Pi9基因分子标记辅助选择改良水稻不育系丰源A的稻瘟病抗性

吴婷婷1,陈海龙1,黄 俊1,梁 毅1,张 婷1,李博文1,赖怡帆1,邹玉莹1,车凡昊1,吴 俊4,刘金灵1,2,3,刘雄伦1,2,3

(1.湖南农业大学 农学院,湖南 长沙 410128;2.作物基因工程湖南省重点实验室,湖南 长沙 410128;3.水稻油菜抗病育种湖南省重点实验室,湖南 长沙 410128;4.湖南杂交水稻研究中心,湖南 长沙 410125)

摘要:为改良水稻不育系丰源A的稻瘟病抗性,以籼稻品系75-1-127作为广谱持久抗稻瘟病基因Pi9的供体亲本,先后以三系保持系丰源B和不育系丰源A为受体亲本,利用Pi9基因内共显性标记ClonDF1R1开展MAS连续回交育种。利用来自国内外不同稻区的33份稻瘟菌菌株进行温室内人工接种,分析丰源A、丰源B、75-1-127的抗菌谱,75-1-127的抗性频率为87.9%;而丰源A和丰源B的抗性频率均仅为33.3%。田间病圃抗性鉴定表明,75-1-127高抗苗瘟,而丰源B和丰源A高感苗瘟。结果表明,含有Pi9基因的75-1-127抗谱广、抗性水平高,在稻瘟病抗性育种中具有很大的应用前景;而丰源A和丰源B抗谱窄、抗性水平低,需要改良。根据Pi9基因序列信息开发了一个共显性分子标记ClonDF1R1,它从75-1-127基因组中扩增出一条320 bp的条带,而丰源B和丰源A基因组的扩增产物约450 bp。利用ClonDF1R1先后开展丰源B、丰源A稻瘟病抗性改良的MAS育种实践,获得了13个含Pi9纯合等位基因的改良抗病保持系丰源B-Pi9,以及11个含Pi9纯合等位基因的改良抗病不育系丰源A-Pi9。经过连续11 a的MAS回交育种实践,育成1个高抗稻瘟病、不育性稳定、柱头外露率高、农艺性状和产量性状优良的新三系不育系丰源A-Pi9-5,实现了丰源A和丰源B稻瘟病抗性的定向改良,为三系杂交水稻育种应用创制了新的亲本材料。

关键词:水稻;稻瘟病抗性改良;分子标记辅助选择;丰源A;Pi9

水稻(Oryza sativa)是人类赖以生存的重要粮食作物。由子囊真菌(Magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病(Rice blast),是水稻生产中的主要病害,全球至少有80个国家报道了稻瘟病的发生[1],近年来我国稻瘟病年发生面积约500万hm2[2]。稻瘟病危害不仅减产,而且防治稻瘟病大量使用杀菌剂也增加了水稻的生产成本,同时破坏水土生态环境。因此,利用已鉴定的抗性基因培育推广抗病水稻品种,是防控稻瘟病最经济有效和绿色环保的对策。广谱持久抗稻瘟病基因Pi9来源于小粒野生稻(Oryza minuta),经远缘杂交导入到籼稻品系75-1-127,之后被精细定位到水稻6号染色体的Pi2/9位点,并被成功克隆[3-4]。而分子标记辅助选择育种的选择效率高、操作较简单、相对成本较低,通过筛选还能获得农艺性状、产量和品质性状都比较优良的后代,因此,尤其备受育种家们青睐。目前,Pi9基因已被广泛应用于水稻稻瘟病抗性改良的育种实践,如李永聪等[5]利用Pi9基因通过MAS回交育种改良水稻恢复系R389的稻瘟病抗性。本研究以75-1-127为Pi9基因供体,先后用三系保持系丰源B及其不育系丰源A为受体亲本,利用Pi9基因内特异功能标记,通过分子标记辅助选择(Molecular Marker-assisted SelectionMAS),定向改良丰源A及其保持系丰源B的稻瘟病抗性。

