRNAs in Grape[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2008, 23(S2): 213-216. doi: 10.7668/hbnxb.2008.S2.049.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2008/V23/IS2/213

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