江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT－PCR分析和快速检测

doi:10.7668/hbnxb.2008.06.020

华北农学报 ›› 2008, Vol. 23 ›› Issue (6): 87-92. doi: 10.7668/hbnxb.2008.06.020

所属专题： 水稻；植物保护；

江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT－PCR分析和快速检测

杨杰¹, 王军¹, 周彤², 陈志德¹, 仲维功¹

1. 江苏省农业科学院, 粮食作物研究所, 江苏, 南京, 210014;
2. 江苏省农业科学院, 植物保护研究所, 江苏, 南京, 210014

收稿日期:2008-07-21 出版日期:2008-12-28
通讯作者: 仲维功(1954－)，男，江苏兴化人，研究员，主要从事水稻遗传育种研究。
作者简介:杨杰(1969－)，男，四川南部人，博士，副研究员，主要从事水稻遗传育种研究。
基金资助:
国家科技支撑计划重大项目(2006BADO2A03)；江苏省自然科学基金项目(BK2006159)；江苏省农业科技自主创新基金项目(CX[07]603)；江苏省农业科学院基金项目(6110703；6510806)

Detecting and Analysis of Rice Black Stripe Dwarf Virus(RBSDV)on Rice in Jiangsu Province with RT-PCR

YANG Jie¹, WANG Jun¹, ZHOU Tong², CHEN Zhi-de¹, ZHONG Wei-gong¹

1. Institute of Food Crops, Jiangsu Academy of Agriculture Sciences, Nanjing 210014, China;
2. Institute of Plant Protection, Jiangsu Academy of Agriculture Sciences, Nanjing 210014, China

Received:2008-07-21 Published:2008-12-28

摘要/Abstract

摘要： 为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病，采用RT－PCR和序列测定方法对其病原进行了精确鉴定。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息，设计扩增RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及核心蛋白基因部分编码区的4对引物，提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总RNA并进行RT－PCR扩增，可以在感病植株中分别扩增出水稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带，测序结果表明，来源于江苏南京的分离物的4个基因部分编码片段与已登录的对应基因片段核苷酸序列同源性达99% 以上，共发现7个碱基的突变。经生物信息学分析发现7个单碱基突变都是同义突变，氨基酸序列没有改变。根据以上结果确认该病病原为水稻黑条矮缩病病毒。利用该方法可以对水稻和其他寄主进行早期病毒检测。

关键词: 水稻黑条矮缩病, RT－PCR, 病毒检测

Abstract: To determine the pathogen of rice dwarf disease which has caused yield loss in Jiangsu Province in recent years was caused by rice black stripe dwarf virus(RBSDV).Four pairs of primers to amplify RNA dependent RNA polymerase and the coat protein and core protein and silencing suppressor of RBSDV were designed.Four bands with about 200 bp to 300 bp were obtained in infected rice plants by RTM-PCR,respectively.The separate segment was ligated top GEM-T-easy vector,then sequenced with M13 primers.Their identities to rice black-streaked dwarf virus were higher than 99 % and seven synonymous substitution were found.The results showed that the virus which causes rice dwarf disease in Jiangsu is RBSDV.The identification of RBSDV in the small brown planthopper(Laodelphax striatellus),rice and other host plants is of great importance for the disease forecasting.This approach can be used for early detection of RBS-DV in infected rice and other host plants.

Key words: Rice black stripe dwarf virus disease, RT-PCR, Virus detection

中图分类号:

S432.4+1

杨杰, 王军, 周彤, 陈志德, 仲维功. 江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT－PCR分析和快速检测[J]. 华北农学报, 2008, 23(6): 87-92. doi: 10.7668/hbnxb.2008.06.020.

YANG Jie, WANG Jun, ZHOU Tong, CHEN Zhi-de, ZHONG Wei-gong. Detecting and Analysis of Rice Black Stripe Dwarf Virus(RBSDV)on Rice in Jiangsu Province with RT-PCR[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2008, 23(6): 87-92. doi: 10.7668/hbnxb.2008.06.020.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2008/V23/I6/87