1 材料和方法

1.1 试验材料

水稻材料:籼稻品系75-1-127,Pi9基因供体;三系不育系丰源A及其保持系丰源B,Pi9基因受体;水稻品系CO39,稻瘟病感病对照。

稻瘟菌:33份来自国内外的稻瘟菌菌株,用于抗菌谱分析。

1.2 试验方法

1.2.1 稻瘟病抗性表型鉴定与抗菌谱分析 稻瘟病室内人工接种:分别用33份稻瘟菌菌株接种丰源B、丰源A、75-1-127和CO39,调查苗瘟抗性表型、分析抗菌谱。接种方法及抗性分级分类标准参考廖花等[6]的方法,用33份国内外不同稻区的稻瘟菌菌株,人工气候室内接种丰源A、丰源B和75-1-127,并以CO39作感病对照。在人工气候室内用塑料育苗盘播种供试水稻材料,温度控制在 26~28 ℃,待水稻苗长至3叶1心时期,用 0.025%的Tween20水溶液将稻瘟菌分生孢子配制成密度约为1×105个/mL的单菌株孢子悬浮液进行喷雾接种。先在避光、保湿、26 ℃条件下培养 24 h;然后在12 h光照、高湿条件下诱导发病 5~6 d,调查发病情况。其中0~2级划为抗病类型,3~5级划为感病类型。

田间病圃苗瘟鉴定:参考廖花等[6]的方法,试验于2020年5月中旬,将供试水稻材料播种于湖南浏阳大围山稻瘟病病圃,6月13日调查苗瘟抗性,鉴定筛选优异抗病纯系。供试水稻材料包括亲本、改良保持系和改良不育系,用CO39作诱发品种和感病对照。

1.2.2 标记基因型分析 PCR模板DNA提取:用2 mL灭菌离心管取候选水稻单株小分蘖叶片约0.2 g,液氮研磨后CTAB法提取总DNA[7]。具体操作步骤如下:将所取叶片用液氮速冻后研磨成粉,加入预热至65 ℃左右的600 μL CTAB混合液,摇匀后65 ℃温浴30 min。再加入600 μL氯仿,并放入离心机中以12 000 r/min转速离心10 min,取上清液转移至加有600 μL异丙醇的1.5 mL离心管中,随后放到-20 ℃冰箱冷藏20 min,12 000 r/min转速离心机中离心10 min后倒掉上清液,加入75%乙醇600 μL,离心洗涤2次。最后置于超净台上吹干或者静置2~3 h风干后,用100 μL蒸馏水溶解,藏于-20 ℃保存备用。

标记基因型鉴定:用本团队开发的InDel共显性专利标记ClonDF1R1,鉴定各单株标记基因型。PCR体系(10.0 μL):模板DNA 1.0 μL,5 U/μL Taq酶0.1 μL,2.5 mmol/L dNTPs 0.2 μL,2 pmol/μL primer pairs 1.0 μL,10×Buffer 1.0 μL,ddH2O 6.7 μL。PCR热循环参数:94 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,56 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,30个循环;72 ℃ 5 min。用1%琼脂糖凝胶电泳分析PCR产物。

1.2.3 分子标记辅助选择育种实践 用丰源B作母本及轮回亲本,75-1-127作父本,2009-2015年在长沙和三亚两地开展分子标记辅助选择连续回交育种,用ClonDF1R1(F:5′-ATCCACGAAACATCCACC

ATCC-3′;R:5′-GATTCGACAGATGGTGCAACA-3′)标记基因型做Pi9基因前景选择,用田间主要农艺产量性状代替单株基因组背景选择,于2015年夏季获得性状整齐稳定、高抗稻瘟病的BC6F4群体(株系)。2016年起,用丰源A作母本,用优异改良丰源B保持系作父本及轮回亲本,结合分子标记辅助选择,于2019年获得稳定的BC5F1群体,2020年经稻瘟病抗性、田间农艺产量性状和不育特性鉴定分析,育成优异改良抗病丰源A不育系。

1.2.4 不育系不育特性调查 参考田芳慧等[8]的方法,观察调查丰源A和改良丰源A的不育特性:

