水分胁迫柠条锦鸡儿叶片均一化全长<strong>cDNA</strong>文库的构建及<strong>EST</strong>分析

doi:10.3969/j.issn.1000-7091.2012.03.013

华北农学报 ›› 2012, Vol. 27 ›› Issue (3): 67-71. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.03.013

所属专题： 抗旱节水；畜牧；

水分胁迫柠条锦鸡儿叶片均一化全长cDNA文库的构建及EST分析

郭九峰^1,2, 孙国琴², 乔慧蕾²

1. 内蒙古大学离子束生物工程自治区重点实验室, 内蒙古呼和浩特 010021;
2. 内蒙古农牧业科学院自治区农作物生物技术育种中心, 内蒙古呼和浩特 010031

收稿日期:2012-03-21 出版日期:2012-06-28
作者简介:郭九峰(1964－), 男, 内蒙古赤峰人, 研究员, 博士, 主要从事植物生物技术研究。
基金资助:
内蒙古农牧业科学院创新基金(2007CXJJN03)

Construction and EST Analysis of a Normalized Full-Length cDNA Library from Water Stressed Korshinsk Peashrub Leaves

GUO Jiu-feng^1,2, SUN Guo-qin², QIAO Hui-lei²

1. Inner Mongolia Key Laboratory of Ion Beam Bioengineering, Inner Mongolia University, Huhhot 010021, China;
2. Agricultural and Husbandry Sciences Research Academy of Inner Mongolia, Huhhot 010031, China

Received:2012-03-21 Published:2012-06-28

摘要/Abstract

摘要： 柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×10⁶cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5’测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现了脱水素、抗旱相关转录因子等多个抗旱相关基因。

关键词: 柠条锦鸡儿, 干旱处理, 均一化全长cDNA文库, EST分析

Abstract: In order to study the drought tollerence genes of korshinsk peashrub，a normalized full-length cDNA?library was constructed using Creator SMART technology combined with duplex-specific nuclease(DSN) from water?stressed leaves. The titer of original library was 1. 5 ×106cfu/mL，the recombinant efficiency was 93. 75% and the?average of insert size was over 1 kb，these results showed the cDNA library was of high quality. Besides，3 200?clones from it were selected randomly and sequenced. 2 429 unigenes were obtained，among them 2 229 was singlets，means this library was normalized well. Some genes which response to drought were found after BLAST.

Key words: Korshinsk peashrub, Water stress, Normalized full-length cDNA library, EST analysis

中图分类号:

S793.3

郭九峰, 孙国琴, 乔慧蕾. 水分胁迫柠条锦鸡儿叶片均一化全长cDNA文库的构建及EST分析[J]. 华北农学报, 2012, 27(3): 67-71. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.03.013.

GUO Jiu-feng, SUN Guo-qin, QIAO Hui-lei. Construction and EST Analysis of a Normalized Full-Length cDNA Library from Water Stressed Korshinsk Peashrub Leaves[J]. ACTA AGRICULTURAE BOREALI-SINICA, 2012, 27(3): 67-71. doi: 10.3969/j.issn.1000-7091.2012.03.013.