参考文献

[1] Van Regenmortel M H V,Fauquet C M,Bishop D H L,et al.Virus Taxonomy:Seventh Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses[M].New York:Springer,2000:395-398;455-462.
[2] Marzachi C M,d′Aquilio S A M,Boccardo G.The double-stranded RNA genome of maize tough dwarf fiji virus contains both mono and dicistronic segment[J].Eur J Plant Pathol,1996,102:601-605.
[3] Zhang H M,Chen J P,Adams M J.Molecular characterization of segments 1 to 6 of rice black-streaked dwarf virus from China provides the complete genome[J].Arch Virol,2001,146:2331-2339.
[4] Sogai M,Uyeda I,Lee B C,et al.Detection and assignment of proteins encoded by rice black streaked dwarf fiji virus S7,S8,S9 and S10[J].J Gen Virol,1998,79:1487-1494.
[5] Liu Huijun,Wei Chunhong,Zhong Yongwang,et al.Rice black-streaked dwarf virus outer capsid protein P10 has self-interactions and forms oligomeric complexes in solution[J].Virus Research,2007,127(1):34-42.
[6] Liu Huijun,Wei Chunhong,Zhong Yongwang,et al.Rice black-streaked dwarf virus minor core protein P8 is a nucLear dimeric protein and represses transcription in tobacco protoplasts[J].FEBS Letters,2007,581(13):2534-2540.
[7] 张凌娣,王朝辉,王献兵,等.两种植物病毒编码蛋白的基因沉默抑制子功能鉴定[J].科学通报,2005,50(3):219-224.
[8] 方守国,王朝辉,韩成贵,等.水稻黑条矮缩病毒基因组片段6编码一种非结构蛋白[J].华北农学报,2007,22(6):5-8.
[9] 张恒木,陈剑平,薛庆中,等.水稻黑条矮缩病毒基因组片段S10 的cDNA克隆及全序列分析[J].中国水稻科学,2002,16(1):24-28.
[10] 孙丽英,徐佳凌,方守国.水稻黑条矮缩病毒玉米分离物基因组S9和S9的序列分析及其原核表达[J].农业生物技术学报,2004,12(3):306-311.
[11] 阮义理,陈声祥,林瑞芬,等.水稻黑条矮缩病的研究[J].浙江农业科学,1984(4):185-187.
[12] 陈声样,余舰斌,秦文胜,等.温州市郊水稻矮化病研究[J].中国病毒学,1993,8(4):373-378.
[13] 陈声祥,洪健,吕永平,等.RBSDV在玉米叶脉细胞内的侵染状态与灰飞虱传毒活力的关系[J].中国病毒学,2004,19(2):153-157.
[14] 陈声样,张巧艳.我国水稻黑条矮缩病和玉米粗缩病研究进展[J].植物保护学报,2005,32(1):97-102.
[15] 王华弟,祝增荣,陈剑平,等.水稻黑条矮缩病发生流行规律、监测预警与防控关键技术[J].浙江农业学报,2007,19(3):141-146.
[16] 陈巽祯,杨满昌,刘信义,等.玉米粗缩病发病规律及综合防治研究[J].华北农学报,1986,1(2):90-97.
[17] 苗洪芹,杨彦杰,李双月,等.玉米粗缩病毒的传毒介体灰飞虱的虫量、不同播期对玉米粗缩病的影响[J].华北农学报,2001,16(2):104-107.
[18] Fang S G,Yu J L,Feng J D,et al.Identification of rice black-streaked dwarf Fiji virus in maize with rough dwarf disease in China[J].Arch Virol,2001,146:167-170.
[19] Zhang H M,Cheng J P,Lei J L,et al.Sequence analysis shows that a dwarfing disease on rice,wheat and maize in China is caused by rice black-streaked dwarf virus[J].Eur J Plant Pathol,2001,107:563-567.
[20] Azuhata F,Uyeda I,Kim ura I,et al.Close similarity between genome structures of rice black-streaked dwarf virus and maize rough dwarf virus[J].J Gen Virol,1993,74:1227-1232.
[21] Marzachi C M,Boccardo G,Nuse D.Cloning of the maize rough dwarf virus genome:Molecular confirmation of the plant-reovirus classification scheme and identification of two large nonoverlapping coding domains with a single genomic segment[J].Virology,1991,180:518-526.
[22] Cai Lijun,Ma Xizhi,Kang Lin,et al.Detecting rice stripe virus(RSV)in the small brown planthopper(Laodelphax striatellus)with high specificity by RT-PCR[J].Journal of Virological Methods,2003,112:115-120.
[23] Wang Zhao-hui,Fang Shou-guo,Zhang Zhi-yan,et al.Development of an ID-ELISA for the detection of rice black-streaked dwarf virus in plants[J].Journal of Virological Methods,2006,134:61-65.
[24] 陈玲玲,彭贵子,张伟丽,等.突变在基因组进化中的意义[J].遗传,2006,28(5):631-638.
[25] 张大鹏,王进,华子春.SARS病毒蛋白保守性分析[J].东南大学学报,2005,24(1):32-35.
[26] 赵卫,曹虹,龙北国,等.病毒进化与新病毒的出现[J].微生物学免疫学进展,2005,33(4):49-51.
[27] Li W H,Luo C C,Wu C I.Evolution of DNA Sequences[M]//Maclntyre R J.Molecular Evolutionary Genetics.New York:Plenum,1985:1-94.
[28] 牛颜冰,青玲,周雪平.RNA沉默机制及其抗病毒应用[J].中国生物工程杂志,2004,24(2):76-79.
[29] 沈哲旎,罗志娟.RNA干扰及其抗病毒应用的可行性探讨[J].生命科学,2006,18(1):41-44.
[30] Stephan Ossowski,Rebecca Schwab,Detlef Weigel.Gene silencing in plants using artificial microRNAs and other small RNAs[J].Plant Journal,2008,53:674-690.