柱头外露率:不育系抽穗扬花结束后,随机选取30穗,调查总颖花数和柱头外露颖花数(包括单边外露和双边外露),计算柱头外露率。柱头单边外露率=柱头单边外露颖花数÷总颖花数×100%;柱头双边外露率=柱头双边外露颖花数÷总颖花数×100%;柱头总外露率=柱头单边外露率+柱头双边外露率。

自交结实率:不育系孕穗末期,随机取10株用羊皮纸袋套袋,15 d后调查不育株率自交结实率。不育株率=不育株数÷30×100%;自交结实率=总结实粒数÷总颖花数×100%。

花粉镜检:不育系开花盛期,随机取10个稻穗的混合花粉,1%I2-KI染色后镜检,观察花粉育性及败育类型。无花粉粒的即为无花粉型;有花粉粒的每个镜片观测3~5个视野,观测花粉粒300个以上,观察分析花粉育性及花粉粒类型,并计算花粉败育度。圆形蓝黑色的为正常花粉粒;圆形不染色的为圆败花粉粒,形状不规则且不染色的为典败花粉粒,两者均为败育花粉粒。

1.2.5 农艺产量性状调查 调查丰源B、丰源A、改良丰源B和改良丰源A群体的播始历期;每材料随机取10株,调查株高和有效穗数,以及主穗总颖花数、剑叶长和剑叶宽,计算相应平均值,记载标准参考应存山[9]:播始历期是计算水稻从播种到长出始穗的天数;株高是测量从泥面至上部最长叶尖的长度;有效穗数是计算每株的单穗实粒数不少于10粒的稻穗;主穗总颖花数是指计数每株主穗的颖花总数;剑叶长是测量剑叶从叶枕到叶尖的长度,而剑叶宽则是测量剑叶最宽处的宽度。

2 结果与分析

2.1 供试亲本材料的苗瘟抗性表型及抗菌谱

33份供试稻瘟菌菌株室内接种亲本材料的抗性表型及抗菌谱结果见表1。Pi9基因供体亲本75-1-127对日本菌株KOH、韩国菌株ROR1、中国菌株95097AZC13和X2007A-7 表现感病,对其余29份菌株表现抗病,抗性频率为87.9%。丰源B和丰源A对11份菌株表现抗病(CHL438、CHL440、CHL473、87-4、110-2、195-2-2、RB14、M2006123A1、CHNOS60-2-3、KOH、KJ105),而对其余22份菌株表现感病,抗性频率为33.3%。2个受体亲本的抗性表型和抗菌谱非常吻合,说明这2个材料的稻瘟病抗性受细胞核基因控制、且两者核背景一致。有趣的是,4份对75-1-127致病菌株中的3份(X2007A-7、95097AZC13和ROR1),对丰源B和丰源A也是致病的,但KOH对后者不致病,即供体亲本和受体亲本间存在交叉抗菌谱。感病对照CO39对33份供试菌株都表现感病。另一方面,田间病圃苗瘟抗性鉴定结果表明,75-1-127 表现高度抗病,而丰源B 和丰源A均高度感病(图1)。以上结果表明,Pi9基因的稻瘟病抗性水平高抗菌谱较广,并且与2个受体亲本间存在交叉抗谱,可望通过MAS育种实践,培育出抗性更好的新不育系及其保持系。

表1 亲本材料稻瘟病抗性及抗菌谱
Tab.1 Resistance and resistance spectrum of parental materials to 33 tested M.oryzae isolates

菌株Isolates来源Origin75-1-127CO39(CK)丰源BFengyuan B丰源 AFengyuan A菌株Isolates来源Origin75-1-127CO39(CK)丰源BFengyuan B丰源 AFengyuan ACHL329湖南RSSSCHL1743广东RSSSCHL438湖南RSRRRB4广东RSSSCHL440湖南RSRRRB5广东RSSSCHL446湖南RSSSRB6广东RSSSCHL471湖南RSSSCHL506福建RSSSCHL473湖南RSRRM2006123A1福建RSRRX2007A-1湖南RSSSRB20福建RSSS87-4湖南RSRRE2007046A2湖北RSSS110-2湖南RSRRCHNOS60-2-3中国RSRR193-1-1湖南RSSS95097AZC13中国SSSS195-2-2湖南RSRRKOH日本SSRR318-2湖南RSSSROR1韩国SSSSRB14湖南RSRRKJ201韩国RSSSX2007A-7湖南SSSSKJ105韩国RSRR236-1湖南RSSSGUY11法国RSSS236-2湖南RSSSES6西班牙RSSSCHL645贵州RSSS抗性频率/% Resistance frequency87.90.033.333.3

注:R、S分别表示抗病和感病。

Note:R,S mean resistant and susceptible respectively.

