芒果<em>CCR</em>基因的克隆及其序列分析

doi:10.7668/hbnxb.2014.S1.004

华北农学报 ›› 2014, Vol. 29 ›› Issue (S1): 16-19. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.004

所属专题： 生物技术；

芒果CCR基因的克隆及其序列分析

张宇¹, 张波^2,3, 赵志常², 高爱平², 陈业渊², 黄建峰², 党志国², 罗睿雄²

1. 海南大学应用科技学院, 海南儋州 571737;
2. 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所, 农业部华南作物基因资源与种质创制重点开发实验室, 海南儋州 571737;
3. 海南大学农学院, 海南海口 570228

收稿日期:2014-09-28 出版日期:2014-12-28
通讯作者: 赵志常(1977-),男,山东烟台人,副研究员,博士,主要从事热带果树遗传育种与分子生物学研究。
作者简介:张宇(1991-),男,山东菏泽人,在读硕士,主要从事热带果树的育种研究。
基金资助:
农业部非营利性科研机构改革启动经费(CATAS,PZS-201225;CATAS-TCGRI,1630032013003;1630032014025)

Cloning and Sequence Analysis of CCR Gene from Mango

ZHANG Yu¹, ZHANG Bo^2,3, ZHAO Zhi-chang², GAO Ai-ping², CHEN Ye-yuan², HUANG Jian-feng², DANG Zhi-guo², LUO Rui-xiong²

1. College of Applied Science and Technology of Hainan University, Danzhou 571737, China;
2. Tropical Crops Genetic Resources Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Key Laboratory of Crop Gene Resources and Germplasm Enhancement in Southern China, Danzhou 571737, China;
3. College of Agriculture, Hainan University, Haikou 570228, China

Received:2014-09-28 Published:2014-12-28

摘要/Abstract

摘要： 为了研究芒果CCR基因在芒果对芒果树抗性的功能。采用传统的RT-PCR和RACE方法从芒果的枝梢中克隆得到了1个参与木质素生物合成的肉桂酰辅酶-A还原酶基因(CCR)的全长cDNA序列,进而对得到的序列采用TMHMM、DNAMAN 等软件进行生物信息学分析,发现芒果CCR 基因包含编码区、3'和5'非翻译区的长度为1 292 bp 的cDNA序列,编码305个氨基酸;对跨膜结构域进行了预测,发现该基因无跨膜结构域;蛋白二级结构元件以无规则卷曲和β-螺旋为主;聚类分析发现,该基因与美洲山杨木、油茶等植物的亲缘关系较近,而与百合、橡胶树等亲缘关系较远。从芒果中克隆得到了一个CCR基因,并对其生物信息学进行了分析,为后续转基因工作打下了基础。

关键词: 芒果, 肉桂酰辅酶A还原酶, 基因克隆, 序列分析

Abstract: In order to study the resistance function of mango of a cinnamoy-CoA reducase (CCR) gene.CCR was cloned from mango with 3'RACE and 5'RACE method.The characteristics of cDNA sequence was analyzed by software such as DNAMAN,TMHMM.The bioinformatics analysis on the obtained sequence was showed:CCR gene of mango contains coding region,3'and 5'untranslated region of length cDNA sequence of 1 292 bp,encoding 305 amino acid.The gene without transmembrance by transmembrance domains predicted.The secondary structure of CCR protein had random coil and beta helix.It was found that the gene encoding for the protein had close relationship with American aspen wood,oil-tea camellia,other distantly relationship with lily,and rubber tree through phylogenetic analysis.The CCR gene was cloned from mango and the bioinformatics analysis,laid the groundwork for the follow-up work of transgenic.

Key words: Mango, Cinnamoyl-CoA reductase (CCR), Gene cloning, Sequence analysis

中图分类号:

Q78
S667.7

张宇, 张波, 赵志常, 高爱平, 陈业渊, 黄建峰, 党志国, 罗睿雄. 芒果CCR基因的克隆及其序列分析[J]. 华北农学报, 2014, 29(S1): 16-19. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.004.

ZHANG Yu, ZHANG Bo, ZHAO Zhi-chang, GAO Ai-ping, CHEN Ye-yuan, HUANG Jian-feng, DANG Zhi-guo, LUO Rui-xiong. Cloning and Sequence Analysis of CCR Gene from Mango[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2014, 29(S1): 16-19. doi: 10.7668/hbnxb.2014.S1.004.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2014/V29/IS1/16

参考文献

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