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT－PCR分析和快速检测

Detecting and Analysis of Rice Black Stripe Dwarf Virus(RBSDV)on Rice in Jiangsu Province with RT-PCR

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	冯丽婷, 张剑峰, 迟胜起. 甘薯4种RNA病毒多重RT-PCR检测方法的建立[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 206-211.
[2]	梁鹏, 张稳, 冯登侦, 强浩, 荣轩, 孟科. 基于转录组学筛选绵羊肉质性状相关候选基因[J]. 华北农学报, 2022, 37(4): 220-231.
[3]	张晋玉, 徐新娟, 晁毛妮, 张晓红, 吴向远, 高际涛, 黄中文. *大豆GmZAT12基因的克隆和表达分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 1-7.
[4]	唐忠丽, 逯晓楠, 赵蕊, 刘庆华, 李梅兰, 雷逢进, 许小勇. *黄皮西葫芦类胡萝卜素合成酶基因的鉴定及PSY1和LCYE2克隆分析*[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 60-67.
[5]	李班, 吕莹, 杨明煊, 宋婷, 于放, 刘志文. 盐碱胁迫对甘蓝型油菜生理及分子机制的影响[J]. 华北农学报, 2022, 37(3): 86-93.
[6]	柴阿丽, 陈利达, 许帅, 帕提古丽·艾斯木托拉, 王利丽, 石延霞, 谢学文, 李磊, 李宝聚. 新疆喀什辣椒轻斑驳病毒和黄瓜花叶病毒复合侵染的分子鉴定[J]. 华北农学报, 2020, 35(S1): 332-337.
[7]	齐香玉, 陈双双, 冯景, 王华娣, 邓衍明. 茉莉花实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 22-30.
[8]	贺丹, 张佼蕊, 何松林, 刘红利, 王政, 刘艺平. *芍药属远缘杂交不亲和PlABCF3基因克隆及表达分析*[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 81-89.
[9]	荣恒, 张梦瑶, 贺建宁, 柳楠. *利用同源重组构建BMP6、BMPR1B真核表达载体及共转染成纤维细胞表达的研究*[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 195-201.
[10]	韩信嵘, 吴慧光, 吴江鸿, 王国富, 高树新. 基于转录组学的安格斯牛和中国西门塔尔牛脂肪沉积相关差异表达基因研究[J]. 华北农学报, 2020, 35(6): 208-216.
[11]	李晶, 张梦瑶, 刘开东, 柳楠, 贺建宁. *利用同源重组技术构建Hoxa5、BMP6真核表达载体及共转染成纤维细胞表达*[J]. 华北农学报, 2020, 35(4): 187-194.
[12]	赵艳, 刘阔成, 王珏, 马晓宇, 孙天国. *大豆种子成熟蛋白PM40基因表达方式分析及其启动子预测*[J]. 华北农学报, 2020, 35(3): 7-11.
[13]	张梦瑶, 杨峰, 刘开东, 刘积凤, 柳楠, 贺建宁, 薛明. *敖汉细毛羊BMP4基因质粒的构建及在成纤维细胞中表达量的研究*[J]. 华北农学报, 2019, 34(6): 227-234.
[14]	张梦瑶, 杨峰, 刘积凤, 刘开东, 贺建宁, 柳楠. *敖汉细毛羊Hoxa5、BMPR1B基因互作研究*[J]. 华北农学报, 2019, 34(2): 229-238.
[15]	张梦瑶, 杨峰, 刘开东, 刘积凤, 贺建宁, 柳楠. *利用同源重组技术构建DKK1、BMP4真核表达载体及共转染成纤维细胞表达的研究*[J]. 华北农学报, 2018, 33(5): 117-124.

模态框（Modal）标题

选择文件类型/文献管理软件名称

选择包含的内容

江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT－PCR分析和快速检测

Detecting and Analysis of Rice Black Stripe Dwarf Virus(RBSDV)on Rice in Jiangsu Province with RT-PCR

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价