2.2 ClonDF1R1标记辅助选择育成抗病不育系丰源A-Pi9-5

根据Pi9基因序列信息开发了1个共显性InDel标记ClonDF1R1。该标记从75-1-127基因组中扩增出一条320 bp的亮带,而对丰源B和丰源A基因组的扩增产物大小均为450 bp左右(图2)。利用ClonDF1R1开展连续多年的MAS育种实践,于2015年夏季获得性状整齐稳定、高抗稻瘟病的丰源B改良BC6F4群体(株系)17个,综合各改良株系的农艺产量性状,筛选出1个稳定的优异抗病系丰源B-Pi9-5(图1,2)。在此基础上,用丰源B-Pi9-5与丰源A杂交并连续回交,经ClonDF1R1标记基因型鉴定,于2019年夏季获得农艺和遗传性状稳定的BC5F1群体(系),2020年经病圃苗瘟抗性鉴定和农艺产量性状及不育特性调查分析,育成丰源B-Pi9-5的改良抗病不育系丰源A-Pi9-5(图1,2)。

图1 改良抗病不育系及其保持系的病圃苗瘟抗性
Fig.1 Seedling blast resistance of improved sterile line and its maintainer in nursery

A.ClonDF1R1的标记基因型;M.DNA ladder;1.75-1-127;2.丰源B;
3.丰源A;4-12.丰源B-Pi9-5的随机单株;13-24.丰源A-Pi9-5的随机单株;B.苗瘟抗性表型;R.抗病;S.感病。
A.Genotype of ClonDF1R1;M.DNA ladder;1.75-1-127;2.Fengyuan B;3.Fengyuan A;4-12.Randomly sampled plants from
Fengyuan B-Pi9-5;13-24.Randomly sampled plants from Fengyuan A-Pi9-5;B.Seedling blast resistance;R.Resistant;S.Susceptible .

图2 改良抗病不育系及其保持系的标记基因型鉴定
Fig.2 Marker genotype identification of improved resistant sterile line and its maintainer

2.3 丰源A-Pi9-5不育特性

本试验结果表明,丰源A-Pi9-5与对照丰源A的不育株率均为100%,套袋自交结实率均为0;丰源A-Pi9-5的柱头外露率为65.6%,与对照丰源A非常相近(67.1%);2个不育系的花药大小颜色非常相似,短小呈浅白色;花粉镜检表明,2个不育系花粉粒少,且均以典败为主,碘染率均为0。相应地,2个保持系丰源B-Pi9-5和丰源B田间结实正常,花粉育性正常(图3)。可见,改良抗病不育系丰源A-Pi9-5不育性稳定彻底,异交习性好,为实现三系配套应用打下了基础。

图3 不育系和保持系花粉育性镜检鉴定
Fig.3 Pollen fertility microscoping of sterile lines and maintainers by I2-KI

2.4 改良抗病不育系及其保持系主要农艺产量性状

主要农艺及产量性状的调查结果见表2。丰源A-Pi9-5及其保持系丰源B-Pi9-5的播始历期为86 d,比受体不育系丰源A及其保持系丰源B长2~3 d。改良不育系及其保持系的株高比相应对照略有降低,但还是有90 cm左右、稍微偏高。两组材料的叶形整体相似,叶片上举。此外,丰源A-Pi9-5和丰源B-Pi9-5的田间株形紧凑。产量性状方面,两组材料的单株有效穗数和主穗长都很接近;而改良不育系(保持系)的单穗颖花数,比受体不育系(保持系)增加较明显。可见,经过多年多代连续回交,两组材料在主要农艺性状上整体一致,产量性状更好,实现了定向改良稻瘟病抗性的育种目标。