http://www.hbnxb.net/CN/Y2012/V27/I3/67

参考文献

[1] 道仁达来. 柠条的生物学特性与产业化途径的研究
[J]. 内蒙古林业调查设计，2008(3):93－94.
[2] ?马志红. 防风固沙的好灌木柠条[J]. 内蒙古草业，?2008(1):64.
[3] 康燚德，张彦龙，袁凤萍. 发展柠条饲料加工利用的可?行性分析[J]. 中国林业，2007(11A):31.
[4] 杨海燕，于海良，李国荣，等. 柠条的饲用价值开发大?有可为[J]. 今日畜牧兽医，2007 (12):61－62.
[5] 王志会，夏新莉，尹伟伦. 我国柠条抗旱性研究现状
[J]. 河北林果研究，2006，21(4):388－391.
[6] ?徐?荣. 柠条灌丛草地水分动态及群落特征研究
[M]. 北京:中国农业大学出版社，2007.
[7] 李日胜，任俊宏，苏志成. 优良饲料灌木－柠条[J]. 内?蒙古林业调查设计，2004，27(B12):78－79.
[8] 徐炳成，山仑. 半干旱黄土丘陵区沙棘和柠条水分利?用与适应性特征比较[J]. 应用生态学报，2004，15?(11):2025－2028.
[9] 白光明，王延平. 陕北丘陵区陡坡柠条林地与荒坡的?土壤水分变化研究[J]. 陕西气象，2008(2):1－5.
[10] Guo Weihua，Li Bo，Zhang Xinshi，et al. Effects of water?stress on water use efficiency and water balance components of Hippophae rhamnoides and Caragana intermedia?in the soil-plant-atmosphere continuum[J]. Agroforestry?Systems，2010，80(3):423－435.
[11] Ma C，Gao Y，Guo H，et al. Physiological adaptations of?four dominant Caragana species in the desert region of?the Inner Mongolia Plateau[J]. Journal of Arid Environments，2008，72(3):247－254.
[12] Hayano K A. Analysis of Subtractive and Standard cDNA?Libraries Produced from mRNA of Drought-Stressed?Maize (Zea mays L.) Plants[C]. Plant and Animal Genomes XII Conference. 2004.
[13] Wiemann S，Mehrle A，Bechtel S，et al. cDNAs for functional genomics and proteomics:the German Consortium.
[J]. Comptes Cendus Biologies，2003，326: 1003－1009.
[14] 刘运华，刘灶长，周立国，等. 干旱胁迫下耐早稻中早?3 号全长 cDNA 文库的构建[J]. 分子植物育种，?2007，5(14):367－370.
[15] 张石柱，王中康，彭国雄，等. 利用 DSN 和 SMART TM?技术构建金龟子绿僵菌产孢时期均一化全长 cDNA?文库[J]. 农业生物技术学报，2007，15(5):884－887.
[16] 薛?亮. 柠条遗传育种的基础研究[J]. 安徽农业科?学，2006，34(11):2404－2405.
[17] Bhardwaj P K，Kumar S，Ahuja P S. Characterization of?gene expression of QM from Caragana jubata，a plant?species that grows under extreme cold[J]. Molecular Biology Reports，2010，37(2):1003－1010.
[18] Zhulidov P A，bogdanova E A，Shcheglov A S，et al. Simple cDNA nor malization using kamchatka crab duplex?specific nuclease[J]. Nucleic Acid Research，2004，32?(3):37.
[19] Sambrook J，Fritsch E F，Maniatis T. Molecular Cloning:?A Laboratory Manual[M]. 2nd ed. New York: Cold?Spring Harbor Laboratory Press，1998.
[20] 刘金仙. 甘蔗胚胎晚期丰富蛋白基因(LEA)cDNA 全?长克隆及表达特性[J]. 农业生物技术学报，2009?(5):836－842.
[21] ?Wang X，Dong J，Liu Y，et al. A novel dehydration-responsive element-binding protein from Caragana korshinskii is involved in the response to multiple abiotic?stresses and enhances stress tolerance in transgenic Tobacco[J]. Plant Molecular Biology Reporter，2010，28?(4):664－675.
[22] 郭九峰，孙国琴，沈传进，等. 沙冬青 cDNA 文库的构?建和 EST 分析[J]. 华北农学报，2007，22(4):37－41.

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[1]	贾会丽, 郭继承, 吴欣明, 王运琦, 刘建宁, 方志红, 石永红, 董宽虎. *柠条锦鸡儿CkCDPK基因的克隆、表达分析及载体构建*[J]. 华北农学报, 2019, 34(3): 43-51.
[2]	任方媛, 李高, 张涛, 杨杞, 王瑞刚. *柠条锦鸡儿CkF5H基因及启动子的克隆*[J]. 华北农学报, 2018, 33(2): 79-86.
[3]	滑璐玢, 于秀敏, 杨杞, 王瑞刚, 宝力德. *柠条锦鸡儿CkLEA4-1基因的克隆及表达分析*[J]. 华北农学报, 2017, 32(2): 96-103.
[4]	王赞, 李源, 陆景伟, 徐博, 高洪文. 中国柠条锦鸡儿资源表型多样性研究[J]. 华北农学报, 2008, 23(S1): 59-61.
[5]	崔林. 莜麦需水时期试验[J]. 华北农学报, 1985, 1(4): 20-23.

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