表2 不育系和保持系主要农艺产量性状
Tab.2 Main agronomic and yield traits of sterile lines and maintainers

水稻品系Rice lines播始历期/dSowing-headingperiod株高/cmPlant height剑叶长/cmSword leaf length剑叶宽/cmSwordleaf width剑叶长宽比Sword leaf length/Sword leaf width穗长/cmPaniclelength有效穗数Paniclesper plant单穗颖花数Spikeletsper panicle 丰源B Fengyuan B 8495.128.51.321.926.28.5206.7丰源A Fengyuan A8392.527.91.321.525.59.2205.0丰源B-Pi9-5 Fengyuan B-Pi9-58693.628.41.223.725.78.6219.8丰源 A-Pi9-5 Fengyuan A-Pi9-58689.528.21.223.525.49.4222.1

3 讨论与结论

水稻稻瘟病抗性是典型的质量-数量性状,抗病表型很大程度上受温湿度、光照、病原菌等因素影响,因而通过表型选择的传统抗病育种效率低。基于标记基因型鉴定的分子标记辅助选择(MAS),能大大提高选择准确性和育种效率,近年来受到稻瘟病抗性育种者的青睐,如倪大虎等[10],利用分子标记辅助选择和田间/温室抗性鉴定,将广谱高抗白叶枯病的Xa21基因和高抗稻瘟病的Pi9(t)基因聚合到同一品系中,获得双基因纯合且农艺性状稳定的株系;殷所得等[11]利用Pi9基因结合田间农艺性状选择和分子标记辅助选择,培育出抗稻瘟病性优于亲本的杂交组合;Jiang等[12]利用辅助选择育种提高金23B的稻瘟病抗性;曹志等[13]以75-1-127(Pi9)、谷梅2号(Pi25)、谷梅4号(Pigm)、天津野生稻(Pi2-1Pi51(t))、湘资3150(Pi47Pi48)和魔王谷(Pi49)共6个广谱抗稻瘟病水稻品种为供体亲本,改良了水稻两用核不育系C815S的稻瘟病抗性。此外,还有许多育种家通过MAS育种培育出了大量抗病水稻新品系或新种质,如杨丰宇等[14]利用广谱持久抗瘟基因Pigm定向改良早籼稻1701的稻瘟病抗性,育成一个遗传背景与受体亲本相似的抗瘟水稻新品系1701-Pigm;张礼霞等[15]通过杂交、回交并结合分子标记辅助选择,将Pigm基因导入浙04B中以改良其稻瘟病抗性;Chen等[16]通过回交和基因聚合结合分子标记辅助选择(MAS),将Pi49Bph14Bph15基因导入PTGMS系C815S中,最后构建了几个改良的PTGMS系C815S;姜思达[17]利用Pi9基因的供体亲本75-1-127与易感品种稻花香进行杂交,使杂交后代携带Pi9基因以改良稻花香的稻瘟病抗性;刘树芳等[18]采用回交的方法将2个广谱抗稻瘟病的基因Piz-tPi9导入农艺性状优良但稻瘟病抗性弱的云粳优5号、云资粳41号和楚粳28号这3个品种中,以改良它们的抗稻瘟病特性;文绍山等[19]将广谱高抗稻瘟病基因Pi-9(t)导入杂交水稻恢复系泸恢17中,并选育出2个株叶型、抗稻瘟病及配合力较好,且农业性状已稳定的株系WR1023和WR1056。丰源A是国内早前由邓应德等[20]培育出的一个育性稳定、配合力强、异交结实率高、米质较优、抗逆性较强的优良籼型三系不育系,但由于稻瘟病抗性差等原因,没有大面积推广应用。本研究利用已克隆的广谱持久抗稻瘟病基因Pi-9的序列信息,开发了共显性标记ClonDF1R1,能高效区分纯合体和杂合体。通过11a的连续回交MAS育种实践,先后获得高抗稻瘟病的新不育系丰源A-Pi9及其保持系丰源B-Pi9。通过田间不育系、异交习性和主要农艺产量性状分析,最终育成了综合性状优良的抗病不育系丰源A-Pi9-5及其配套保持系丰源B-Pi9-5为三系配套利用杂种优势奠定了坚实基础。

接下来,将在本研究成果基础上,利用获得的改良不育系/保持系进一步开展以下工作:使用更多的稻瘟菌菌株开展人工接种,进一步明确改良不育系/保持系的抗菌谱;在不同生态稻区做稻瘟病抗性鉴定,尤其是穗瘟抗性鉴定,明确改良不育系/保持系及杂交种的适宜种植区域;利用改良不育系广泛配组,尽快选配出抗病、优质、高产、广适性的强优势杂交组合应用于生产,同时分析改良不育系与受体丰源A的恢复源是否发生变化。此外,笔者还将继续利用Pi9基因改良其他骨干水稻亲本的稻瘟病抗性,并开展多基因分子聚合育种实践。

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Improving Blast Resistance of CMS Line Fengyuan A by Pi9-based Marker-assisted Selection Strategy

WU Tingting1 ,CHEN Hailong1,HUANG Jun1 ,LIANG Yi1 ,ZHANG Ting1 ,LI Bowen1,LAI Yifan1,ZOU Yuying1,CHE Fanhao1,WU Jun4,LIU Jinling1,2,3 ,LIU Xionglun1,2,3

(1.College of Agronomy,Hunan Agricultural University,Changsha 410128,China;2.Crop Gene Engineering Key Laboratory of Hunan Province,Changsha 410128,China;3.Hunan Provincial Key Laboratory of Rice and Rapeseed Breeding for Disease Resistance,Changsha 410128,China;4.Hunan Hybrid Rice Research Center,Changsha 410125,China)

Abstract To improve blast resistance of the CMS line Fengyuan A,a PCR-based co-dominant marker,ClonDF1R1,was developed according to sequence information of the broad-spectrum and durable blast resistance gene Pi9,and was employed in marker-assisted selection breeding practice.Resistance responses to 33 tested M.oryzae isolates showed difference between the Pi9 donor 75-1-127 and the receptors Fengyuan A and its maintainer Fengyuan B,presenting 87.9% and 33.3% resistance frequency respectively in greenhouse inoculation assay.75-1-127 showed high-level seedling blast resistance but highly susceptible for two receptors in field nursery.These results showed that the Pi9 gene was promising in rice blast resistance breeding,and blast resistance of two receptors needs to be improved urgently.The ClonDF1R1 was developed based on DNA sequence information of the Pi9 gene,this codominant marker primers amplified a 320 bp band from the donor genome while PCR product from two receptors was nearly 450 bp.The codominant molecular marker ClonDF1R1 was used in MAS backcross breeding practice for improving blast resistance of Fengyuan B and Fengyuan A respectively.Thirteen maintainer lines Fengyuan B-Pi9,and eleven CMS lines Fengyuan A-Pi9,carrying the Pi9 homozygous alleles and showing high-level seedling blast resistance,were developed.One improved CMS line,Fengyuan A-Pi9-5,was bred through eleven-year consecutive MAS practice.Fengyuan A-Pi9-5 showed high-level seedling blast resistance,stable male sterility performance,high exserted stigma percentage,excellent agronomic and yield traits.Thus,we achieved the goal to directionally improve blast resistance of rice CMS line Fengyuan A and its maintainer Fengyuan B,and created a set of new parents for three-line method hybrid rice breeding application.

Key words: Rice;Rice resistance improvement;Molecular marker-assisted selection;Fengyuan A;Pi9

收稿日期:2021-02-05

基金项目:国家转基因重大专项(2016ZX08001-002)

作者简介:吴婷婷(1997-),女,湖南慈利人,在读硕士,主要从事水稻抗性基因工程与分子育种研究。

通讯作者:刘雄伦(1968-),男,湖南新化人,教授,博士,博士生导师,主要从事水稻抗性基因工程与分子育种研究。

中图分类号:S435.11;S334.2

文献标识码:A

文章编号:1000-7091(2021)05-0191-07

doi:10.7668/hbnxb.20192108